2018-2019 / VEGE0032-1

Biotechnologies végétales

Biotechnologies végétales moléculaires

Exercice de biotechnologies végétales

Biotechnologie appliquée à la lutte contre les ravageurs

Biotechnologie appliquée à la phytopathologie

Durée

Biotechnologies végétales moléculaires : 9h Th, 5h Pr
Exercice de biotechnologies végétales : 14h Pr
Biotechnologie appliquée à la lutte contre les ravageurs : 7h Th, 7h Pr
Biotechnologie appliquée à la phytopathologie : 3h Th, 12h Pr

Nombre de crédits

 Master : bioingénieur en sciences agronomiques, à finalité6 crédits 

Enseignant

Biotechnologies végétales moléculaires : Hervé Vanderschuren
Exercice de biotechnologies végétales : Pierre Delaplace, Hervé Vanderschuren
Biotechnologie appliquée à la lutte contre les ravageurs : Frédéric Francis
Biotechnologie appliquée à la phytopathologie : Sébastien Massart

Coordinateur(s)

Hervé Vanderschuren

Langue(s) de l'unité d'enseignement

Langue française

Organisation et évaluation

Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier

Horaire

Horaire en ligne

Unités d'enseignement prérequises et corequises

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme

Contenus de l'unité d'enseignement

Biotechnologies végétales moléculaires

  • Modification génétique des plantes : méthodes, techniques, applications
  • Outils d'analyse d'expression de gènes

Exercice de biotechnologies végétales

Ce cours vise à illustrer l'utilisation des biotechnologies végétales dans un contexte expérimental réaliste. Pour ce faire, différentes étapes seront réalisées par les étudiants afin de répondre à une question scientifique délivrée en début d'apprentissage :
- choix des outils biotechnologiques ; - établissement d'un plan expérimental sur base de l'état de l'art ; - réalisation de l'expérimentation ; - collecte et analyse des données ; - présentation didactique de ces dernières.
Il s'agit donc d'un cours essentiellement pratique, reposant sur un travail coordonné à l'échelle du groupe d'étudiants suivant cet enseignement. Il permettra aux étudiants d'appréhender concrètement une expérimentation tout en les menant à poser des choix raisonnés lors de chacune de ces étapes.

Biotechnologie appliquée à la lutte contre les ravageurs

Application des approches « omiques » dans les relations plantes - ravageurs Applications biotechnologiques dans contrôle des ravageurs par agents microbiologiques (bactéries, virus, champignons entimopathogènes): bases théoriques des modes d'actions ainsi que les méthodes de production de ces bio-insecticides
Application de la transgénèse et diversité des OGM dans le cadre de la lutte contre les ravageurs

Biotechnologie appliquée à la phytopathologie

Cet enseignement, basé sur une évaluation permanente et l'absence d'examen en session, repose sur des applications pratiques des biotechnologies au travers de la planification, la réalisation et l'analyse technique et financière d'analyse au laboratoire (TP labo).






  • Aperçu général des biotechnologies et de leur impact en phytopathologie,
  • Mise en situation réelle en tant que responsable d'un laboratoire de diagnostic: sélection d'une biotechnologie et validation pour un laboratoire de diagnostic ou de contrôle qualité, application de cette technologie au laboratoire dans un cadre d'assurance qualité, reporting des résultats, étude comparative du coût et notion de rentabilité de l'application des biotechnologies
  • Introduction à un des « hypes » biotechnologiques actuels (séquençage haut-débit)
  • Réalisation d'une analyse bioinformatique comparative sur des données de HTS pour le diagnostic de virus

Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement

Biotechnologies végétales moléculaires

  • Comprendre ce que peut réaliser la technologie de modification génétique des plantes
  • Apprendre à utiliser les outils importants des biotechnologies végétales
  • Apprendre l'élaboration d'un projet de recherche à finalité "biotechnologie végétale"
  • Apprendre la communication scientifique sur un sujet de recherche en biotechnologie végétale

Exercice de biotechnologies végétales

- Utiliser certains outils des biotechnologies végétales pour répondre à une question scientifique ;
- Intégrer les éléments d'une démarche scientifique dans un plan expérimental ;
- Concevoir une expérimentation en laboratoire et la réaliser ;
- Travailler en groupe de façon coordonnée ;
- Interpréter les données biologiques obtenues ;
- Transmettre cette information à l'ensemble du groupe d'étudiants une fois celle-ci formatée et comprise.

Biotechnologie appliquée à la lutte contre les ravageurs

Face à la nécessité de contrôler les ravageurs et de développer des alternatives de lutte plus durables, il s'agit pour l'étudiant d'appréhender la diversité des organismes et approches à disposition sur base de l'application des biotechnologies et des modèles de ravageurs ciblés.

