Ecriture scientifique

Partim A

Ce module abordera les principes d'écriture scientifique (structure d'un rapport et d'un article scientifique), l'approche critique de l'information scientifique, les principes de recherche de l'information scientifique dans les outils adéquats, les notions de plagiat et d'éthique des publications, les principes de rigueur méthodologique et la prise en main d'outils de mise en forme de données.


Table des matières des cours théoriques 


Rédaction scientifique (P Cardol/ P. Tocquin)

Principes de rédaction et de structuration d'un écrit scientifique 

• Préparation à la réalisation du rapport de stage en entreprise et du mémoire 
• Principes de rédaction scientifique  
• Développer une introduction 
• Ecrire un titre, un abstract, une légende de figure 
• Présentation des méthodes, principes de reproductibilité, accessibilité des données (Data management program, ...) 
• Structurer la section résultats 
• Principe et mise en application de la discussion de résultats 
• Choix de mots clés, ... 

• Sources d'information, outils de recherche d'information (types de ressources et contenus) et développement d'un regard critique face à l'information scientifique (pyramide des preuves, ...) ;  
• Introduction à la communication et à l'édition scientifique : coûts, dérives, enjeux du libre accès, politiques de droit d'auteur et plagiat, nouveaux vecteurs de communication scientifique ;  
• Principes généraux de la recherche d'information scientifique : question initiale, question documentaire, choix des outils, langages documentaires, langages de commande, accès aux documents via des bases de données ; 
• Méthodes bibliographiques et utilisation d'un logiciel de référencement bibliographique (Zotero). 

• Théorie générale sur la présentation de figures et de graphiques de résultats
• Packages R appliqués aux graphiques 
• Ecriture de légendes scientifiques

• Rédaction scientifique (P Cardol/ P. Tocquin): application des principes d'écriture 
• Formation à l'exploitation des ressources documentaires (M. Bardiau)
• Mise en forme des données et mise en graphique (F. Bouché et P. Tocquin)

Partim B

Ce cours introduit Markdown comme langage de balisage léger pour la rédaction de documents scientifiques. Les étudiants apprendront à structurer du contenu textuel de manière simple et portable, à utiliser Pandoc pour convertir ces documents vers différents formats (Word, PDF, HTML) en appliquant des templates Word personnalisés. Le cours couvre également l'intégration de références bibliographiques via Zotero et BibTeX, ainsi que la création de rapports dynamiques avec R-Markdown, incluant code exécutable, figures et tables générées automatiquement. L'accent est mis sur la reproductibilité, la séparation du contenu et de la mise en forme, et l'automatisation des workflows de rédaction.

Partim A

• Formuler une hypothèse de recherche et la contextualiser 
• Acquérir la capacité de structurer un rapport scientifique 
• Développer l'usage critique des textes scientifiques 

Partim B

À l'issue de ce cours, les étudiants seront capables de :

• Rédiger de documents structurés en utilisant la syntaxe Markdown (titres, paragraphes, listes, liens, images, tableaux, blocs de code).
• Convertir de documents Markdown vers Word, PDF ou HTML en utilisant Pandoc.
• Appliquer de templates Word personnalisés pour garantir une mise en forme cohérente avec les exigences des revues scientifiques.
• Gérer des références bibliographiques avec Zotero, export en BibTeX, et intégration des citations dans des documents Markdown.
• Créer de rapports dynamiques avec R-Markdown, incluant l'exécution de code R, l'affichage de figures et de tables, et la génération automatique de bibliographies.
• Adopter de bonnes pratiques pour la rédaction reproductible et collaborative de documents scientifiques.

Partim A

Notion de programmation avec R.  

Partim B

Ce cours ne suppose aucune connaissance préalable en Markdown, Pandoc ou R-Markdown.

Pour la partie R-Markdown, une connaissance élémentaire de R est nécessaire.

Partim A

Cours théoriques en présentiel

Travaux dirigés (écriture scientifique) 

Partim B

Les activités combinent exposés théoriques courts, démonstrations pratiques en direct, et exercices guidés sur ordinateur. Les participants seront amenés à :

• Observer des démonstrations de syntaxe Markdown et de conversion avec Pandoc.
• Pratiquer la rédaction en Markdown via différents éditeurs (VS Code, Obsidian, RStudio).
• Expérimenter la conversion de documents avec application de templates Word.
• Intégrer des références bibliographiques via Zotero et BibTeX.
• Créer et compiler un rapport dynamique en R-Markdown.

Partim A

Cours donné exclusivement en présentiel


Informations complémentaires:

Cours donné exclusivement en présentiel


Explications complémentaires:

L'enseignement sera organisé selon les modalités suivantes:

Sauf mention contraire, les cours se dérouleront  en matinée de 09h00 à 12h30 (4 périodes de 50 min) et en après-midi de  13h45 à 17h00 (4 périodes de 45 min) .

Les travaux pratiques sont obligatoires, car indispensables à la réalisation du rapport sur lequel une partie de ce module sera évalué. En cas d'absence, même justifiée, les étudiants sont tenus de se remettre en ordre.

 

 

 

 

 

Partim B

Cours donné exclusivement en présentiel

Partim A

Les diaporamas seront mis à disposition des étudiants dans la plateforme eCampus. 

Partim B

Plate-forme(s) utilisée(s) pour les supports de cours :
- eCampus

Partim A

Travail à rendre - rapport


Informations complémentaires:

Travail à rendre - rapport


Explications complémentaires:


L'évaluation sera basée sur la qualité et la structure d'un rapport écrit rédigé par les étudiants sur un sujet imposé par les enseignants.

 

 

 

 

 

Partim B

Travail à rendre - rapport


Informations complémentaires:

L'évaluation porte sur les fichiers sources (Markdown, BibTeX, YAML, etc.) utilisés pour générer le rapport final du stage pratique du partim BIOL0034-A. Les critères d'évaluation incluent :

• La qualité et la structure des documents Markdown (clarté, organisation, syntaxe correcte).
• L'intégration appropriée des références bibliographiques BibTeX.
• La fonctionnalité des documents R-Markdown (code exécutable, génération automatique des figures/tables).
• La reproductibilité globale du workflow : possibilité de régénérer le rapport final à partir des fichiers sources.

Partim A

Pour les travaux pratiques d'écriture, les étudiants sont tenus d'amener un ordinateur (ou tablette).

Partim A

Coordination du module:

Frédéric Bouché

Tél : 04/366 22 69 
Email: fbouche@uliege.be

Les enseignants sont disponibles pour répondre à vos questions: soit durant les cours/séances de travaux pratiques dispensés dans le cadre de ce module, soit par e-mail (dans les heures de bureau).


Liste des Enseignants :

Frédéric Bouché (fbouche@uliege.be) 
Pierre Cardol (pierre.cardol@uliege.be)
Marjorie Bardiau (mbardiau@uliege.be) 
Pierre Tocquin (ptocquin@uliege.be) 

Partim B

Enseignant responsable : Pierre Tocquin
Adresse e-mail : ptocquin@uliege.be