2019-2020 / BIOL2019-1

Chimie théorique et physique appliquée à l'analyse structurale des biomolécules

Durée

24h Th, 24h Pr

Nombre de crédits

 Bachelier en sciences de l'ingénieur, orientation bioingénieur4 crédits 

Enseignant

Christian Damblon, Loïc Quinton

Coordinateur(s)

Christian Damblon

Langue(s) de l'unité d'enseignement

Langue française

Organisation et évaluation

Enseignement au deuxième quadrimestre

Horaire

Horaire en ligne

Unités d'enseignement prérequises et corequises

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme

Contenus de l'unité d'enseignement

Description de la relation entre les différentes spéctrométries.
Théorie quantique et équation de Schrödinger.
Spectrométrie ultraviolet-visible.
Spectrométrie infrarouge et raman.
Spectrométrie de résonance nucléaire (1H, 13C, 2D).
Spectrométrie de masse.
Méthodes couplées.

Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement

Comprendre les fondements théoriques des méthodes spectrométriques. Appliquer ces techniques à l'analyse struturale des molécules biologiques. A l'issue du cours, l'étudiant doit être capable de - comprendre les phénomènes qui régissent les différentes spectrométries : ultra-violet, visible, infrarouge, raman, résonance magnétique nucléaire, spectrométrie de masse. - lire et interpréter les spectres obtenus par les différentes techniques - préparer des échantillons en vue de leur analyse - comprendre l'essentiel du fonctionnement des appareils vus aux travaux pratiques - identifier une molécule à partir de ses différents spectres

Savoirs et compétences prérequis

CHIM9268-1 - Chimie générale CHIM9255-3 - Chimie organique CHIM9239-2 - Chimie des molécules biologiques CHIM9267-1 - Chimie des équilibres

Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement

Cours théorique magistral
Exercices d'interprétation de spectres obtenus par différents spectromètres. Les séances d'exercices comprennent un bref rappel théorique avec l'interprétation des spectres de différentes fonctions chimiques, des exercices de spectrométrie réalisés par les étudiants avec l'aide de l'enseignant, des exercices récapitulatifs mettant en œuvre des spectres différents pour une même molécule inconnue.

Travaux pratique pour les techniques IR, maldi-tof, LC-MS, GC-MS et RMN. Les travaux pratiques se donnent par séries d'étudiants travaillant en groupes. Les expériences réalisées illustrent et complètent les notions vues au cours théorique. La rédaction d'un rapport est demandée à la fin des séances. La présence au laboratoire est obligatoire. Toute absence devra être justifiée par un certificat médical. L'accès à l'examen ne sera pas accordé aux étudiants ayant des absences non justifiées aux TPs ou n'ayant pas remis de rapport de TP. Pour des raisons de sécurité, l'accès au laboratoire n'est autorisé qu'aux étudiants munis d'un tablier de laboratoire, de leurs lunettes de sécurité et en ordre d'inscription. Les lunettes devront être portées lors de chaque manipulation. Il n'y a pas d'examen de TP en tant que tel. Cependant, des questions faisant intervenir des situations de laboratoire et du 'vocabulaire' de laboratoire pourront apparaître lors de l'évaluation concernant les exercices.

Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance)

Cours magistral : 24h Travaux pratiques : 24h (Exercices 8h, travaux pratiques sur les appareils 16h)

Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours

Les notes de cours comprennent une partie bibliographique qui renvoie l'étudiant vers des livres qui peuvent l'aider à une meilleure compréhension de la matière.

Modalités d'évaluation et critères

L'étudiant doit se munir de sa carte d'étudiant Ulg et de sa carte d'identité pour se présenter à toutes les épreuves, sous peine de se voir refuser l'accès et la prise en compte de l'épreuve.
La répartition des évaluations est la suivante :
- Examen écrit: Théorie + Exercices: 70% 
- travaux pratiques: 30%
La présence aux travaux pratiques est obligatoire.

Stage(s)

Remarques organisationnelles

Contacts

Prof. Christian Damblon Laboratoire de chimie biologique structurale UR MolSys Allée du six Aout 11 - Quartier Agora B4000 -Liège 1 - Belgium Département de chimie Université de Liège tel +32 4 366 3788 C.Damblon@uliege.be


Prof. Loïc Quinton  Laboratory of Mass Spectrometry -  Biological Chemistry MolSys Research Unit Allée du six Aout 11 - Quartier Agora B4000 -Liège 1 - Belgium Tel +32 4 366 3679 loic.quinton@uliege.be

Adaptation des engagements pédagogiques suite à la pandémie de COVID-19 pour la session de mai-juin

Méthodes d'apprentissage mises en œuvre : enseignement à distance

Les cours sont enregistrés en vidéo et sont disponibles sous forme de PODCAST. Les diapositives de la présentation sont également disponibles. L'ensemble de l'équipe enseignante reste disponible pour répondre aux questions par email.

