Durée
20h Th, 20h TD
Nombre de crédits
| Master en bioinformatique et modélisation, à finalité approfondie | 4 crédits |
Enseignant
Coordinateur
Langue(s) de l'unité d'enseignement
Langue anglaise
Organisation et évaluation
Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier
Horaire
Unités d'enseignement prérequises et corequises
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement
Ce cours enseigne la prise en main du système d'exploitation Linux et l'interface en ligne de commande (Shell), dans le contexte des applications bioinformatiques.
1. Linux
- Linux (installation, configuration et personnalisation, découverte de la GUI)
- Ligne de commande (terminal, shell)
- Shell interactif : commandes de diagnostic, de navigation, de recherche de fichiers, de manipulation de fichiers, de lecture/écriture de fichiers, de manipulation de chaînes de caractères et de gestion des permissions
- Shell avancé : gestion de processus, variables, boucles, one-liners, scripts
- Tenue d'un cahier de laboratoire bioinformatique
- Introduction à la reproductibilité des analyses bioinformatiques
- Singularity/Apptainer :
- Bases théoriques de la virtualisation et de la conteneurisation
- Installation et configuration d'un conteneur via une sandbox
- Création et exécution d'un conteneur Singularity/Apptainer et partage de fichiers entre l'hôte et le conteneur
- Introduction à Nextflow et aux workflows bioinformatiques :
- Gestion des processus et des canaux
- Création et exécution de workflows simples avec Nextflow en DSL1
- Intégration de conteneurs Singularity/Apptainer dans Nextflow
- Introduction au DSL2
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement
Au terme de cette unité d'enseignement, l'étudiant sera capable de contrôler un ordinateur local ou distant équipé d'un système d'exploitation de type UNIX. Il sera capable d'administrer des comptes utilisateurs, de gérer le système de fichiers et d'utiliser la ligne de commande pour réaliser des traitements de données élémentaires. Il sera capable d'utiliser le shell pour organiser des workflows plus complexes d'analyse de données biologiques pouvant mettre en oeuvre d'autres programmes conçus dans différents langages informatiques.
Au terme de cette unité d'enseignement, l'étudiant sera capable de comprendre les principes de reproductibilité des analyses bioinformatiques et de conteneurisation. Il sera capable de créer, configurer et exécuter des conteneurs avec Singularity/Apptainer. Il sera également capable de concevoir et d'exécuter des workflows d'analyse de données biologiques avec Nextflow et d'y intégrer des conteneurs Singularity/Apptainer afin de construire des workflows reproductibles et portables.
Savoirs et compétences prérequis
Ce cours ne suppose aucune connaissance particulière en informatique.
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement
- mini-exposés théoriques
- défis à résoudre
- travaux pratiques sur ordinateur
- autoformation (manuels et tutoriels en ligne)
Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)
Ce cours est essentiellement en présentiel, mais son approche par problèmes nécessitera du travail en dehors de la salle de classe.
Supports de cours, lectures obligatoires ou recommandées
Autre(s) site(s) utilisé(s) pour les supports de cours
- Notes en lignes sur Gitlab (https://ptocquin.gitlabpages.uliege.be/linux-command-line/)
Informations complémentaires:
Les notes de cours sont disponibles en ligne: https://ptocquin.gitlabpages.uliege.be/linux-command-line/
Modalités d'évaluation et critères
Examen(s) en session
Toutes sessions confondues
- En présentiel
évaluation orale
Informations complémentaires:
L'évaluation du cours s'effectuera sous forme orale et durera 75 minutes par étudiant. Elle se décomposera en trois étapes successives : une évaluation pratique de 15 minutes en direct sur les compétences Linux et l'utilisation de la ligne de commande, suivie de 45 minutes de préparation pour l'examen spécifique à Nextflow, et enfin un oral de 15 minutes pour valider les acquis.
Stage(s)
Remarques organisationnelles et modifications principales apportées au cours
ATTENTION : Chaque étudiant de M-BIM doit se munir d'un ordinateur portable sur lequel il doit installer un système Linux (type Ubuntu 24.04). Les machines virtuelles dans VirtualBox ne sont pas une solution fiable. Sur les systèmes Windows récents, il est possible d'accéder à un environnement Linux grâce au Windows Subsystem for Linux (WSL): https://learn.microsoft.com/en-us/windows/wsl/. Si besoin, une assistance pour l'installation de Linux pourra être apportée lors du premier cours. Les étudiants qui souhaitent bénéficier de cette aide se muniront d'une clé USB de minimum 12Gb sur laquelle ils auront gravé une image disque Ubuntu récente en suivant les installations suivantes: https://ubuntu.com/tutorials/install-ubuntu-desktop
Contacts
Dr. Pierre Tocquin
Institut de Botanique B22 (P70)
ptocquin@uliege.be
04/366 38 32
Dr. Luc Cornet
Institut de Botanique B22 (P70)
luc.cornet@uliege.be
04/366 22 59