Biotechnologies végétales

Exercice de biotechnologies végétales

Ce cours vise à illustrer l'utilisation des biotechnologies végétales dans un contexte expérimental réaliste. Pour ce faire, différentes étapes seront réalisées par les étudiants afin de répondre à une question scientifique délivrée en début d'apprentissage :
- choix des outils biotechnologiques ; - établissement d'un plan expérimental sur base de l'état de l'art ; - réalisation de l'expérimentation ; - collecte et analyse des données ; - présentation didactique de ces dernières.
Il s'agit donc d'un cours essentiellement pratique, reposant sur un travail coordonné à l'échelle du groupe d'étudiants suivant cet enseignement. Il permettra aux étudiants d'appréhender concrètement une expérimentation tout en les menant à poser des choix raisonnés lors de chacune de ces étapes.

Biotechnologie appliquée à la lutte contre les ravageurs

Application des approches « omiques » dans les relations plantes - ravageurs Applications biotechnologiques dans contrôle des ravageurs par agents microbiologiques (bactéries, virus, champignons entimopathogènes): bases théoriques des modes d'actions ainsi que les méthodes de production de ces bio-insecticides
Application de la transgénèse et diversité des OGM dans le cadre de la lutte contre les ravageurs

Biotechnologie appliquée à la phytopathologie

Cet enseignement, basé sur une évaluation permanente et l'absence d'examen en session, repose sur des applications pratiques des biotechnologies au travers de la planification, la réalisation et l'analyse technique et financière d'analyse au laboratoire (TP labo).

• Aperçu général des biotechnologies et de leur impact en phytopathologie,
• Mise en situation réelle en tant que responsable d'un laboratoire de diagnostic: sélection d'une biotechnologie et validation pour un laboratoire de diagnostic ou de contrôle qualité, application de cette technologie au laboratoire dans un cadre d'assurance qualité, reporting des résultats, étude comparative du coût et notion de rentabilité de l'application des biotechnologies
• Introduction à un des « hypes » biotechnologiques actuels (séquençage haut-débit)
• Réalisation d'une analyse bioinformatique comparative sur des données de HTS pour le diagnostic de virus

Biotechnologies végétales moléculaires

• Comprendre ce que peut réaliser la technologie de modification génétique des plantes
• Apprendre à utiliser les outils importants des biotechnologies végétales
• Apprendre l'élaboration d'un projet de recherche à finalité "biotechnologie végétale"

Exercice de biotechnologies végétales

- Utiliser certains outils des biotechnologies végétales pour répondre à une question scientifique ;
- Intégrer les éléments d'une démarche scientifique dans un plan expérimental ;
- Concevoir une expérimentation en laboratoire et la réaliser ;
- Travailler en groupe de façon coordonnée ;
- Interpréter les données biologiques obtenues ;
- Transmettre cette information à l'ensemble du groupe d'étudiants une fois celle-ci formatée et comprise.

Biotechnologie appliquée à la lutte contre les ravageurs

Face à la nécessité de contrôler les ravageurs et de développer des alternatives de lutte plus durables, il s'agit pour l'étudiant d'appréhender la diversité des organismes et approches à disposition sur base de l'application des biotechnologies et des modèles de ravageurs ciblés.

Biotechnologie appliquée à la phytopathologie

• Sélectionner adéquatement une biotechnologie en fonction de la solution à apporter à un problème phytopathologique (et biologique en général)
• Développer une démarche multi-disciplinaire et transversale autour des biotechnologique en intégrant les composantes scientifiques, techniques, d'assurance qualité, réglementaire et financière.
• Travailler dans une démarche d'assurance qualité
• Apprivoiser les technologies de séquençage haut-débit et leur analyse bioinformatique

Biotechnologies végétales moléculaires

Cours de base en Génétique et en Biologie moléculaire

Exercice de biotechnologies végétales

VEGE0032-A-a

Biotechnologie appliquée à la phytopathologie

Cours de base en biologie moléculaire, en génétique et en phytopathologie

Biotechnologies végétales moléculaires

• Cours participatif
• Elaboration d'un projet de recherche à effectuer dans le cadre des exercices de biotechnologies végétales

Exercice de biotechnologies végétales

Travaux pratiques : 18 h

 

Expérimentation en laboratoire avec utilisation de la technique de la transgénèse (caractérisation de mutants T-DNA) et mise en contexte des résultats en lien avec la litérature.

Biotechnologie appliquée à la lutte contre les ravageurs

A côté de cours théoriques présentant les bases et les modes d'action des approches biotechnologiques proposées, des travaux pratiques sont organisés afin de mettre en oeuvre des approches "omiques" au laboratoire sur base d'une question scientifique liée aux ravageurs.

