Durée
5h Th, 10h TD
Nombre de crédits
| Formation doctorale en sciences vétérinaires | 2 crédits |
Enseignant
Langue(s) de l'unité d'enseignement
Langue française
Organisation et évaluation
Enseignement au deuxième quadrimestre
Horaire
Unités d'enseignement prérequises et corequises
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement
Ce cours porte sur des applications dans les domaines de la génétique des populations et de la génétique quantitative. Le développement des technologies de génotypage et de reséquençage du génome a ouvert la voie à de nombreuses études dans ces domaines. Il est possible d'étudier des populations d'intérêt agronomique, des organismes utilisés comme modèles et des populations sauvages. Ce cours comprend donc une série d'applications de génétique quantitative/des populations réalisées sur des populations animales (animaux domestiques, animaux sauvages). Ces applications sont basées sur l'utilisation de marqueurs moléculaires (données de génotypage). Chaque application est abordée lors d'une session qui comprend une introduction aux concepts génétiques associés et à l'utilisation des logiciels de génétique quantitative/population pour l'étude des populations.
Session 1 : Prise en main du logiciel de génétique quantitative/des populations
Session 2 : Estimation de la parenté à l'aide de marqueurs
Session 3 : Consanguinité et régions d'homozygotie
Session 4 : A déterminer (caractères complexes, phasage et imputation, structure des populations)
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement
L'unité d'enseignement vise à préparer les étudiants à pouvoir comprendre différents concepts de génétique quantitative / des populations utilisés pour étudier ou gérer les populations animales. Les étudiants devront pouvoir identifier l'analyse appropriée, installer un logiciel et exécuter les commandes appropriées (en se reposant sur les instructions ou sur les manuels d'utilisation). Les étudiants devront être capables d'interpréter les résultats et de les expliquer.
Savoirs et compétences prérequis
Des connaissances de base en génétique sont nécessaires. De plus, les étudiants doivent être capables d'utiliser des logiciels tels que R pour lire les résultats d'analyse et créer des graphiques. Ils doivent également être capables d'utiliser R pour effectuer des calculs statistiques de base. Les étudiants doivent également être capables de travailler sous Linux (ligne de commande/bash) afin d'exécuter ces programmes.
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement
Ce cours comprend une série d'applications de génétique quantitative/des populations réalisées sur des populations animales (animaux domestiques, animaux sauvages). Ces applications sont basées sur l'utilisation de marqueurs moléculaires (données de génotypage). Chaque application est abordée lors d'une session d'environ 2H qui comprend une introduction aux concepts génétiques associés et à l'utilisation des logiciels de génétique quantitative/population pour l'étude des populations.
Ensuite, les élèves analysent les données génomiques de manière autonome en suivant les consignes, et les résultats sont discutés lors de la séance suivante. Les élèves peuvent contacter l'enseignant s'ils rencontrent des difficultés.
Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)
Combinaison d'activités d'apprentissage en présentiel et en distanciel
Informations complémentaires:
L'enseignement se fait en présentiel (parties théoriques, explication des instructions, analyses des résultats) et sous la forme de travaux personnels à distance.
Supports de cours, lectures obligatoires ou recommandées
Plate-forme(s) utilisée(s) pour les supports de cours :
- eCampus
Informations complémentaires:
Les diaporamas utilisés lors du cours sont mis à disposition sur e-campus. Les données nécessaires pour les analyses avec les fiches d'instruction pour chacune des séances y seront également accessibles.
Modalités d'évaluation et critères
Evaluation continue
Informations complémentaires:
La présence aux sessions est obligatoire pour valider les crédits.
Stage(s)
Remarques organisationnelles et modifications principales apportées au cours
Les étudiants doivent disposer d'un ordinateur tournant sous linux ou Mac. Les logiciels doivent être installés avant la première session.
Contacts
tom.druet@uliege.be