Bioinformatique appliquée

Durée

20h Th

Nombre de crédits

Enseignant

Bernard Joris

Langue(s) de l'unité d'enseignement

Langue française

Organisation et évaluation

Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier

Horaire

Horaire en ligne

Unités d'enseignement prérequises et corequises

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme

Contenus de l'unité d'enseignement

Le cours comprendra: - Une introduction pratique aux commandes UNIX, à l'utilisation d'un terminal X et aux transferts de fichiers en utilisant le réseau
- Une utilisation des différents logiciels permettant la comparaison entre deux séquences peptidiques ou nucléotidiques ainsi qu'une description des différentes banques accessibles par le réseau internet. Une attention toute particulière sera donnée à l'analyse statistique du résultat. - Les programmes présents dans la suite de logiciels EMBOSS (http://emboss.open-bio.org/rel/dev/apps/ ) seront utilisés pour analyser les séquences peptidiques et nucléotidiques. - Les travaux pratiques associés à ce module permettront aux étudiants d'utiliser les logiciels présentés au cours théorique.

Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement

L'objectif du cours est l'acquisition par les étudiants de la maîtrise des outils bioinformatiques de base pour analyser une séquence peptidique ou nucléotidique.

Savoirs et compétences prérequis

Une bonne connaissance de la biochimie et de la biologie moléculaire

Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement

Alternance entre les cours théoriques et pratiques dans une salle avec des ordinateurs à la dispositions des étudiants.

Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance)

Mode d'enseignement présentiel

Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours

Modalités d'évaluation et critères

L'examen consistera à la résolution d'un problème pratique et d'une présentation orale à la classe. Les étudiants travaillerons par groupe de deux.

Stage(s)

Remarques organisationnelles

Contacts

Bernard Joris bjoris@ulg.ac.be
Secrétariat : Julémont Fabienne fjulemont@ulg.ac.be 04 366 3341

Adaptation des engagements pédagogiques suite à la pandémie de COVID-19 pour la session de mai-juin

Méthodes d'apprentissage mises en œuvre : enseignement à distance

Matière de l'évaluation

Méthodes d'évaluation

Contact

Adaptation des engagements pédagogiques suite à la pandémie de COVID-19 pour la session août-sept

Matière de l'évaluation

Le contenu des Powerpoints et podcasts placés sur MyULiege (support du cours

Méthodes d'évaluation (et plateforme utilisée)

Evaluation orale à distance via  plateforme Lifesize ou Blackboard Collaborate

Contact(s)

bjoris@uliege.be