Microbiologie médicale

Durée

16h Th, 6h Pr

Nombre de crédits

Enseignant

Marie-Pierre Hayette

Langue(s) de l'unité d'enseignement

Langue française

Organisation et évaluation

Enseignement au deuxième quadrimestre

Horaire

Horaire en ligne

Unités d'enseignement prérequises et corequises

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme

Contenus de l'unité d'enseignement

Ce cours fait suite au cours MICR0120 - Microbiologie générale, dont il mobilise les connaissances fondamentales afin d'aborder la microbiologie clinique et la prise en charge des maladies infectieuses.

L'enseignement débute par une introduction consacrée au laboratoire de microbiologie clinique. Cette partie présente le rôle du laboratoire dans la prise en charge des maladies infectieuses, le bon usage des examens microbiologiques, les exigences pré-analytiques des prélèvements ainsi que le rôle des flores commensales dans la santé et la maladie.

Le cours est ensuite organisé selon une approche syndromique, centrée sur les principales présentations cliniques des maladies infectieuses. Pour chaque syndrome infectieux sont abordés :

• l'épidémiologie ;
• les principaux agents étiologiques ;
• les caractéristiques microbiologiques et les facteurs de virulence des agents pathogènes ;
• la pathogenèse ;
• les manifestations cliniques ;
• les méthodes de diagnostic microbiologique ;
• les modes d'acquisition et de transmission ;
• les complications éventuelles ;
• les principes du traitement anti-infectieux ;
• les mesures de prévention, y compris les recommandations vaccinales lorsqu'elles sont indiquées.

• Présentation du laboratoire de microbiologie clinique
• Flores commensales
• Infections du tractus urinaire
• Infections respiratoires hautes (ORL)
• Infections respiratoires basses, y compris la tuberculose
• Infections du tractus gastro-intestinal
• Infections sexuellement transmissibles
• Infections fongiques

• d'observer au microscope les principaux agents responsables de maladies infectieuses ;
• de se familiariser avec les techniques d'isolement, d'identification et de détection rapide des micro-organismes ;
• de comprendre l'importance des phases pré-analytiques et post-analytiques des examens microbiologiques ;
• d'appréhender la problématique des contaminations ;
• de comprendre les performances des examens microbiologiques, notamment les notions de sensibilité, de spécificité et de valeurs prédictives ;
• d'interpréter les résultats microbiologiques dans leur contexte clinique au travers de cas pratiques.

Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement

À l'issue du cours et des travaux pratiques, l'étudiant sera capable d'(e) :

• expliquer la contribution des analyses microbiologiques au diagnostic, au traitement, au suivi et à la prévention des maladies infectieuses ;
• justifier les exigences pré-analytiques propres aux analyses microbiologiques (choix du prélèvement, moment du prélèvement, technique de prélèvement, conditions de conservation et de transport) ;
• expliquer les principes, les indications et les limites des différentes méthodes de diagnostic microbiologique ;
• mobiliser les connaissances acquises en microbiologie générale afin de comprendre la pathogenèse des principales infections humaines ;
• identifier les principaux agents étiologiques responsables des infections en fonction du contexte clinique et du site anatomique concerné ;
• décrire les caractéristiques microbiologiques, les facteurs de virulence, les mécanismes physiopathologiques, les modalités diagnostiques, les traitements et les mesures de prévention des principaux agents pathogènes rencontrés en pratique clinique ;
• expliquer les mécanismes de défense de l'hôte et leurs interactions avec les agents infectieux ;
• proposer les examens microbiologiques adaptés au contexte clinique et au pathogène suspecté ;
• argumenter une stratégie thérapeutique anti-infectieuse et planifier le suivi du patient en tenant compte notamment de l'âge, des facteurs de risque et des recommandations en vigueur ;
• expliquer les recommandations vaccinales adaptées au risque individuel et collectif ;
• identifier les risques liés aux principales maladies infectieuses et proposer les mesures de prévention appropriées ;
• décrire les modes d'acquisition et de transmission des principales maladies infectieuses ;
• justifier les stratégies de prévention des infections sexuellement transmissibles et les moyens de promotion de la santé mis à disposition des jeunes gens;
• expliquer les examens microbiologiques nécessaires au diagnostic de la tuberculose pulmonaire et extra-pulmonaire ;
• commenter les principes du traitement et du suivi d'un patient atteint de tuberculose.

Savoirs et compétences prérequis

MICR0120 (Bac 2) - Microbiologie générale

Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement

Cet enseignement, destiné aux étudiants en médecine, est centré sur la microbiologie clinique et la prise en charge des maladies infectieuses.

