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| INFO0430-2 | Eléments de bioinformatique
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| Durée : | 10h Th, 10h Pr |
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| Nombre de crédits : |
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| Nom du professeur : | Olivier Peulen |
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Langue(s) du cours :
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| Langue française |
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Organisation et évaluation :
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| Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier |
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Contenus du cours :
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| Ce cours décrit les avancées de la bioinformatique au XXIème siècle. Les bases de données génomiques et protéomiques seront décrites. La recherche de séquences dans les bases de données sera expliquée. Certains algorithmes de détection d'exons seront exposés. Les notions de distances, de similitudes et d'homologie seront introduites. Les méthodes de dot-plots, d'alignement (par paires ou multiple) de séquences, de détection de séquences consensus et de "design" d'oligonucléotides destinés à la PCR seront introduites. Un chapitre sera consacré à la phylogénétique.
Contenu :
- Introduction et scénario
- Outils informatiques
- Constituants cellulaires et bioinformatique
- Dot-plots
- Homologie, distance et similarité
- Alignements par paires
- Matrices de substitutions
- Alignements multiples
- FASTA
- BLAST
- Phylogénie moléculaire
- Génomique et détection de séquences codantes
- Prédiction de structures
- Bases de données
- Genbank
- Travaux Pratiques |
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Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) du cours :
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| L'étudiant devrait être capable d'utiliser les logiciels de base de la bioinformatique disponible sur le WWW et de comprendre les mécanismes sur lesquels ils sont basés. Cet apprentissage lui permettra de cerner les limites de chaque procédure. |
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Prérequis et corequis / Modules de cours optionnels recommandés :
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| Connaissance basique du Web.
Cours de statistique et de probabilité |
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Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement :
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| Séance d'introduction pratique à l'utilisation des ressources Bioinformatiques du Web: Genbank, Swissprot, PDB, BLAST, primer3, ... |
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Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance) :
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| Le cours sera donné lors de la 1ère Maîtrise à raison de 2 heures par semaine pendant 5 semaines. |
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Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours :
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| Syllabus (~150 pages) et un CD avec la présentation powerpoint sont disponibles. Les notes de cours seront déposées sur My ULg. Les fichiers powerpoint seront déposés sur My ULg. |
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Modalités d'évaluation et critères :
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| Examen oral |
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Stage(s) :
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Remarques organisationnelles :
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| Livre de références :
1) Fundamental concepts of bioinformatics, Dan E. Krane & Michael L. Raymer, Benjamin Cummings Editor (2003)
2) Introduction to Bioinformatics, Arthur M. Lesk, Oxford University Press (2002) |
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Contacts :
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| Olivier Peulen
Laboratoire de Recherche sur les Métastases
CHU - Tour de Pathologie B23
Tél: 04/366.37.92
E-mail: Olivier.Peulen@ulg.ac.be |
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