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| MICR0711-1 | Microbiologie
- Partim 1 : Algologie et mycologie
- Partim 2 : Bactériologie
- Partim 3 : Virologie
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| Durée : | Partim 1 : Algologie et mycologie : 20h Th, 10h Pr
Partim 2 : Bactériologie : 20h Th, 10h Pr
Partim 3 : Virologie : 20h Th, 10h Pr
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| Nombre de crédits : |
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| Nom du professeur : | Partim 1 : Algologie et mycologie : Denis Baurain
Partim 2 : Bactériologie : Bernard Joris
Partim 3 : Virologie : Jacques Piette
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| Coordinateur(s) : | Jacques Piette |
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Langue(s) du cours :
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| Langue française |
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Organisation et évaluation :
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| Enseignement durant l'année complète |
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Contenus du cours :
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 | | Partim 1 : Algologie et mycologie |
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| Un cours introductif (1h30) présente l'organisation à grande échelle du Vivant et fait prendre conscience de la diversité insoupçonnée des "protistes" (microbes eucaryotiques), en ce compris les "algues" et les "champignons". Les messages importants de cette première leçon sont l'utilité d'une classification naturelle et l'inadéquation des dénominations traditionnelles.
Les 10 cours suivants brossent un panorama des différents groupes d'algues (dont les cyanobactéries) et de champignons (au-delà des Fungi sensu stricto) en les replaçant dans leur contexte évolutif tel que déduit de la phylogénie moléculaire. Pour chaque groupe, une série d'espèces représentatives sont discutées plus en détail.
Le programme approximatif de ces 10 cours est détaillé ci-dessous.
2. Présentation des caractères biochimiques et ultrastructuraux dont la variation au sein des grands groupes d'algues fait que, sous une morphologie souvent simple, ces organismes montrent une bien plus grande diversité d'organisation cellulaire que les animaux ou les végétaux terrestres.
3. Introduction au mode de vie des champignons.
4. Présentation des algues bleues, que leur nature procaryotique met dans une position phylogénétique particulière (cyanobactéries), mais dont le rôle écologique est similaire à celui des autres algues. Principaux thèmes : rôle dans les écosystèmes actuels, fixation de l'azote, toxines et évolution morphologique.
5-8. Présentation des algues eucaryotiques, surtout les algues rouges, vertes et brunes, ainsi que les principales algues planctoniques (par ex. dinoflagellés, diatomées). Principaux thèmes : évolution des eucaryotes (origine, perte ou gain de chloroplaste, origine des plantes terrestres), rôle écologique et économique (mucilages) des algues benthiques, production primaire, rôle trophique et blooms toxiques chez les groupes planctoniques, symbioses des dinoflagellés.
9. Présentation des ascomycètes. Parmi ceux-ci, un accent particulier est mis sur les levures comme outil technologique et scientifique (petits génomes complètement séquencés, transformations, fermentations). Autres thèmes : les parasites et les symbiontes (lichens), les mycotoxines et les antibiotiques.
10. Présentation des basidiomycètes en insistant sur leur rôle en tant que symbiontes mycorhiziens ou que destructeurs du bois (rôle écologique, nuisance pour le bois d'oeuvre, potentialité biotechnologique de la capacité à métaboliser la lignine).
11. Présentation des autres groupes de champignons en insistant sur les Mucorales (moisissures) et les Glomales (endomycorhizes), les mildious (rôles économique et historique) et Dictyostelium (outil de la biologie moléculaire).
Les travaux pratiques sont basés sur la récolte dans les environs de l'Institut de Botanique de champignons qui sont ensuite observés au laboratoire. Des essais de mise en culture sont effectués. Il en va de même pour les algues qui sont récoltées dans l'étang de l'institut et également observées en culture. |
| | Partim 2 : Bactériologie |
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| Chapitre I : La cellule bactérienne : architecture et composition
Chapitre II : Biosynthèse et assemblage des enveloppes bactériennes
Chapitre III : La croissance bactérienne
Chapitre IV : Nutrition
Chapitre V : Métabolisme
Chapitre VI : Le contrôle de la croissance bactérienne
Chapitre VII : Les antibiotiques |
| | Partim 3 : Virologie |
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| Chapitre I : Les bases de la virologie
Chapitre II : Les différents cycles infectieux
Chapitre III : Les différentes étapes du cycle infectieux productif
Chapitre IV : Les origines possibles de la latence et de la persistance en relation avec certaines pathologies
Chapiter V : Comment peut-on classifier les virus : la classification selon Baltimore
Chapitre VI : Les virus de la classe V : les orthomyxoviridae; les paramyxoviridae; les rhabdoviridae.
Chapitre VII : Les virus de la classe IV : les picornaviridae; les togaviridae; les flaviviridae; les coronaviridae.
Chapitre VIII : Les virus de la classe III : les réoviridae.
Chapitre IX : Les virus de la classe I : les virus de l'Herpès; les papovaviridae; les adénoviridae; les poxviridae.
Chapitre X : Les virus de la classe II : les parvoviridae; les bactériophages FX174 et M13
Chapitre XI : Les virus de la classe VI : Les Rétroviridae; les lentivirus et les HIV
Chapitre XII : Les virus de la classe VI : les hepdnaviridae; le virus de l'hépatite B
Chapitre XIII : Les virus échappent aux systèmes immunitaires par différentes stratégies. |
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Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) du cours :
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| | Partim 1 : Algologie et mycologie |
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| Les objectifs du partim sont au nombre de quatre :
- Se familiariser avec les principaux groupes d'organismes traditionnellement qualifiés d'algues et de champignons.
