Structure des macromolécules biologiques (aspects expérimentaux généraux) : partim a

Durée

20h Th, 10h Pr

Nombre de crédits

Enseignant

Paulette Charlier, Christian Damblon, Edwin De Pauw

Coordinateur(s)

Paulette Charlier

Langue(s) de l'unité d'enseignement

Langue française

Organisation et évaluation

Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier

Unités d'enseignement prérequises et corequises

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme

Contenus de l'unité d'enseignement

Ce cours a essentiellement pour objet la présentation d'une série de techniques utiles à l'étude de la structure des protéines. Il s'organise autour de trois thèmes: la Cristallographie des rayons-X, la Résonance Magnétique Nucléaire et la Spectrométrie de masse. Chacune de ces parties est divisée en partie théorique et pratique, à peu près d'égale importance.

I- La diffraction des Rayons-X (P. Charlier) Partie théorique: 1- Rappel général de la technique, 2- les structures d'assemblage macromoléculaire, 3- Les structures de capside virale et de sous-unités ribosomales Partie pratique: TP sur l'utilisation du programme PYMOL pour l'affichage des macromolécules biologiques.
II- Résonance Magnétique Nucléaire appliquée aux Protéines (C. Damblon) Partie théorique: 1- Rappel général de la technique, 2- La détermination de structure.
III- La spectrométrie de masse (E. De Pauw)

Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement

Ce cours donne aux futurs bioinformaticiens les bases nécessaires pour comprendre les principes de détermination de structure 3D de protéine par radiocristallographie, résonance magnétique nucléaire et spectrométrie de masse afin de leur permettre de faire une utilisation objective des modèles. Il leur donne un aperçu des pouvoirs et limites de différentes techniques.

Savoirs et compétences prérequis

Cours de physique de 1er cycle. Connaissances de base en radiocristallographie souhaitable. Bonne connaissance des principes de base des structures de protéines. Cours de biophysique de 1er cycle.

Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement

Tutorials dédiés à l'utilisation du programme Pymol pour l'observation et l'analyse des structures de macromolécules. Utilisation de la base de données PDB.

Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance)

A décider de commun accord avec les intervenants du cours.

Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours

Les présentations PowerPoint du cours théorique seront disponibles sur CD ainsi que les notes des travaux pratiques. Livres recommandés : - "Crystallography made crystal clear: A guide for users for macromolecular models." Gale Rhodes, Academic Press 2000 - "Introduction to Protein Structure" Carl Branden and John Tooze, Garland Publishing 1999 CD roms : - PS² and Kinemage Supplement to "Introduction to Protein Structure" Carl Branden and John Tooze, Garland Publishing 1999

Modalités d'évaluation et critères

A décider de commun accord avec les intervenants du cours. Probablement sur base d'un article scientifique.

Stage(s)

Remarques organisationnelles

Contacts

Paulette Charlier, PhD, Chargé de CoursCristallographie des macromolécules biologiques, Centre d'Ingénierie des Protéines, Département des Sciences de la Vie, Université de Liège, Institut de Physique, B5a, B-4000 Liège, Belgium Tel: +32 (0)4 366 36 19 Fax: +32 (0)4 366 49 54 E-mail : Paulette.Charlier@ulg.ac.be http://www.cip.ulg.ac.be/
DAMBLON Christian Département de chimie (sciences) / Chimie biologique structurale Bât. B6 Chimie biologique structurale allée du 6 Août 3 4000 Liège 1 Belgique Tél. ULg +32 4 3663788 Fax ULg +32 4 3664577 c.damblon@ulg.ac.be
Prof. De Pauw Edwin, Dean of Chemistry Department Mass spectrometry Laboratory CART/GIGAproteomics Liege University B4000 Liege Belgium tel direct line: +3243663415 tel secretary: +3243663414 fax: +3243663413 e.depauw@ulg.ac.be http://www.mslab.ulg.ac.be/ http://www.giga.ulg.ac.be/