Matière de l'évaluation

La matière évaluée sera composée de celle présentée en présentielle et celle communiquée par l'intermédiaire des podcasts.

Méthodes d'évaluation

L'examen sera constitué de questions ouvertes de compréhension sur la théorie et d'exercices d'analyse structurale. Les exercices consisteront en la résolution de structures à partir de spectres de la base de donnée UlgSpectra.
L'évaluation se fera par une épreuve écrite réalisée à distance (« en ligne »). Les étudiants recevront par e-mail (ou par e-Campus) le questionnaire d'examen selon l'horaire défini dans CELCAT. Le jour de l'examen, les étudiants confirmeront par retour d'e-mail à c.damblon@uliege.be la bonne réception du questionnaire d'examen. Ils disposeront ensuite de 2 heures pour répondre au questionnaire d'examen. Deux options sont possibles ; soit l'étudiant répond sur feuille blanche  de manière manuscrite , soit il a recourt à un traitement de texte. Avant la fin du temps imparti, les étudiants devront transmettre leur réponse par e-mail (ou par e-campus) à l'enseignant (c.damblon@uliege.be) soit sous forme de fichier word ou soit sous forme de fichier photo  du type JPEG, TIFF ou PDF (photo de la copie d'examen prise avec un GSM par exemple) de leur réponse manuscrite. Le nom du cours et le matricule de l'étudiant devront impérativement être mentionnés en objet de l'e-mail. L'enseignant confirmera par retour d'e-mail la bonne réception de la copie d'examen.
Un ordinateur et une connexion internet stable seront nécessaires pour effectuer l'examen dans de bonnes conditions.
Pour les étudiants qui auraient eu des problèmes pour l'envoi des réponses par courriel, un examen oral sera organisé par visioconférence.

Contact

Sophie Rappe : sophie.rappe@uliege.be
Loïc Quinton : loic.quinton@uliege.be
Christian Damblon : c.damblon@uliege.be

Adaptation des engagements pédagogiques suite à la pandémie de COVID-19 pour la session août-sept

Matière de l'évaluation

Les cours sont enregistrés en vidéo et sont disponibles sous forme de PODCAST. Les diapositives de la présentation sont également disponibles. L'ensemble de l'équipe enseignante reste disponible pour répondre aux questions sur le forum prévu à cet effet sur e-Campus. 
La matière évaluée sera composée de celle présentée en présentielle et celle communiquée par l'intermédiaire des podcasts.

Méthodes d'évaluation (et plateforme utilisée)

L'examen sera constitué de questions ouvertes de compréhension sur la théorie et d'exercices d'analyse structurale. Les exercices consisteront en la résolution de structures à partir de spectres de la base de données UlgSpectra.
L'évaluation consistera en deux épreuves écrites séparées (Théorie et Exercice) réalisées à distance (« en ligne »). Les étudiants recevront par e-mail (ou par e-Campus) les questionnaires d'examen, théorie et exercice séparés selon l'horaire défini dans CELCAT. 
La partie théorique sera envoyée en premier lieu et les étudiants auront 30 min pour y répondre. Les étudiants auront ensuite 15 minutes pour envoyer leur réponse par email à c.damblon@uliege.be et à Sophie.Rappe@uliege.be .
Le questionnaire d'exercices sera rendu disponible 45 minutes après la théorie. Les étudiants auront alors 90 minutes pour faire l'exercice et 15 minutes pour envoyer leur réponse par email à c.damblon@uliege.be et à Sophie.Rappe@uliege.be.
 
Pour les réponses : deux options sont possibles ; soit l'étudiant répond sur feuille blanche de manière manuscrite, soit il a recourt à un traitement de texte. Le matricule de l'étudiant doit être indiqué sur chaque feuille qui doit être numérotée (x/nombre total de pages). Avant la fin du temps imparti, les étudiants devront transmettre leur réponse par e-mail soit sous forme de fichier Word ou soit sous forme de fichier photo  du type JPEG, TIFF ou PDF (photo de la copie d'examen prise avec un GSM ou un scanner, par exemples) de leur réponse manuscrite. Le nom du cours et le matricule de l'étudiant devront impérativement être mentionnés en objet de l'e-mail. Afin que les enseignants confirment la bonne réception de la copie d'examen, l'étudiant doit demander un accusé de réception lors de son envoi.
Un ordinateur et une connexion internet stable seront nécessaires pour effectuer l'examen dans de bonnes conditions.
Pour les étudiants qui auraient eu des problèmes pour l'envoi des réponses par courriel, un examen oral sera organisé par visioconférence.

Contact(s)

Sophie Rappe : sophie.rappe@uliege.be
Loïc Quinton : loic.quinton@uliege.be
Christian Damblon : c.damblon@uliege.be

Notes en ligne

Méthodes spectroscopiques spectrométrie de masse
Analyse structurale, spectrométrie de masse