Programme des cours 2016-2017
ATTENTION : version 2015-2016 de l'engagement pédagogique
OCEA0064-1  
Functional and Molecular Marine Microbiology
  • Marine bacteriology
  • Molecular approaches to the diversity of marine microorganisms
Durée :
Marine bacteriology : 15h Th, 30h Pr
Molecular approaches to the diversity of marine microorganisms : 15h Th, 15h Pr
Nombre de crédits :
Master en océanographie, à finalité (MER)6
Nom du professeur :
Marine bacteriology : Mathieu Poulicek
Molecular approaches to the diversity of marine microorganisms : Annick Wilmotte
Coordinateur(s) :
N...
Langue(s) de l'unité d'enseignement :
Langue anglaise
Organisation et évaluation :
Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier
Unités d'enseignement prérequises et corequises :
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement :
Marine bacteriology
Après avoir brièvement revu les bases de la bactériologie "générale" (structure morphologique et fonctionnement métabolique des bactéries) (3 heures), je décris, selon les données les plus récentes, la biodiversité des microorganismes marins (y-compris la description des techniques)(2 heures). Ensuite, on abordera les spécificités du milieu marin : approches techniques de récolte et de caractérisation des biomasses et des potentiels métaboliques en pleine eau et dans les sédiments, contrôle de la distribution et des activités des bactéries en mer, cycles du carbone, de l'azote, du phosphore et du soufre, description du fonctionnement de la boucle microbienne (8 heures). Le cours se termine par la description de quelques biocénoses bactériennes remarquables essentiellement focalisées sur le phénomène de symbiose : les macroinvertébrés des sources hydrothermales (pogonophores et bivalves) et leur microfaune associée, les bactéries symbiontes de la couche de mucus des coraux et le phénomène de blanchiment (2 heures).
Molecular approaches to the diversity of marine microorganisms
Depuis une vingtaine d'années, il est apparu que l'étude de la diversité des microorganismes marins ne peut se faire sans une approche moléculaire, étant donné que seule une fraction d'entre eux peut être isolée en culture. De plus, pour les microorganismes observables en microscopie, la diversité génétique est plus grande que celle déterminée sur base des caractères phénotypiques (morphologie...). La détermination de la diversité au niveau génétique permet aussi de comprendre des caractéristiques écologiques (distribution géographique, endémisme, etc.).
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement :
Marine bacteriology
Dresser un tableau intégré de l'impact des bactéries dans le fonctionnement océanique.
Molecular approaches to the diversity of marine microorganisms
Donner aux étudiants les connaissances leur permettant, d'une part de comprendre et lire de manière critique la littérature concernant la diversité des microorganismes marins, et d'autre part, d'utiliser les techniques moléculaires pour résoudre les problèmes de diversité et d'écologie moléculaire sur lesquels ils travaillent (mémoire, doctorat, etc).
Savoirs et compétences prérequis :
Marine bacteriology
Les bases de la microbiologie sont (rapidement) revues au début du cours.
Molecular approaches to the diversity of marine microorganisms
Avoir une base de connaissances concernant le matériel génétique, ADN, ARN, protéines. Si ce prérequis est absent, un cours peut être consacré à une mise à niveau.
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement :
Marine bacteriology
Approches techniques de mesures de la biomasse (épifluorescence UV et dosages d'ATP au compteur de photons), mesures des constantes de croissance et évaluation des activités métaboliques sur des populations bactériennes mixtes (masse filtrante de l'aquarium Dubuisson) (20 heures)
Initiation à l'utilisation de logiciels de calculs et de simulation en microbiologie (10 heures)
Molecular approaches to the diversity of marine microorganisms
Travail pratique au laboratoire sur un petit problème de diversité de microorganismes marins (souvent cyanobactéries) ou présentation d'un article
Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance) :
Marine bacteriology
Cinq fois 3 heures de cours à placer dans l'horaire et 5 journées de TP.
Molecular approaches to the diversity of marine microorganisms
Enseignement présentiel, au 2nd semestre 1) Définitions 2) Pourquoi ? 3) Marqueurs moléculaires de diversité 4) Techniques moléculaires 5) Analyses phylogénétiques 6) Comment est générée la diversité génétique? 7) Examples d'applications en écologie microbienne moléculaire 8) présentation d'un article par les étudiants
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours :
Marine bacteriology
Syllabus distribué au début du cours
Ouvrage de référence : "Microbial Ecology of the oceans", D.L. Kirchman, Ed. Wiley-Liss Inc.
Molecular approaches to the diversity of marine microorganisms
Il s'agit d'une copie des transparents montrés
Modalités d'évaluation et critères :
Marine bacteriology
Examen oral à livre ouvert (deux questions), après préparation.
Molecular approaches to the diversity of marine microorganisms
1) Présentation d'un article ou rapport du travail de laboratoire effectué (si l'étudiant(e) réalise une recherche en diversité moléculaire) 2) Examen théorique
Stage(s) :
Remarques organisationnelles :
Contacts :
Marine bacteriology
Mathieu Poulicek - Tél 04 366 50 67 - Email: mpoulicek@ulg.ac.be
Molecular approaches to the diversity of marine microorganisms
A. Wilmotte, CIP, Chimie B6,
Tél. : 04/366.38.56,
e-mail : awilmotte@ulg.ac.be
Notes en ligne :
Molecular approaches to the diversity of marine microorganisms
Analyse Phylogénétique
Analyse phylogénétique
Generation of genetic diversity
Mechanism to generate and limit genetic diversity
Molecular diversity of communities
molecular diversity of natural communities
Systematics of microorganisms and taxonomic tools
Systematics of microorganisms