Programme des cours 2016-2017
MICR1717-1  
Microbiologie générale et clinique
Durée :
40h Th, 12h Pr
Nombre de crédits :
Bachelier en sciences pharmaceutiques6
Nom du professeur :
Marie-Pierre Hayette, Pierrette Melin
Coordinateur(s) :
N...
Langue(s) de l'unité d'enseignement :
Langue française
Organisation et évaluation :
Enseignement au deuxième quadrimestre
Unités d'enseignement prérequises et corequises :
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement :
Microbiologie générale (P. Melin et MP.Hayette)    Ce cours introduit l'étudiant à l'univers invisible des microbes et à leurs rôles essentiels dans notre vie quotidienne: la plupart des microbes sont bénéfiques et protègent notre biosphère, une minorité est responsable de maladies.  Les microorganismes sont ubiquitaires et vivent dans des écosystèmes très variés et complexes.   La connaissance des caractéristiques spécifiques des microorganismes aide à la compréhension du développement de maladies infectieuses et des moyens disponibles pour les contrôler.   Des 4 grands groupes de microbes, les virus, les bactéries, les champignons et les parasites, les bactéries représentent la forme de vie la plus ancienne, à l'origine de l'évolution des formes de vie que nous connaissons.   Les caractéristiques des microorganismes ainsi que leurs interactions avec l'environnement et les autres organismes vivants, en particulier avec l'homme, sont développés.  La plasticité de leur génome leur permet des échanges horizontaux entre espèces, caractéristique à l'origine de l'évolution mais aussi de l'émergence de variants plus virulents ou plus résistants.   Les interactions entre les microbes et l'homme sont complexes. L'issue de ces relations dépend de la virulence des microorganismes, du site exposé et de la capacité de l'homme à se défendre contre les microorganismes.   Les différentes approches du contrôle et prévention des maladies infectieuses sont décrites: l'amélioration de l'hygiène, l'accessibilité à l'eau potable, l'utilisation d'agents antimicrobiens, l'immunoprophylaxie, la stérilisation, l'usage d'agents antiseptiques et désinfectants.
Table des matières P.Melin: Introduction/ Un peu d'histoire/ Le monde microbien/ Les bactéries, cellules procaryotes/ Les aspects bénéfiques des microbes/ Concepts de maladie infectieuse et cycle/ Contrôle des maladies infectieuses: prévention et approche thérapeutique/ MP.Hayette: les fungi/ les parasites

Microbiologie clinique (MP. Hayette)    Le cours est destiné à apporter des connaissances de base en microbiologie médicale. Il porte sur les principales maladies infectieuses rencontrées en communauté. Celles-ci seront abordées par site anatomique comme par exemple les infections du tractus urogénital ou du tractus respiratoire parce que celles-ci sont parmi les plus fréquentes.    Le cours sera axé sur l'épidémiologie, les signes cliniques, le diagnostic et l'aspect thérapeutique. Les molécules anti-infectieuses seront détaillées en lien avec les résistances développées par les microorganismes et les effets secondaires majeurs.  En effet, le cours permet de faire le lien entre les anti-infectieux et le microorganisme cible pour mieux en comprendre les interactions et le développement des résistances potentielles. N.B. Les infections virales seront traitées dans le cours de virologie médicale (N.Jacobs).
Table des matières:  - les infections du tractus respiratoire en particulier les pneumonies d'origine bactérienne en incluant la tuberculose/ les infections urinaires/ les maladies sexuellement transmissibles/ les infections cutanées en insistant sur les infections provoquées par les staphylocoques dorés (S. aureus)/ les infections superficielles d'origine fongique (candidoses et dermatophytoses)/ les infections par les ectoparasites (poux, puces)/ deux exemples d'infections transmises par piqûre d'arthropodes seront présentées avec la borréliose (pathologie autochtone) et la malaria (maladie tropicale d'importation) / les mécanismes de résistance aux antibiotiques, antifongiques et antiparasitaires
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement :
Partim Microbiologie générale:
Au terme de l'enseignement et des travaux pratiques concernant la microbiologie générale, les étudiants seront capables:
  • d'identifier les principaux enjeux des microorganismes sur notre planète (environnement, pathologie infectieuse par ex.)
  • de décrire l'importance mondiale de la mortalité et de l'évolution des maladies infectieuses
  • de présenter quelques étapes clés dans l'histoire de la microbiologie
  • de décrire les différents types de microorganismes et leurs caractéristiques
  • de résumer les caractéristiques de croissance des bactéries et de l'importance des biofilms
  • de décrire le matériel génétique des bactéries, les grands principes de modification de celui-ci et de nouvelles acquisitions
  • de décrire les principaux aspects bénéfiques des microbes
  • de comprendre et d'expliquer les relations hôte-microorganismes pouvant conduire à la maladie
  • de lister et de décrire brièvement les principaux facteurs de pathogénicité
  • d'expliquer les différents modes de transmission des agents infectieux
  • de comprendre et de résumer des moyens de défenses et de prévention disponibles contre l'agression par des microorganismes. Sécurité de la chaine alimentaire / eau potable / vaccination / stérilisation-désinfection / antibiotiques
  • de restituer et de décrire brièvement les modes d'action des antibiotiques et mécanismes de résistance
  • de décrire des méthodes et moyens de détection et d'identification des microorganismes utilisées dans les laboratoires.
  • dans la poursuite de son cursus d'intégrer des notions abordées plus spécifiques concernant les maladies infectieuses, leur diagnostic, leur pathogenèse, leurs contrôle et prévention
 
