2021-2022 / GBIO0030-1

Computational approaches to statistical genetics

Durée

25h Th, 15h Pr, 35h Proj.

Nombre de crédits

 Master : ingénieur civil biomédical, à finalité5 crédits 
 Master en science des données, à finalité5 crédits 
 Master : ingénieur civil en informatique, à finalité5 crédits 
 Master : ingénieur civil en science des données, à finalité5 crédits 
 Master en sciences informatiques, à finalité5 crédits 

Enseignant

Kristel Van Steen

Langue(s) de l'unité d'enseignement

Langue anglaise

Organisation et évaluation

Enseignement au deuxième quadrimestre

Horaire

Horaire en ligne

Unités d'enseignement prérequises et corequises

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme

Contenus de l'unité d'enseignement

Dans ce cours, nous nous concentrerons sur "des interactions statistiques aux interactions biologiques" ou "plans d'étude axée sur la famille", selon la population étudiante. Ce cours n'a pas un format classique mais sera basé sur des projets, incluant des périodes en face-à-face pour donner les informations générales théoriques et pratiques.
Le contenu du cours peut être adapté pendant l'année, en function des besoins des étudiants. Parties théoriques peuvent se présenter comme suit:
"Des interactions statistiques aux interactions biologiques":




  • Les interactions biologiques (quoi, pourquoi, comment)
  • Les interactions statistiques (quoi, pourquoi, comment)
  • Combler le fossé entre les deux (quoi, pourquoi, comment)
"Plans d'étude axée sur la famille":




  • Plans d'étude axée sur la famille dans l'ère de la génomique et post-génomique (quoi, pourquoi, comment)
  • Études de l'association des familles (quoi, pourquoi, comment)
  • La structure familiale et génétique des populations (quoi, pourquoi, comment)
 
 

Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement

Les aspects suivants  d'un pipeline d'analyse constituent le résultat de l'apprentissage 1) le nettoyage de données (contrôle qualité), 2) la sélection d'un outil approprié et son implémentation correcte, 3) la compréhension des avantages et des inconvénients de l'outil choisi, 4) la saisir  contexte de l'analyse, 5) être capable d'interpréter convenablement les résultats d'analyse.

Savoirs et compétences prérequis

Un bagage en biostatistique, (bio)informatique ou statistique génétique est utile. Alternativement, on a pris l'un des cours suivants: GBIO0002, GBIO0009.

Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement

Le cours est dirigé par un projet: les missions sont données de telle manière que, toutes ensembles, elles constituent un projet. Environ 4 sessions théoriques sont organisées, pendant lesquelles les aspects généraux liés au projet sont expliqués (voir "contenu du cours"). Des sessions intermédiaires peuvent être organisées pour aider les étudiants dans leur travail pratique (sur demande).

Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)

Face à face ou en ligne en fonction des évolutions de COVID-19.
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Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours

Il n'y a pas de livre obligatoire. Des références utiles seront données au fur et à mesure de la progression du cours. Tout matériel de cours est affiché sur le site de cours, qui est accessible via http://bio3.giga.ulg.ac.be/archana_bhardwaj/?Courses


 
 

Modalités d'évaluation et critères

Les étudiants sont évalués sur le projet, la défense de celui-ci constitue l'examen oral. Ceci vaut pour les deux sessions d'examens. (i.e., en juin et en septembre).
Les critères d'évaluation sont:


  • la clarté du travail présenté (slides + rapport)
  • la précision
  • l'originalité et l'information (avec liens vers les notes du cours théorique)
  • aptitudes à présenter
  • compréhension générale (évaluée via questions-réponses pendant la présentation du projet)
Détails sur la répartition de la note finale seront fournis sur le site web du cours. Soumettre tous les intermédiaires des travaux, à temps, ainsi que passer l'examen oral, est nécessaire pour réussir ce cours. Le deuxième examen de chance repose sur l'amélioration de la composante pire des travaux du projet et est organisée dans le même format que l'examen en juin.  

Stage(s)

Remarques organisationnelles

Langue du cours: Anglais
Le cours a lieu lors du second semestre.  L'agenda détaillé et les communications sont disponibles sur le site web du cours.
Selon le nombre d'étudiants qui s'inscrivent à ce cours, le contenu et l'organisation pratique des travaux de groupe peuvent être adaptés, afin de maximiser l'expérience dans un environnement multidisciplinaire.

Contacts

Kristel Van Steen - e-mail kristel.vansteen@ulg.ac.be
Assistant: sera communiqué
Mode de contact préféré: e-mail (inclure GBIO0030 dans le titre) ou contact personnel, après un cours ou sur rendez-vous. Réunions en ligne lorsque la situation COVID-19 l'exige.