2021-2022 / BIOC0720-1

Biologie structurale

Durée

25h Th, 15h TD

Nombre de crédits

 Master en bioinformatique et modélisation, à finalité4 crédits 
 Master en biochimie et biologie moléculaire et cellulaire, à finalité4 crédits 
 Master de spécialisation en nanotechnologie4 crédits 

Enseignant

Christian Damblon, Frédéric Kerff

Langue(s) de l'unité d'enseignement

Langue française

Organisation et évaluation

Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier

Horaire

Horaire en ligne

Unités d'enseignement prérequises et corequises

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme

Contenus de l'unité d'enseignement

Partim gééralités
Introduction détaillées sur la structure des macromolécules biologiques. Présentation détaillée de la Protein Data Bank et des autres resources lées à la biologie structurale disponibles. Introdution à l'utilisation du logiciel de visualisation de struture Pymol. Introduciton à la modélisation des structure des protéines.
Partim RX
Les différentes étapes requises pour aboutir à l'image d'une biomolécule par la technique de diffraction des RX par des monocristaux seront décrites. Différents exemples, illustrant les relations structure-fonction, seront abordés, en se basant sur l'analyse d'articles de structure.
Partim CryoEM
Nous aborderons les différentes étapes de la détermination d'une structure de protéine par la technique de cryo-microscopie electronique en transmission. Nous décrirons les récentes avancées technologiques ayant permis l'emergence très rapide de cette technique en biologie structurale et aborderons ses avantages et ses limites. Quelques exemples récents de structures illustrant la puissance de la technique seront décris.
Partim RMN
Le cours traite de différents aspects de la biologie structurale pour lesquels la RMN apporte des informations essentielles telles que: Structure en solution, Dynamique, Interractions en tous genre, Repliement des protéines, Protéines intrinséquement désordonées. Les différents concepts de la RMN ainsi que les techniques sont vues en fonction des différents aspects de la biologie structurale considérés.
 
   

Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement

Partim Généralité
Connaissances des acides aminés. Utilisation des resouces de biologie structurale en accès liblre. Utilisation basique du logiciel Pymol pour l'analyse de structures et capacité à obtenir un modèle à partir d'une séquence en acides aminés.
Partim RX
Ce cours donne aux futurs biochimistes les bases nécessaires pour comprendre les principes de détermination de structures 3D par radiocristallographie afin de leur permettre de faire une utilisation objective des modèles cristallographiques.
Partim CryoEM
L'objectif de cette section est de fournir une information permettant aux étudiants de connaître le potentiel de la technique pour la détermination de structures biologiques en vue de son intégration à de futurs projets de recherche.
Partim RMN
Comprendre en quoi la RMN contribue à la compréhension des protéines et leur fonction.
   

Savoirs et compétences prérequis

Cours de physique de 1er cycle. Connaissances de base en radiocristallographie et connaissance des principes de base des structures de protéines.

Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement

Ce cours sera donné sous la forme d'un exposé interactif à l'aide d'une présentation PowerPoint, d'une craie et d'un tableau.

Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)

Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours

Les leçons seront communiquées en fomrat pdf. Les articles scientifiques, les fichiers PDB et les tutorials y afférant, seront également disponible via la plateforme eCampus.
Livres recommandés : Biomolecular crystallography: Prainciples, Practice, and Application to sturctural biology 
   

Modalités d'évaluation et critères

Examen(s) en session

Toutes sessions confondues

- En présentiel

évaluation orale


Explications complémentaires:

L'évaluation se fera sur la base du choix d'un article scientifique en anglais.
L'examen sera oral et se consistera en une présentation sous forme de powerpoint, suivie de questions interactives.
 
Modalité d'évaluation arrêtée le 9/12/2020 : l'examen oral se déroulera en présentiel

 
   

Stage(s)

Remarques organisationnelles

Contacts

Frédéric Kerff, PhD, Chercheur qualifié FNRS
Cristallographie des macromolécules biologiques, Centre d'Ingénierie des Protéines, Integrated Biological Sciences: from Molecules to Systems / InBioS, Département des Sciences de la Vie, Université de Liège
Bât. B5A 1/41 , Quartier Agora, allée du six Août 19, 4000 Liège 1, Belgique                           Tél. ULiège +32 4 3663620 Fax ULiège +32 4 3663772                                                                          http://www.cip.ulg.ac.be/                                                                                                     E-mail : fkerff@uliege.be
 
DAMBLON Christian, PhD, Professeur
Chimie biologique structurale, Molecular Systems / MolSys, Département de chimie (sciences), Université de Liège
Bât. B6C , Quartier Agora, allée du 6 Août 13, 4000 Liège 1, Belgique                                Tél. ULiège +32 4 3663788 Fax ULiège +32 4 3664577                                                                                        Email : C.Damblon@uliege.be