Durée
25h Th, 25h Pr
Nombre de crédits
| Master en bioinformatique et modélisation, à finalité | 4 crédits |
Enseignant
Coordinateur(s)
Langue(s) de l'unité d'enseignement
Langue française
Organisation et évaluation
Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier
Horaire
Unités d'enseignement prérequises et corequises
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement
Objectifs et programme :
1) les outils nécessaires pour la visualisation et l'analyse des macromolécules biologiques,
2) un aperçu des méthodes de modélisation des protéines : modélisation par homologie, modélisation ab initio, protéines et ligands, méthodes de docking, etc...
Le cours abordera
- un rappel sur la structure des Protéines (si besoin est...),
- une introduction à la Protein Data Bank et description d'un fichier PDB,
- une introduction au programme de visualisation Pymol et des TPs sur son utilisation,
- l'utlisation de logiciels d'analyse des structures 3D (logiciels deepview, PDBePISA)
- la modélisation par homologie - Introduction au programme Yasara et TP sur son utilisation
- les interactions Protéine- Ligands - Introduction au logiciel AUTODOCK
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement
Savoirs et compétences prérequis
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement
L'utilisation des différents logiciels abordés nécessitent l'utilisation d'un ordinateur portable.
Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)
Présentiel
Adaptations organisationnelles liées au contexte sanitaire
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours
Copie des diaporamas power-point projetés. Références pour livres et logiciels utilisés.
Modalités d'évaluation et critères
Vous trouverez ci-dessous les modalités d'évaluation envisagées pour les examens en présentiel et à distance ainsi que celle souhaitée en cas de session hybride. En fonction de l'évolution sanitaire, la modalité choisie vous sera communiquée au plus tard un mois avant le début de la session d'examen.
Toutes sessions confondues :
- En présentiel
évaluation écrite
- En distanciel
travail à rendre
- Si évaluation en "hybride"
préférence en distanciel
Explications complémentaires:
L'examen consistera en la réalisation d'un travail et d'un rapport basé sur l'étude d'un cas pratique dont l'intitulé sera donné au préalable.
Stage(s)
Remarques organisationnelles
25 cours de 2h, à raison de 2 cours/semaine des semaines S1 à S13.
Contacts
Paulette Charlier, PhD, Chargé de Cours
Cristallographie des macromolécules biologiques, Centre d'Ingénierie des Protéines, Département des Sciences de la Vie, Université de Liège, Institut de Physique, B5a, B-4000 Liège, Belgium
Tel: +32 (0)4 366 36 19
Fax: +32 (0)4 366 49 54
E-mail : paulette.charlier@uliege.be
http://www.cip.ulg.ac.be
Dr Frédéric Kerff- Tél. 04/366.36.20 - E-mail : fkerff@uliege.be