Durée
10h Th, 10h Pr
Nombre de crédits
| Master en bioinformatique et modélisation, à finalité approfondie | 2 crédits |
Enseignant
Langue(s) de l'unité d'enseignement
Langue anglaise
Organisation et évaluation
Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier
Horaire
Unités d'enseignement prérequises et corequises
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement
Ce cours enseigne la prise en main du système d'exploitation Linux et l'interface en ligne de commande (Shell), dans le contexte des applications bioinformatiques.
1. Linux
- Linux (installation, configuration et personnalisation, découverte de la GUI)
- Ligne de commande (terminal, shell)
- Shell interactif : commandes de diagnostic, de navigation, de recherche de fichiers, de manipulation de fichiers, de lecture/écriture de fichiers, de manipulation de chaînes de caractères et de gestion des permissions
- Shell avancé : gestion de processus, variables, boucles, one-liners, scripts
- Tenue d'un cahier de laboratoire bioinformatique
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement
Au terme de cette unité d'enseignement, l'étudiant sera capable de contrôler un ordinateur local ou distant équipé d'un système d'exploitation de type UNIX. Il sera capable d'administrer des comptes utilisateurs, de gérer le système de fichiers et d'utiliser la ligne de commande pour réaliser des traitements de données élémentaires. Il sera capable d'utiliser le shell pour organiser des workflows plus complexes d'analyse de données biologiques pouvant mettre en oeuvre d'autres programmes conçus dans différents langages informatiques.
Savoirs et compétences prérequis
Ce cours ne suppose aucune connaissance particulière en informatique.
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement
- autoformation (manuels et tutoriels en ligne)
- séances de questions/réponses en présentiel ou à distance à la demande
Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)
Combinaison d'activités d'apprentissage en présentiel et en distanciel
Informations complémentaires:
Ce cours est essentiellement organisé en autoformation. Les étudiants sont invités à me contacter pour organiser des séances en présentiel ou à distance afin d'adresser les questions qu'ils pourraient avoir sur le cours et les exercices.
Supports de cours, lectures obligatoires ou recommandées
Autre(s) site(s) utilisé(s) pour les supports de cours
- Notes de cours sur Gitbal (https://ptocquin.gitlabpages.uliege.be/linux-command-line)
Informations complémentaires:
Les notes de cours sont disponibles en ligne: https://ptocquin.gitlabpages.uliege.be/linux-command-line
Modalités d'évaluation et critères
Examen(s) en session
Toutes sessions confondues
- En présentiel
évaluation écrite ET évaluation orale
Stage(s)
Remarques organisationnelles et modifications principales apportées au cours
ATTENTION : Chaque étudiant de M-BIM doit disposer d'un ordinateur portable sur lequel il doit installer un système Linux (type Ubuntu 24.04). Les machines virtuelles dans VirtualBox ne sont pas une solution fiable. Sur les systèmes Windows récents, il est possible d'accéder à un environnement Linux grâce au Windows Subsystem for Linux (WSL): https://learn.microsoft.com/en-us/windows/wsl/. Si besoin, une assistance pour l'installation de Linux pourra être apportée lors d'une séance à organiser à l'initiative des étudiants qui le souhaitent. A cette occasion, les étudiants concernés se muniront d'une clé USB de minimum 12Gb sur laquelle ils auront gravé une image disque Ubuntu récente en suivant les installations suivantes: https://ubuntu.com/tutorials/install-ubuntu-desktop
Contacts
Dr. Pierre Tocquin
Institut de Botanique B22 (P70)
ptocquin@uliege.be
04/366 38 32