Partim microbiologie clinique
A l'issue du cours vous aurez enrichi vos connaissances sur l'épidémiologie des principales maladies infectieuses rencontrées en communauté, sur les moyens  de prévention et sur l'abord thérapeutique.
Vous connaitrez les principales techniques utilisées dans un laboratoire de microbiologie pour le diagnostic des maladies infectieuses. 
Ce cours permettra à ceux qui se destinent à l'officine d'assurer au mieux leur rôle de conseiller dans la prévention et la thérapeutique instaurée par le médecin. Pour celui qui se destine à la biologie clinique le cours apportera les bases qui seront renforcées au cours de sa formation de biologiste. Enfin, pour celui qui se destine à l'industrie ou la recherche, les connaissances en microbiologie médicale apporteront une base facilitant l'intégration dans la filière des anti-infectieux. Pour les autres, il constituera une culture générale microbiologique.
Savoirs et compétences prérequis :
Les prérequis sont les cours de
  • Biologie générale préparatoire aux sciences médicales, incluant l'introduction à la génétique générale
  • Immunologie générale
Ces pré-requis facilitent l'apprentissage et constituent une connaissance de base indispensable. 
Le co-requis sont les cours de
  • Virologie générale (Pr. N. Jacobs)
  • Virologie médicale (Pr. N. Jacobs)
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement :
Ce cours repose principalement sur des cours magistraux.
Il est structuré en deux parties : la microbiologie générale et la microbiologie médicale.  Les chapitres sont ordonnés pour assurer une compréhension progressive et logique des contenus.
Concernant les cours de microbiologie clinique : "Révision - entrainement en continu".  Des quiz seront proposés au début de chaque cours sur la matière vue précédemment de façon à renforcer les acquis. Une séance de révision est également organisée à la fin du cours. Les étudiants sont invités à poser leurs questions après les séances de cours ou par email en mentionnant leur section.
Pour illustrer et développer certaines matières enseignées, des travaux pratiques sont organisés. La présence au laboratoire est OBLIGATOIRE.  Toute absence devra être justifiée par un certificat médical en bonne et due forme.  Pour des raisons de sécurité, le port d'une blouse de laboratoire est exigé; pour la manipulation de matériel biologique des gants à jeter seront mis à disposition.    Une interrogation sous forme de QCM est organisée à la fin des séances de travaux pratiques.  La cote de cette interrogation intervient dans la cote de première session. Les TP sont présentés sous forme d'ateliers thématiques qui illustrent les cours magistraux à travers la réalisation de tests diagnostiques, d'observations en microscopie et en macroscopie (cultures bactériennes et fongiques, parasites adultes), de projection de vidéos. Une video sera également mise à disposition sous forme d'une visite virtuelle du laboratoire de microbiologie médicale.  Cet enseignement et travaux pratiques s'adressant à de futurs professionnels de la santé, les exercices et démonstrations se rapportent  à la microbiologie clinique et introduisent ainsi la notion des missions d'un laboratoire de microbiologie dans le diagnostic et le contrôle des agents infectieux.  Lors des séances de travaux pratiques, les activités réalisées familiarisent aussi l'étudiant avec les considérations de base de la biosécurité, avec les règles incontournables de l'hygiène comme le lavage des mains et, avec les techniques de base utilisées en microbiologie.
D'autre part des références de videos seront déposées sur e-campus de façon ponctuelle pour illustrer certains cours (Ex. Malaria, maladie de Lyme).
Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance) :
Cours ex-cathedra présentiel et travaux pratiques
Participation de 2 personnes pour l'enseignement:


  • P. Melin et MP Hayette pour la microbiologie générale
  • MP. Hayette pour la microbiologie médicale
Les travaux pratiques sont organisés par groupes d'étudiants et sont encadrés par Julie Descy, pharmacien spécialiste en biologie clinique et microbiologie clinique. Les diaporama des cours théoriques et le manuel des travaux pratiques sont en ligne et accessibles via "my ULg".
Des références de videos seront déposées sur e-campus de façon ponctuelle pour illustrer certains cours (exemples: malaria, maladie de Lyme)
 
