2021-2022 / GBIO0009-1

Topics in bioinformatics

Durée

25h Th, 15h Pr, 35h Proj.

Nombre de crédits

 Master en science des données, à finalité5 crédits 
 Master : ingénieur civil en informatique, à finalité5 crédits 
 Master : ingénieur civil en science des données, à finalité5 crédits 
 Master en sciences informatiques, à finalité5 crédits 

Enseignant

Kristel Van Steen

Langue(s) de l'unité d'enseignement

Langue anglaise

Organisation et évaluation

Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier

Horaire

Horaire en ligne

Unités d'enseignement prérequises et corequises

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme

Contenus de l'unité d'enseignement

Dans ce cours, une introduction à la discipline bioinformatique est donnée. Nous le faisons en présentant aux étudiants plusieurs sous-thèmes correspondant à différentes questions de recherche. Ceux-ci peuvent inclure, mais ne sont pas limités à,



  • Cartographie génétique
  • Bioinformatique post-GWAS
  • Sous-typage moléculaire des patients vers la médecine personnalisée
  • L'interactome comme composant clé de la médecine systémique
  • Réseaux pour soutenir la biologie des systèmes
  • Microbiome et santé des systèmes
 
Le contenu du cours peut être adapté au cours de l'année, en fonction de la nécessité de consacrer plus de temps à des sous-thèmes particuliers et aux intérêts des étudiants.

Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement

A la fin du cours, les étudiants ont une idée de ce que la bioinformatique dans un contexte médical représente en tant que profession. Vu que ce cours est un cours d'introduction, les étudiants seront évalués sur des concepts clés liés à chaque sous-sujet plutôt que d'aller vers une connaissance approfondie de chaque sous domaine.

Savoirs et compétences prérequis

Le cours nécessite une bonne connaissance de la biomédecine ou de l'informatique ainsi que des statistiques. Ce cours s'appuie sur GBIO0002.

Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement

Le cours comprend principalement des sessions interactives, où les discussions dans les classes plus théoriques émergent de l'apport donné par les étudiants et à la suite de leur travail pratique. Les aspects pratiques du cours sont les suivants:

  • les étudiants reçoivent des protocoles d'analyse liés aux sujets du cours (voir avant)
  • via le travail de groupe, des (morceaux de) protocoles d'analyse sont mis en œuvre et appliqués à des données réelles
  • les efforts déployés sont discutés en classe et les résultats des travaux appliqués sont présentés
  • les directives concernant ces dernières présentations serviront de devoirs
  • à la fin du cours, les morceaux de pipeline d'analyse seront collés ensemble pour constituer un seul flux d'analyse réalisable
Ce pipeline d'analyse réalisable, ses composants et son expérience d'application, serviront de base à un examen oral.
Le programme de devoirs susmentionné peut être adapté lorsque le nombre d'élèves est trop faible (<6).

Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)

Face à face ou en ligne (en fonction des évolutions de COVID-19).
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Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours

Etant donné la variété de sujets "hot" qui sont donnés, il n'y a pas un livre unique. Des références utiles seront données au fur et à mesure de la progression du cours. Toute la matière du cours est affichée sur le site de cours, qui est accessible via
http://bio3.giga.ulg.ac.be/archana_bhardwaj/?Courses
 

Modalités d'évaluation et critères

Les étudiants sont évalués via des travaux et sur la base d'un examen oral en première session. L'examen oral est à livre ouvert et peut couvrir le matériel des sessions théoriques et pratiques. Soumettre tous les devoirs à temps est essentiel pour réussir ce cours, ainsi que pour avoir passé l'examen. Dans la deuxième session, les étudiants devront refaire la partie des devoirs pour lesquels ils ont le moins bien performé et remettre un rapport écrit.  

Stage(s)

Remarques organisationnelles

Langue du cours: Anglais
Veuillez consulter le site web du cours pour l'information pratique et plus détaillée, y compris des tâches de matériel et de travail de note de cours.

Contacts

Kristel Van Steen - e-mail kristel.vansteen@uliege.be
Mode de contact préféré: e-mail (indiquer GBIO0009 dans le titre) ou contact personnel, après un cours ou sur rendez-vous. Contacts en ligne lorsque COVID-19 l'impose.