Durée
15h Th, 15h TD
Nombre de crédits
| Master en bioinformatique et modélisation, à finalité approfondie | 3 crédits | |||
| Master en biologie des organismes et écologie, à finalité approfondie | 5 crédits |
Enseignant
Coordinateur(s)
Langue(s) de l'unité d'enseignement
Langue anglaise
Organisation et évaluation
Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier
Horaire
Unités d'enseignement prérequises et corequises
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement
Les modèles mathématiques et simulations informatiques sont essentiels pour comprendre comment les systèmes biologiques intéragissent. Ce cours est centré sur la modélisation dynamique de systèmes écologiques et génétiques. Ce cours est accessible à un public de biologistes. On parlera de la philosophie de modélisation, des concepts et outils de base d'analyse des systèmes. Ensuite les étudiants apprendront à formuler des equations, à utiliser les formalismes appropriés pour la modélisation dynamique (ex. état d'équilibre, interactions proie-predateur, compétition entre espèces,...) et jusqu'à l'analyse des solutions.
Ce cours implique des exercices pratiques avec des exemples provenant de systèmes écologiques et de régulation de gènes.
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement
L'objectif du cours est de comprendre les principes de base de la modélisation dynamique, jusqu'a pouvoir modéliser et simuler soi-même des modèles simples.
Savoirs et compétences prérequis
Savoir programmer en R devrait déjà avoir été acquis pour ce cours (par exemple avec le cours de STAT0077 ou OCEA0224)
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement
Une bonne partie du cours consistera à implémenter des exemples simples pour se familiariser avec l'implémentation de modèles.
Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)
Cours donné exclusivement en présentiel
Informations complémentaires:
Presential classes, exercises on computers during the classes as well as as homeworks.
Supports de cours, lectures obligatoires ou recommandées
A Practical guide to Ecological Modelling, Using R as a simulation Platform. Soetaert and Herman, 2009.
Ecological Dynamics, Gurney and Nisbet, 1998.
Modalités d'évaluation et critères
Examen(s) en session
Toutes sessions confondues
- En présentiel
évaluation écrite ( questions ouvertes )
Informations complémentaires:
Un examen écrit et en présentiel sera organisé en janvier. Il comportera des questions sur la théorie et les travaux pratiques.
Pour ceux qui ont échoué en janvier, une seconde session d'examen sera prévue en août/septembre. Cet examen de seconde session comportera des questions sur la théorie et les travaux pratiques.
Les examens sont réalisés exclusivement en prensentiel.
Partie Patrick Meyer: une interrogation (Ecampus) pourra être ajoutée pendant l'année, portant exclusivement sur la matière des cours dispensée par ce professeur.
Si une interrogation prend place, les points obtenus n'impacteront que la cote de première session (pas de la seconde session). Cependant des questions sur la matière en question pourront être demandées lors d'un examen de seconde session.
Stage(s)
Remarques organisationnelles et modifications principales apportées au cours
Contacts
Prof. Marilaure Grégoire,
MAST, ULg
e-mail : mgregoire@uliege.be
tel : 04366 3354
******************
Prof. Patrick Meyer,
BioSys Lab
e-mail: Patrick.Meyer@uliege.be
tel : 04366 3030
Association d'un ou plusieurs MOOCs
Aucun MOOC n'est associé à ce cours.