Les cours magistraux présentent les principaux syndromes infectieux, les agents microbiens impliqués, les stratégies diagnostiques, les traitements ainsi que les mesures de prévention. Une attention particulière est portée au bon usage du laboratoire de microbiologie clinique, à la qualité des prélèvements et à l'interprétation des résultats microbiologiques dans leur contexte clinique.

Les travaux pratiques illustrent les notions théoriques au travers de situations rencontrées dans un laboratoire hospitalier de microbiologie clinique. Ils permettent de mettre en œuvre les principales techniques diagnostiques et d'intégrer les résultats microbiologiques dans le raisonnement clinique.

Les enseignements sont dispensés en présentiel et sont complétés par des podcasts commentés ainsi que par des ressources audiovisuelles réalisées au laboratoire de microbiologie clinique du CHU de Liège.

Travaux pratiques

Trois séances de travaux pratiques sont organisées.

Avant la première séance, les étudiants sont invités à visionner la vidéo d'introduction disponible à l'adresse suivante :

https://vimeo.com/67284183?fl=pl&fe=sh

La participation aux travaux pratiques est obligatoire.

Les connaissances acquises lors des travaux pratiques sont évaluées par des questions à choix multiples intégrées à l'examen écrit. Elles font également l'objet d'un rapport de TP qui fait partie de la cote finale.

Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)

Combinaison d'activités d'apprentissage en présentiel et en distanciel


Informations complémentaires:

Présentiel, podcasts, travaux pratiques avec présence obligatoire.

Supports de cours, lectures obligatoires ou recommandées

Plate-forme(s) utilisée(s) pour les supports de cours :
- eCampus


Informations complémentaires:

Les diaporamas des cours, les notes de travaux pratiques, les podcasts commentés sont mis à disposition des étudiants sur E-Campus de même qu'un syllabus.

Ouvrages de référence

• Microbiology: A Clinical Approach (Garland Science)
• Mims' Medical Microbiology (Elsevier)
• Fungal Infections (M. Richardson, éd.)

• https://www.microbes-edu.org/
• Sciensano : https://www.sciensano.be
• ECDC : https://www.ecdc.europa.eu
• CDC : https://www.cdc.gov
• Organisation mondiale de la Santé : https://www.who.int/fr

Modalités d'évaluation et critères

Examen(s) en session

Toutes sessions confondues

- En présentiel

évaluation écrite ( QCM )


Informations complémentaires:

Examens en session

Toutes sessions confondues

En présentiel

Evaluation écrite QCM

Informations complémentaires :

L'évaluation est organisée en présentiel sous la forme d'un examen écrit composé exclusivement de questions à choix multiples (QCM), avec correction selon la méthode For Guessing.

L'examen porte sur l'ensemble des contenus théoriques et des travaux pratiques.

Dans le cadre des examens intégrés du cursus, les connaissances acquises dans cette unité d'enseignement peuvent également être mobilisées.

Absences

• une absence injustifiée à une séance de travaux pratiques entraîne une note de zéro pour le rapport de TP, soit une pénalité de 10 % de la note finale ;
• une absence justifiée par certificat médical ne donne lieu à aucune pénalité mais elle ne dispense pas de l'examen final. Le rapport de TP pourra être supprimé ou adapté en fonction des cas.
• un rapport non remis est assimilé à une absence injustifiée.

Stage(s)

Remarques organisationnelles et modifications principales apportées au cours

La participation aux travaux pratiques est obligatoire.

Le port d'une blouse de laboratoire est requis pour accéder aux séances.

Les changements de groupe ne sont autorisés qu'à titre exceptionnel, dans la limite des places disponibles.

Contacts

Responsable académique de l'unité d'enseignement

Pr Marie-Pierre Hayette
Service de microbiologie clinique - CHU de Liège
Courriel : mphayette@uliege.be

Collaborateurs 

Dr Pablo Beckers, Pablo.Beckers@chuliege.be

Mme Rosalie Sacheli, PhD, R.Sacheli@chuliege.be

Responsable des travaux pratiques

Mr Khalid El Moussaoui, Assistant universitaire
Service de microbiologie clinique - CHU de Liège
Courriel : kelmoussaoui@chuliege.be

Service de microbiologie clinique - Secrétariat

CHU de Liège
Tour 6 - Route 656
4000 Liège - Belgique

Stéphanie Wauquier
Tél. : +32 (0)4 323 22 90
Courriel : stephanie.wauquier@chuliege.be

Association d'un ou plusieurs MOOCs

Notes en ligne