2021-2022 / NUTR1003-1

Advances in Nutrition and Gastrointestinal tract biology

Durée

15h Th, 5h AUTR

Nombre de crédits

 Master en sciences biomédicales, à finalité2 crédits 

Enseignant

Véronique Delcenserie, Souad Rahmouni, Bernard Taminiau

Langue(s) de l'unité d'enseignement

Langue anglaise

Organisation et évaluation

Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier

Horaire

Horaire en ligne

Unités d'enseignement prérequises et corequises

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme

Contenus de l'unité d'enseignement

Le cours intitulé "Advances in Nutrition and GIT Biology" explorera différentes facettes du système digestif.
Nous aborderons d'abord les différentes facettes de l'immunité intestinale, notamment la barrière muqueuse, la surface absorbante, les réactions immunitaires aux antigènes étrangers, le maintien de la tolérance aux antigènes bénins et la mise au point d'une réponse appropriée aux agressions pathogènes.
L'intervention du système immunitaire dans le développement postnatal de l'intestin grêle (et d'autres organes digestifs) sera ensuite brièvement abordé.
Le microbiote intestinal joue un rôle fondamental notamment dans le développement et le bon fonctionnement du système immunitaire dès la naissance. La colonisation intestinale du nouveau-né par la mère lors de l'accouchement et lors de l'allaitement est primordiale pour l'établissement d'un microbiote intestinal favorable. Mais la composition du microbiote intestinal peut être influencée par de nombreux autres facteurs tels que les antibiotiques, le stress, l'alimentation, l'environnement, les agents infectieux. L'installation d'une population microbienne équilibrée (composition, quantité, métabolites produits, interaction avec l'épithélium intestinal et le système immunitaire associé à l'intestin) au début ou au cours de la vie d'un individu est essentielle. L'utilisation de synbiotiques, association de probiotique et de prébiotique (nutriments spécifiques des populations microbiennes) comme suppléments régulateurs microbiens spécialisés peuvent présenter un intérêt pour la santé du microbiote intestinal.
La recherche sur le microbiote humain et singulièrement sur le microbiote intestinal a pris son essor avec les nouvelles technologies de biologie moléculaire et de bioinformatique. A l'instar de la microbiologie, l'analyse du microbiote repose sur des techniques indirectes se concentrant sur trois questions essentielles : quelles sont les populations microbiennes présentes, quel sont leurs potentiels métaboliques et quelles sont les produits de leur métabolisme. Le cours illustre les techniques usuelles et modernes permettant d'aborder ces trois questions.   La partie dédiée aux risques microbiologiques et à leur contrôle vise à donner un aperçu sur les principaux parasites, protozoaires, bactéries, virus et toxines microbiennes responsables de toxi-infections d'origine alimentaire en Belgique et leur maîtrise, y compris en modifiant le microbiote.   La partie dédiée aux risques chimiques vise à donner un aperçu des principaux dangers chimiques associés à la chaîne alimentaires, de leur toxicité et des mesures mises en oeuvre pour assurer la sécurité du consommateur (valeurs toxicologiques de références et limites maximales dans les aliments, fixées dans la législation européenne).    

Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement

A l'issue du cours, vous serez à même de :

  • comprendre les grandes lignes de défense et particularité des réponses immunes du système digestif (l'intestin en particulier).
  • comprendre les évènements et les mécanismes qui contrôlent le développement postnatal de l'intestin.
  • comprendre les différents critères permettant de juger de la qualité d'un probiotique ou d'un prébiotique.
  • critiquer les différentes études publiées dans le domaine des pro- et prébiotiques.
  • critiquer les modèles in vitro utilisés pour évaluer l'effet d'un probiotique ou d'un prébiotique.
  • comprendre certains aspects techniques et qualitatifs des méthodes d'analyse du microbiote
  • comprendre les avantages et les limites de chaque méthode afin de pouvoir choisir et utiliser la meilleure méthode d'analyse du microbiote en fonction de la question scientifique posée.
  • lire et critiquer de manière pertinente une publication scientifique dans le domaine du microbiote intestinal.
  • citer les principaux agents pathogènes transmis par les aliments en Belgique et de caractériser leur potentiel de virulence, leurs réservoirs, les principaux aliments associés et les mesures de maîtrise à mettre en oeuvre.
  • expliquer en quoi le microbiote des aliments et du tube digestif peut aider à maîtriser les toxi-infections d'origine alimentaire.
  • citer les principaux dangers chimiques associés à la chaîne alimentaires, et d'expliquer comment les limites maximales fixées dans la législation permettent d'assurer la sécurité du consommateur.

Savoirs et compétences prérequis

Connaissance des bases fondamentales en Immunologie, structure et fonction du système digestif et nutrition.
Connaissances de base de microbiologie et parasitologie.
Connaissance des bases de chimie et de biologie.  

Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement

Cours magistraux

Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)

Présentiel

Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours

Veldhoen & Brucklacher-Waldert. Dietary influences on intestinal immunity, Nature Reviews, 12, 696-708. doi:10.1038/nri3299
Round & Mazmanian. The gut microbiota shapes intestinal immune responses during health and disease. Nature Reviews, 9, 313-323. doi:10.1038/nri2515
Mowat. To respond or not to respond - a personnal perspective of intestinal tolerance. Nature Reviews. https://doi.org/10.1038/s41577-018-0002-x
Peulen, O. J., Deloyer, P., Grandfils, C., Loret, S. & Dandrifosse, G. Intestinal maturation induced by spermine in young animals. Livestock Production Science 66, 109-120 (2000).
Zhou, J. et al. High-Throughput Metagenomic Technologies for Complex Microbial Community Analysis: Open and Closed Formats. mBio 6, e02288-14 (2015)   Lau, J. T. et al. Capturing the diversity of the human gut microbiota through culture-enriched molecular profiling. Genome Medicine 8, 1635 (2016).   Wooley, J. C., Godzik, A. & Friedberg, I. A primer on metagenomics. PLoS Comput Biol 6, e1000667 (2010).   Fondi, M. & Pietro Liò. Multi -omics and metabolic modelling pipelines: Challenges and tools for systems microbiology. Microbiological Research 171, 52-64 (2015).
Fiches ANSES sur agents pathogènes transmis par les aliments à disposer sur eCampus
Avis de l'EFSA concernant les contaminants chimiques dans les aliments (URL=https://www.efsa.europa.eu/en/publications/?f[0]=im_field_subject:61826&f[1]=im_field_subject:62081&f[2]=im_field_subject:61866]https://www.efsa.europa.eu/en/publications/?f%5B0%5D=im_field_subject%3A61826&f%5B1%5D=im_field_subject%3A62081&f%5B2%5D=im_field_subject%3A61866)

Modalités d'évaluation et critères

Toutes sessions confondues :

- En présentiel

évaluation écrite ( QCM, questions ouvertes )

- En distanciel

évaluation écrite

- Si évaluation en "hybride"

préférence en distanciel


Explications complémentaires:

Examen écrit

Stage(s)

Remarques organisationnelles

Contacts

srahmouni@uliege.be  - +32 4 3662830
olivier.peulen@uliege.be - +32 4 3663792
veronique.delcenserie@uliege.be
bernard.taminiau@uliege.be - +32 4 3664226
georges.daube@uliege.be - +32 4 3664015
mlscippo@uliege.be - + 32 4 3664040