Biotechnologie appliquée à la phytopathologie

• 1h cours ex-catedra
• 2h préparation d'analyse de diagnostic au laboratoire
• 9h Analyses au laboratoire (ce timing pourra être allongé en fonction de l'apprentissage nécessaire pour les étudiants)
• 2h analyse financière
• 2h analyse bioinformatique de données de séquençage haut-débit

Biotechnologies végétales moléculaires

Présentiel

Exercice de biotechnologies végétales

Présentiel

Biotechnologie appliquée à la lutte contre les ravageurs

Cours théoriques en auditoire Travaux pratiques de groupe au laboratoire

Biotechnologie appliquée à la phytopathologie

Présentiel

Biotechnologies végétales moléculaires

• Portfolio de lectures communiqué via la plateforme en ligne du cours
• Diaporamas de toutes les leçons communiqués via la plateforme en ligne

Exercice de biotechnologies végétales

slides, textes et articles mis à disposition en ligne.

Biotechnologies végétales moléculaires

Travail à rendre - rapport


Explications complémentaires:

L'évaluation de ce cours est basée uniquement sur la réalisation d'un travail de groupe

Exercice de biotechnologies végétales

Travail à rendre - rapport


Explications complémentaires:

L'évaluation du cours sera uniquement basée sur la travail individuel du quadrimestre. Il s'agira de rédiger un rapport sur les activités de laboratoire. Le rapport sera noté sur une base d'amélioration itérative (échange avec les enseignants pour améliorer le contenu du rapport).

Biotechnologie appliquée à la lutte contre les ravageurs

Toutes sessions confondues :

- En présentiel

évaluation orale

- En distanciel

évaluation orale

- Si évaluation en "hybride"

préférence en présentiel


Explications complémentaires:

Un rapport de travaux pratiques est évalué et complété par un examen oral qui pourra être organisé par visoconbference en fonction des conditions sanitaires.

Biotechnologie appliquée à la phytopathologie

Travail à rendre - rapport


Explications complémentaires:

Une évaluation continue est réalisée tout au long de la mise en situation. Il n'y a pas d'examen en session.



L'évaluation est réalisée comme suit :

1. Planification d'analyses au laboratoire (20% points)

Sélection étayée et justifiée du pathogène à cibler et de la (des) techniques de diagnostic à utiliser dans la mise en situation (10% des points).

Listing approprié des consommables et équipement nécessaire aux analyses (30% des points)

2. Tenue du cahier de laboratoire et rapport d'analyse (60% des points)

Les analyses sélectionnées seront appliquées au laboratoire en suivant des protocoles fournis et en assurant une traçabilité des opérations.

Les résultats seront interprétés en regard de la mise en situation et une conclusion rédigée

3. Analyse financière (20% des points)

Etude des coûts de réalisation de tests de diagnotic sur base de plusieurs hypothèses de départ et identification des postes majeurs de coût

4. Liste des virus identifiés dans les données de séquençage haut-débit

Utilisation de pipeline d'analyse de données de NGS et évaluation de leur robustesse





 

 

 

Biotechnologies végétales moléculaires

Toutes activités sur le campus de Gembloux

Biotechnologies végétales moléculaires

Transversalité recherchée avec les autres cours du module.
Les diapositives et articles scientifiques sont mis en ligne via eCAMPUS et/ou myULG. La langue d'enseignement (anglais ou français) sera choisie en concertation avec les étudiants et en prenant en compte la présence d'étudiant(e)s non francophones.
 

Biotechnologie appliquée à la lutte contre les ravageurs

Organisation du cours dans le cadre d'un module collégial - y compris pour l'évaluation

Biotechnologies végétales moléculaires

• Herve Vanderschuren (herve.vanderschuren@ulg.ac.be)
• Adrien Blum (Adrien.Blum@uliege.be)

Exercice de biotechnologies végétales

Prof. Hervé Vanderschuren (herve.vanderschuren@ulg.ac.be)

Biotechnologie appliquée à la lutte contre les ravageurs

Pr Frederic FRANCIS
Tel 081 622287
Courriel Frederic.Francis@uliege.be
 

Biotechnologie appliquée à la phytopathologie

Prof. Sebastien MASSART
ULg, Gembloux Agro-Bio Tech
Bât. 47, avenue Maréchal Juin
5030 Gembloux

+32 81 622431
sebastien.massart@uliege.be

 

Biotechnologies végétales moléculaires

Supports de cours
L'ensemble des ressources pédagogiques mises à disposition des étudiants se trouve dans la rubrique correspondante sur la plate-forme de cours en ligne eCampus.

Exercice de biotechnologies végétales

Supports de cours
L'ensemble des ressources pédagogiques mises à disposition des étudiants se trouve dans la rubrique correspondante sur la plate-forme de cours en ligne eCampus.