2020-2021 / INFO0953-1

Scripting interfaces for biological software and databases

Durée

20h Th, 50h TD

Nombre de crédits

 Master en bioinformatique et modélisation, à finalité8 crédits 

Enseignant

Denis Baurain, Pierre Tocquin

Coordinateur(s)

Denis Baurain

Langue(s) de l'unité d'enseignement

Langue anglaise

Organisation et évaluation

Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier

Horaire

Horaire en ligne

Unités d'enseignement prérequises et corequises

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme

Contenus de l'unité d'enseignement

[MISE-A-JOUR EN 2019] Ce cours enseigne la prise en main du système d'exploitation Linux, l'interface en ligne de commande et la programmation en langage Perl, dans le contexte des applications bioinformatiques.
1. Linux

  • Linux (installation, configuration et personnalisation, découverte de la GUI)
  • Ligne de commande (terminal, shell)
  • Shell interactif : commandes de diagnostic, de navigation, de recherche de fichiers, de manipulation de fichiers, de lecture/écriture de fichiers, de manipulation de chaînes de caractères et de gestion des permissions
  • Shell avancé : gestion de processus, variables, boucles, one-liners, scripts
  • Tenue d'un cahier de laboratoire bioinformatique 
2. Modern Perl
  • Variables (Scalars, Arrays, Hashes)
  • Opérateurs, Expressions booléennes, Contrôle de flux
  • Entrées/Sorties
  • Expressions régulières
  • One-liners
  • Fonctions
  • Références et structures de données enchâssées
  • Modules et Tests unitaires
  • Best of CPAN
  • Perl idiomatique - TIMTOWTDI

Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement

Ce cours est le principal cours de progammation du Master BIM. Avec d'autres cours de ce cursus, il vise à ce que les étudiants soient capables d'utiliser l'ordinateur comme un instrument scientifique. Plus spécifiquement, ils auront été formés aux objectifs suivants :
1. Design expérimental

  • comment choisir les contrôles adéquats
  • comment raisonner dans un cadre statistique
2. Réalisation des expériences
  • comment lancer de grandes séries d'analyses
  • comment exploiter la puissance des grilles de calcul
3. Interprétation des résultats
  • comment automatiser l'analyse des fichiers de sortie
  • comment générer des graphes informatifs mais jolis
  • comment tirer des conclusions statistiquement fondées
4. Documentation et archivage
  • comment documenter les protocoles expérimentaux
  • comment réorganiser une série d'analyses a posteriori
  • comment gérer les multiples versions des jeux de données, des programmes utilisés et des résultats générés

Savoirs et compétences prérequis

Ce cours ne suppose aucune connaissance particulière en informatique, mais il s'appuie néanmoins sur les cours de Génomique [GENE0003-1] et de Bioinformatique [BIOL0008-1] du Master BBMC et Master BIM.

Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement

  • mini-exposés théoriques
  • défis à résoudre
  • travaux pratiques sur ordinateur
  • autoformation (manuels et tutoriels en ligne)

Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)

Ce cours est essentiellement en présentiel, mais son approche par problèmes nécessitera du travail en dehors de la salle de classe.

Adaptations organisationnelles liées au contexte sanitaire

Les leçons résiduelles se donneront en ligne via la plateforme eCampus.

Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours

Les syllabus au format papier seront distribués au cours. Des ouvrages de référence conseillés y seront mentionnés.

Modalités d'évaluation et critères

Conformément à la circulaire de rentrée académique 2020-2021, un protocole de fonctionnement décliné en codes couleur a été établi pour l'enseignement supérieur dans le cadre de la lutte contre la Covid. Les engagements pédagogiques ont été prévus en codes « jaune » et « orange ».
En cas de passage en code « rouge », aucune évaluation ne pourra être organisée en présentiel.
Plus d'informations

L'évaluation de ce cours se basera à la fois sur le travail réalisé pendant l'année académique (devoirs : 25%), sur un examen à livre ouvert où un problème intégratif devra être résolu à l'aide de commandes shell et d'un programme Perl (75%).

Stage(s)

Remarques organisationnelles

ATTENTION : Chaque étudiant de M-BIM doit se munir d'un ordinateur portable sur lequel il doit être possible d'installer un système Linux (type Ubuntu 18.04). Les machines virtuelles dans VirtualBox ne sont pas une solution fiable. Par contre, un dual-boot avec Windows est possible. L'installation de Linux fera l'objet du premier cours (avec P. Tocquin).

Contacts

Prof. Denis Baurain Institut de Botanique B22 (P70) denis.baurain@uliege.be
Dr. Pierre Tocquin Institut de Botanique B22 (P70) ptocquin@uliege.be
Assistant: Dr. Damien Sirjacobs Institut de Botanique B22 (P70) 04/366.38.54 D.Sirjacobs@uliege.be