2022-2023 / INFO0956-1

Introduction to biological data analysis

Durée

5h Th, 20h TD

Nombre de crédits

 Master en bioinformatique et modélisation, à finalité3 crédits 

Enseignant

Marilaure Grégoire, Patrick Meyer

Coordinateur(s)

Patrick Meyer

Langue(s) de l'unité d'enseignement

Langue anglaise

Organisation et évaluation

Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier

Horaire

Horaire en ligne

Unités d'enseignement prérequises et corequises

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme

Contenus de l'unité d'enseignement

Le cours consistera en une découverte de l'utilisation d'outils informatiques et statistiques adaptés pour l'analyse de sets de données biologiques.

Diverses notions seront revues par le biais d'exercices, depuis des notions générales (vecteurs et matrices, p-valeurs) jusqu'à la mise en œuvre de solutions complètes d'analyse exigées par des problèmes particuliers.

Concrètement, le cours sera axé sur l'usage du langage R.

Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement

Réflexes et autonomie pratique nécessaires pour pouvoir aborder le traitement et l'analyse de sets de données biologiques complexes avec le logiciel R, depuis la compilation de données à partir de différentes sources jusqu'à la synthèse de résultats statistiques et leur visualisation. Capacité à planifier les différentes étapes d'un processus d'analyse de données.

Savoirs et compétences prérequis

Les étudiants sont invités à revoir les bases qu'ils auraient déjà acquises dans les domaines suivants : statistique et programmation.

Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement

Mini-exposés théoriques, démonstrations et exercices pas à pas, travaux pratiques sur ordinateur avec défis à résoudre et exercices autonome.

Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)

Combinaison d'activités d'apprentissage en présentiel et en distanciel


Explications complémentaires:

Ce cours est entièrement donné sous forme de vidéo theorique et pratique
Ce cours peut-être suivi dans sa version française ou anglaise.
Des séances questions-réponses en présentiel sont prévues à l'horaire.

Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours

Les exercices et leur correction ainsi que les dapositives du cours (en pdf) sont mises en ligne à l'adresse web www.bioinfo.uliege.be/classes/INFO0956/
Le mot de passe est disponible dans le forum ecampus du cours.

Modalités d'évaluation et critères

Examen(s) en session

Toutes sessions confondues

- En présentiel

évaluation écrite ( QCM, questions ouvertes )

Interrogation(s) hors session


Explications complémentaires:

L'évaluation de ce cours se fait sur un examen écrit sur ordinateur. 

Des interros ecampus peuvent prendre place à la fin de certains cours (horaire spécifié sur la page web du cours). Les points obtenus aux interros éventuelles peuvent contribuer à la cote de première session.

 

Stage(s)

Remarques organisationnelles

L'emploi d'un ordinateur portable est nécessaire à toutes les séances pour le suivi de démonstrations et la réalisation d'exercices de programmation personnels.
Le logiciel RStudio est accessible via n'importe quel navigateur web.

Contacts

Prof. Patrick Meyer Institut de Botanique B22 (P70) www.bioinfo.uliege.be/meyer/

Association d'un ou plusieurs MOOCs