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours :
Les diaporama des cours théoriques ainsi que les notes de travaux pratiques, publiés en ligne et accessibles aux étudiants des sections et année concernées par le cours sont obligatoires. Les livres suivants sont des références qui peuvent aider les étudiants : apport d'une meilleure compréhension, développement d'un sujet d'intéret:


  • MIMS' MEDICAL MICROBIOLOGY, Mims C. et al, 5th Ed.,2012, Elsevier
  • INTRODUCION A LA MICROBIOLOGIE, Tortora G.J. et al, 2nd Ed., 2012, ERPI, Editions du Renouveau Pédagogique Inc.
  • BROCK BIOLOGY OF MICROORGANISMS, MT Madigan et al, 14th Ed, 2014,Pearson
  • THE MICROBIAL CHALLENGE, Krasner R., 2002, Ed. ASM PRESS
  • MICROBIOLOGIE, Prescott, Willey JM et al, Traduction de la 8ème Ed,2013, Ed.De Boeck Université
  • INFECTIOLOGIE, Tome 3. 3ème édition. Collection Le moniteur internat. 2007
Site web recommandé




 
Modalités d'évaluation et critères :
  • Examen écrit comportant des questions à choix multiples (QCM) avec degré de certitude (comptant pour 70% en juin et 80% en septembre) et des questions ouvertes courtes (QROC) (comptant pour 20%)
  • Une évaluation des travaux pratiques se fait à la fin de la dernière séance de travaux pratiques de chaque groupe.  Il s'agit de questions à choix multiples (QCM) et peut comporter une ou des questions ouvertes courtes (QROC).  La cote est intégrée à raison de 10% dans l'évaluation de la première session.
 
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Stage(s) :
Possibilité de faire 3 mois de stage et réalisation d'un  travail de fin d'études en dernière année de master.
Remarques organisationnelles :
Pour les travaux pratiques,
  • la coordination est assurée par Madame Julie Descy du service de microbiologie clinique du CHU de Liège.
  • La participation aux travaux pratiques est OBLIGATOIRE.
  • L'accès aux travaux pratiques est interdit aux étudiants ne portant pas de blouse de laboratoire.
  • les changements de groupes ne seront autorisés que de manière exceptionnelle dans la mesure des possibilités.
Contacts :
Service de Microbiologie clinique CHU de Liège, B-23 Sart Tilman, 4000 LIEGE Belgique Secrétariat Pour tout contact ou rendez-vous, s'adresser à la secrétaire Madame MC Lhôte
Enseignants Pierrette Melin
Marie-Pierre Hayette
  Travaux pratiques Julie Descy
Notes en ligne :
Diaporama Mycologie générale (MP Hayette)
"Ces notes ont pour seule vocation d'être utilisées par les étudiants dans le cadre de leur cursus au sein de l'Université de Liège. Aucun autre usage ni diffusion n'est autorisé, sous peine de constituer une violation de la Loi du 30 juin 1994 relative au droit d'auteur"
Diaporama Parasitologie générale (MP Hayette)
"Ces notes ont pour seule vocation d'être utilisées par les étudiants dans le cadre de leur cursus au sein de l'Université de Liège. Aucun autre usage ni diffusion n'est autorisé, sous peine de constituer une violation de la Loi du 30 juin 1994 relative au droit d'auteur"
Microbiologie générale Diaporama P. Melin 2017
Diaporama
Syllabus Mycologie générale
"Ces notes ont pour seule vocation d'être utilisées par les étudiants dans le cadre de leur cursus au sein de l'Université de Liège. Aucun autre usage ni diffusion n'est autorisé, sous peine de constituer une violation de la Loi du 30 juin 1994 relative au droit d'auteur"
Syllabus Parasitologie générale
"Ces notes ont pour seule vocation d'être utilisées par les étudiants dans le cadre de leur cursus au sein de l'Université de Liège. Aucun autre usage ni diffusion n'est autorisé, sous peine de constituer une violation de la Loi du 30 juin 1994 relative au droit d'auteur"
tp de microbiologie générale
Le syllabus des travaux pratiques reprend les méthodologies utilisées pour l'étude des bactéries, levrures et virus. Il décrit les réactions sérologique et les principes de biologie moléculaire appliqués au diagnostic microbiologique.
tp de microbiologie médicale
le syllabus des travaux pratiques reprend les méthodologies utilisées pour l'étude des bactéries, levures, virus. Il décrit les réactions sérologies et les principes de biologie moléculaire appliqués au diagnostic microbiologique.