- Comprendre leur position dans la diversité du Vivant et maîtriser les bases de leur classification.
- Faire connaissance avec une série d'organismes représentatifs de ces groupes et présentant un intérêt évolutif, écologique, médical, expérimental ou industriel.
- S'essayer à l'observation et à l'identification de quelques espèces vivant aux alentours du Sart Tilman.
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| | Partim 2 : Bactériologie |
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| Obtenir une vue générale de la cellule bactérienne, de ses structures et de sa physiologie. Comprendre et maîtriser le contrôle de la croissance bactérienne par des agents physiques et chimiques |
| | Partim 3 : Virologie |
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| Obtenir une vue générale de la diversité du monde des virus et de la complexité des interactions entre les virus et leurs hôtes. Aider à la compréhension de la réponse immunitaire mise en oeuvre afin de lutter contre les infections virales. |
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Prérequis et corequis / Modules de cours optionnels recommandés :
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| | Partim 1 : Algologie et mycologie |
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| Un minimum de connaissances de biologie générale et de biochimie. |
| | Partim 2 : Bactériologie |
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| Un minimum de connaissances de biologie et de biochimie |
| | Partim 3 : Virologie |
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| Aucun. |
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Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement :
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| | Partim 1 : Algologie et mycologie |
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| Les travaux pratiques comprennent 4 demi-journées (algues 2, champignons 2) dans les laboratoires du niveau -1 de l'Institut de Botanique B22 au Sart Tilman. Le matériel frais est récolté aux alentours du bâtiment, situé près de la forêt, en début de séance. Certaines manipulations des travaux pratiques seront communes avec le cours de bactériologie. |
| | Partim 2 : Bactériologie |
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| Les travaux pratiques sont obligatoires et comprennent trois demi-journées de travail individuel avec un rapport final qui sera évalué |
| | Partim 3 : Virologie |
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| Travaux pratiques intégrés avec la matière d'immunologie |
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Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance) :
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| | Partim 1 : Algologie et mycologie |
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| Il est important d'assister au cours car celui-ci est interactif, ce qui aide à s'approprier la matière. De plus, il s'appuie sur la présentation d'un grand nombre d'illustrations originales.
Pour les travaux pratiques, se munir de papier A4, crayon et gomme et d'une loupe 10 à 15x. |
| | Partim 2 : Bactériologie |
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| Présentiel |
| | Partim 3 : Virologie |
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| Séances de 1h30. |
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Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours :
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| | Partim 1 : Algologie et mycologie |
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| Les présentations PowerPoint seront mises à disposition des étudiants à l'issue de chaque cours théorique. Un résumé "à trous" sera en outre distribué au début de chaque séance. |
| | Partim 2 : Bactériologie |
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| Des notes de cours seront données au début de l'année. Les diaporamas présentés seront mis à la disposition des étudiants.
Livres de référence :
Prescott L.M. Harley J.P. and Klein D.A. Microbiologie . De Boeck-Wesmael S.A. Bruxelles
Madigan M.F., Martinko J.M., Parker J. Brock Biology of Microorganisms. Prentice Hall International Inc., Londres |
| | Partim 3 : Virologie |
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| Pas de notes de cours mais mise à la disposition des étudiants des diapositives montrées durant les leçons.
Ouvrages de référence :
-Virology (Ed. B. Fields et al, Lippincott-Ravel, New-York, USA.).
-Understanding viruses par Teri Shors (Ed Jones and Bartlett, USA).
-Virology: Molecular Biology & Pathogenesis par Leonard Norkin (Ed ASM Press, USA) |
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Modalités d'évaluation et critères :
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| | Partim 1 : Algologie et mycologie |
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| La cote finale se compose pour un quart des cotes des travaux pratiques de l'année et pour trois-quarts de la cote de l'examen écrit (QCM). Comme pour les deux autres partims, une note de 8/20 est indispensable pour que l'ensemble du cours puisse être réussi. |
| | Partim 2 : Bactériologie |
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| Examen écrit en janvier et oral en septembre |
| | Partim 3 : Virologie |
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| Examen oral. Deux questions portant sur la matière du cours théorique. |
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Stage(s) :
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Remarques organisationnelles :
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| | Partim 1 : Algologie et mycologie |
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| La prise de notes sur un ordinateur portable ou une tablette est autorisée. Les étudiants sont néanmoins encouragés à ne pas "surfer" ni "chatter" au cours. |
| | Partim 2 : Bactériologie |
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| Il est important de noter que comme pour les deux autres partims, une note de 8/20 est indispensable pour que l'ensemble du cours puisse être réussi. |
| | Partim 3 : Virologie |
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| Il est important de noter que comme pour les deux autres partims, une note de 8/20 est indispensable pour que l'ensemble du cours puisse être réussi |
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Contacts :
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| | Partim 2 : Bactériologie |
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| Bernard Joris, Chargé de coursInstitut de Chimie B6a
Bureau 1.50b
E-mail : bjoris@ulg.ac.be |
| | Partim 3 : Virologie |
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| Jacques Piette, Directeur de Recherches FNRS et Professeur Adjoint.
Laboratoire de Virologie & Immunologie, Institut de Pathologie, Bât. B23, 4000 Liège 1 (Sart Tilman)
Tél : 04/366.24.42, Fax : 04/366.24.33, E-mail : jpiette@ulg.ac.be |
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| Notes en ligne : |
Partim 3 : Virologie
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