Durée
150h Proj.
Nombre de crédits
| Master : ingénieur civil biomédical, à finalité | 5 crédits | |||
| Master : ingénieur civil en informatique, à finalité | 5 crédits | |||
| Master en sciences informatiques, à finalité | 5 crédits |
Enseignant
Langue(s) de l'unité d'enseignement
Langue anglaise
Organisation et évaluation
Enseignement au deuxième quadrimestre
Horaire
Unités d'enseignement prérequises et corequises
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement
Les étudiants ont un problème de recherche actif qui nécessite une analyse génomique détaillée à grande échelle. Les spécificités du problème de recherche sont fournies par le superviseur ou par des efforts de collaboration continus. Cette année sera consacrée aux "réseaux d'épistasie" et à leur utilisation pour détecter l'hétérogénéité individuelle. Notez que l'année dernière, le cours s'est concentré sur "l'épistasie" en général et sur la réduction de l'écart entre les résultats statistiques et la pertinence biologique en particulier.
En fonction de la nature des données, les étudiants peuvent choisir des méthodes d'analyse paramétriques ou non-paramétriques, des outils analytiques statistiques ou d'apprentissage automatique. Toutes les techniques de cours antérieurs qui se rapportent à ce problème sont autorisés
Vu la nature interdisciplinaire du projet, les étudiants peuvent travailler en groupes de 2 ou 3. Lors de la finalisation du projet, chacun préparera un rapport individuel. Il n'y a pas de séance en classe si ce n'est celle durant laquelle le problème du projet sera introduit. Une aide théorique et pratique est offerte à la demande.
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement
En utilisant les données fournies, Les étudiants sont capable d'appliquer et de renforcer les connaissance acquises sur un problème pratique de statistique génétique. En particulier,les étudiants sont capable d'effectuer une analyse d'interaction d'association génétique solide et détaillée, utilisant les outils informatiques disponibles appropriés, couvrant les aspects suivant d'un pipeline d'analyse: nettoyage de données, analyse statistique, interprétation, rapport.
Savoirs et compétences prérequis
Un bagage en biostatistique, bioinformatique ou statistique génétique est utile. Alternativement, on a pris l'un des cours suivants: GBIO0002, GBIO0009, GBIO0030.
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement
Lors d'une reunion de démarrage, le problème et les données sont présentés. Les étudiants peuvent utiliser leurs propres données avec l'accord du responsable du cours. Les étudiants peuvent travailler seuls (décourageant) ou en groupes de maximum 3 étudiants. Plusieurs groupes peuvent travailler sur un set de données réelles identique ou different (selon la disponibilité). La supervision est assure par des membres du groupe BIO3 au GIGA ou au département EEI de la Faculté des Sciences Appliquées. Des reunions de groupe avec les superviseurs peuvent être organisées sur demande. Au terme du projet, chacun prepare un rapport et le defend oralement.
Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)
Principalement à distance
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours
Il n'y a pas de livre obligatoire. L'information essentielle est postée sur les site http://bio3.giga.ulg.ac.be/archana_bhardwaj/?Courses
Modalités d'évaluation et critères
Le score final est basé sur un rapport et sa défense orale utilisant les 5 critères suivants :
- Aptitude à formuler le problème de recherché et le contexte (introductions, description de données)
- Présentation de la procédure d'analyse (méthodes, section d'analyse)
- Qualité de l'analyse (validité des résultats)
- Input créatif (outil analytique, remplissage, conclusion)
- Qualité du rapport et présentation des slides
Stage(s)
Remarques organisationnelles et modifications principales apportées au cours
Le projet se déroule au cours du second semestre.
Examen en juin.
Selon le nombre d'étudiants qui s'inscrivent à ce cours, le contenu et l'organisation pratique peuvent être adaptés, afin de maximiser l'expérience dans un environnement multidisciplinaire.
Contacts
Kristel Van Steen - e-mail kristel.vansteen@uliege.be
Assistant: à communiqué
Mode de contact préféré: e-mail (mentionner GBIO0031 dans le titre du sujet) ou contact personnel, après le cours ou sur rendez-vous. Réunions en ligne lorsque la situation COVID-19 l'exige.