Durée
15h Th, 15h Pr
Nombre de crédits
| Master en bioinformatique et modélisation, à finalité approfondie | 3 crédits | |||
| Master en océanographie, à finalité approfondie | 3 crédits |
Enseignant
Coordinateur(s)
Langue(s) de l'unité d'enseignement
Langue française
Organisation et évaluation
Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier
Horaire
Unités d'enseignement prérequises et corequises
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement
Le cours consistera en une découverte de l'utilisation d'outils informatiques et statistiques adaptés pour l'analyse de sets de données biologiques.
Diverses notions seront revues par le biais d'exercices, depuis des notions générales (vecteurs et matrices, p-valeurs) jusqu'à la mise en œuvre de solutions complètes d'analyse exigées par des problèmes particuliers.
Concrètement, le cours sera axé sur l'usage du langage R et ses divers paquets logiciels.
Des outils statistiques de base (e.g. PCA, regroupement) seront appliquées à des données océanographiques de distribution d'espèces et environnementales.
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement
L'objectif du cours est de familiariser l'étudiant à l'utilisation de R et des outils d'analyse statistique de données disponibles appliqués à l'analyse de données océanographiques.
Savoirs et compétences prérequis
Les étudiants sont invités à revoir les bases qu'ils auraient déjà acquises dans les domaines suivants : statistique et programmation.
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement
Exposés théoriques et exercices pas à pas, travaux pratiques sur ordinateur avec défis à résoudre et exercices autonome.
Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)
Combinaison d'activités d'apprentissage en présentiel et en distanciel
Informations complémentaires:
Combinaison d'activités d'apprentissage en présentiel et en distanciel
Explications complémentaires:
Des exercices et videos de résolutions sont disponibles pour la partie de Patrick Meyer, à l'adresse: www.bioinfo.uliege.be/classes/I2BDA/
Le mot de passe pour accéder au contenu du cours est disponible via le forum ecampus du cours.
Contrairement aux exercices pratiques en ligne, les concepts théoriques pour la partie de Patrick Meyer sont généralement donnés en présentiel.
La partie donnée par Marilaure Grégoire est en présentiel, comprendra une partie théorie et exercices.
Supports de cours, lectures obligatoires ou recommandées
Autre(s) site(s) utilisé(s) pour les supports de cours
- Site web de Patrick Meyer pour ce cours (www.bioinfo.uliege.be/classes/I2BDA/)
Informations complémentaires:
Part Marilaure Grégoire, the slides and the exercises are made available via eCampus. The book " Numerical Ecology with R" by Daniel Borcard, François Gillet, Pierre Legendre is recommended (the whole book will not be seen, 5 first chapters).
Modalités d'évaluation et critères
Examen(s) en session
Toutes sessions confondues
- En présentiel
évaluation écrite ( QCM, questions ouvertes ) ET évaluation orale
Interrogation(s) hors session
Informations complémentaires:
Examen(s) en session
Toutes sessions confondues
- En présentiel
évaluation écrite ( QCM, questions ouvertes )
examen oral (partie océanographie)
Explications complémentaires:
L'examen consistera en un examen écrit (partie exercices en R) et examen oral (partie analyse des données océanographiques).
Pour la partie introductive (Prof. Meyer), des interrogations ecampus peuvent aussi prendre place pendant les cours (les détails organisationnels pour ces interrogations sont communiqués au premier cours et/ou sur la page web du cours).
Stage(s)
Remarques organisationnelles et modifications principales apportées au cours
L'emploi d'un ordinateur portable est nécessaire à toutes les séances pour le suivi de démonstrations et la réalisation d'exercices de programmation personnels.
Le logiciel gratuit RStudio est accessible en ligne et notre serveur Rstudio peut être mis à disposition des étudiants pour réaliser exercices, interros et examens via un navigateur web.
Contacts
Prof. Patrick Meyer : Patrick.Meyer@uliege.be
Assistant Meyer: bioinformatics@uliege.be
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Prof. Marilaure Grégoire: mgregoire@uliege.be