Applied genoproteomics

Durée

18h Th, 6h AUTR

Nombre de crédits

Enseignant

Magali Deleu, Patrick Fickers, Laurence Lins, Sébastien Massart, Luc Willems

Coordinateur(s)

Patrick Fickers

Langue(s) de l'unité d'enseignement

Langue anglaise

Organisation et évaluation

Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier

Horaire

Horaire en ligne

Unités d'enseignement prérequises et corequises

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme

Contenus de l'unité d'enseignement

Le cours est axé sur les approches moléculaires actuellement développées par un bioingénieur dans l'étude et la caractérisation cellulaire des procaryotes et des eucaryotes en vue de leur exploitation et de leur valorisation. Ces approches comprennent des aspects de génie génétique et de génomique, de bioinformatiques et de protéomiques. Les notions théoriques du cours peuvent être regroupées selon trois axes majeurs :

1. Méthodes de génie génétique et génomique :

- les outils classiques du génie génétique, clonage de gènes, expression hétérologue,

- systèmes d'expression, organismes hôtes, notion d'usine cellulaire,

- ingénierie métabolique, biologie synthétique.

2. Analyse bioinformatique de séquences d'acide nucléique :

- introduction aux techniques de séquençage des acides nucléiques et à leur évolution au cours du temps,

- analyse bioinformatique de séquences d'acides nucléiques.

3. Analyse bioinformatique et de biophysique expérimentale de séquences protéiques et de leurs interactions avec les membranes cellulaires :

- notions de base de l'analyse bioinformatique des protéines,

- relation séquence primaire-structure tertiaire-fonction des protéines solubles et membranaires,

- méthodes classiques pour la prédiction de la relation structure-fonction des protéines,

- méthodes de biophysiques expérimentales pour caractériser les interactions entre peptides/protéines et les membranes cellulaires.

Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement

Objectifs d'apprentissage

- capacité de définir la stratégie de clonage, de sélectionner le vecteur/organisme hôte le mieux adapté pour la production de protéines recombinantes (homologue ou hétérologue) ou de métabolites d'intérêt,

- capacité de caractériser taxonomiquement et/ou fonctionnellement une séquence d'acide nucléique en la comparant aux bases de données internationales,

- capacité à utiliser les outils de prédiction relation structure-fonction des protéines.

- capacité à définir la stratégie adéquate pour l'étude des interactions protéines/peptides avec les membranes cellulaires.

Les aspects pratiques de ces notions seront envisagés dans le module à option de Master II - "Du gène à la protéine".

Compétences visées

A l'issue de ce module multidisciplinaire, les étudiants doivent être capables d'intégrer toutes les approches moléculaires dans des problèmes biologiques complexes relevant des sciences agronomiques et de l'ingénierie biologique.

Savoirs et compétences prérequis

BIOL 2015-3 - Biologie moléculaire
BIOL 2045-1 - Fondements de Biologie
BIOL 2013-2 - Microbiologie générale

Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement

L'apprentissage des notions se fera essentiellement sous forme de cours magistraux et d'exercices pratiques. Des vidéos illustrant certains concept/notions seront également disponibles. Des séminaires d'experts invités pour certains aspects théoriques ou certains modèles choisis pourraient aussi être organisés. Une visite guidée du GIGA à Liège sera également organisée (Obligatoire). Cette excursion comprend la présentation de l'organisation du GIGA, la visite des plateformes (génomique, zebra fish, imagerie, salles de cultures y compris L3), ainsi que quelques exposés de projets.

Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)

Cours donné exclusivement en présentiel


Explications complémentaires:

Cours magistral : 18 h

Visite du centre de recherche GIGA-ULg : 6 h (Obligatoire)

Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours

- Notes de cours et publications de la littérature récente. PowerPoint déposés sur eCampus.

Modalités d'évaluation et critères

Examen écrit sur toutes les parties du cours

Stage(s)

Remarques organisationnelles et modifications principales apportées au cours

Contacts

Prof. Patrick Fickers
TERRA Teaching and Research Centre - B140
Yeast Biotechnology Group
Avenue de la Faculté 2B
B-5030 Gembloux
pfickers@ULiege.be

Association d'un ou plusieurs MOOCs

Notes en ligne