Biotechnologie appliquée à la phytopathologie

  • Sélectionner adéquatement une biotechnologie en fonction de la solution à apporter à un problème phytopathologique (et biologique en général)
  • Développer une démarche multi-disciplinaire et transversale autour des biotechnologique en intégrant les composantes scientifiques, techniques, d'assurance qualité, réglementaire et financière.
  • Travailler dans une démarche d'assurance qualité
  • Apprivoiser les technologies de séquençage haut-débit et leur analyse bioinformatique

Savoirs et compétences prérequis

Biotechnologies végétales moléculaires

Cours de base en Génétique et en Biologie moléculaire

Exercice de biotechnologies végétales

VEGE0032-A-a

Biotechnologie appliquée à la phytopathologie

Cours de base en biologie moléculaire, en génétique et en phytopathologie

Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement

Biotechnologies végétales moléculaires

  • Cours participatif
  • Elaboration d'un projet de recherche à effectuer dans le cadre des exercices de biotechnologies végétales

Exercice de biotechnologies végétales

Travaux pratiques : 18 h Restitution d'un article scientifique synthétisant le travail en laboratoire avec corrections itératives afin d'améliorer le rapport final

Biotechnologie appliquée à la lutte contre les ravageurs

A côté de cours théoriques présentant les bases et les modes d'action des approches biotechnologiques proposées, des travaux pratiques sont organisés afin de mettre en oeuvre des approches "omiques" au laboratoire sur base d'une question scientifique liée aux ravageurs.

Biotechnologie appliquée à la phytopathologie

  • 1h cours ex-catedra
  • 2h préparation d'analyse de diagnostic au laboratoire
  • 9h Analyses au laboratoire
  • 2h analyse financière
  • 2h analyse bioinformatique de données de séquençage haut-débit

Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance)

Biotechnologies végétales moléculaires

Présentiel

Exercice de biotechnologies végétales

Présentiel

Biotechnologie appliquée à la lutte contre les ravageurs

Cours théoriques en auditoire Travaux pratiques de groupe au laboratoire

Biotechnologie appliquée à la phytopathologie

Présentiel

Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours

Biotechnologies végétales moléculaires

  • Portfolio de lectures communiqué via la plateforme en ligne du cours
  • Diaporamas de toutes les leçons communiqués via la plateforme en ligne

Exercice de biotechnologies végétales

slides, textes et articles mis à disposition en ligne.

Modalités d'évaluation et critères

Biotechnologies végétales moléculaires

L'évaluation de ce cours est basée uniquement sur la réalisation d'un travail personnel

Exercice de biotechnologies végétales

L'évaluation du cours sera uniquement basée sur la travail individuel du quadrimestre.

Biotechnologie appliquée à la lutte contre les ravageurs

Examen oral (50%) Rapport de travaux pratiques (50%)

Biotechnologie appliquée à la phytopathologie

Une évaluation continue est réalisée tout au long de la mise en situation. Il n'y a pas d'examen en session.


L'évaluation est réalisée comme suit :
1. Planification d'analyses au laboratoire (40% points)
Sélection étayée et justifiée du pathogène à cibler et de la (des) techniques de diagnostic à utiliser dans la mise en situation (10% des points).
Listing approprié des consommables et équipement nécessaire aux analyses (30% des points)
2. Tenue du cahier de laboratoire et rapport d'analyse (40% des points)
Les analyses sélectionnées seront appliquées au laboratoire en suivant des protocoles fournis et en assurant une traçabilité des opérations.
Les résultats seront interprétés en regard de la mise en situation et une conclusion rédigée
3. Analyse financière (20% des points)
Etude des coûts de réalisation de tests de diagnotic sur base de plusieurs hypothèses de départ et identification des postes majeurs de coût
4. Liste des virus identifiés dans les données de séquençage haut-débit
Utilisation de pipeline d'analyse de données de NGS et évaluation de leur robustesse



 

Stage(s)

Biotechnologies végétales moléculaires

Toutes activités sur le campus de Gembloux

Remarques organisationnelles

Biotechnologies végétales moléculaires

Transversalité recherchée avec les autres cours du module.
Les diapositives et articles scientifiques sont mis en ligne via eCAMPUS et/ou myULG. La langue d'enseignement (anglais ou français) sera choisie en concertation avec les étudiants et en prenant en compte la présence d'étudiant(e)s non francophones.
 

Biotechnologie appliquée à la lutte contre les ravageurs

Organisation du cours dans le cadre d'un module collégial - y compris pour l'évaluation

Contacts

Biotechnologies végétales moléculaires

  • Herve Vanderschuren (herve.vanderschuren@ulg.ac.be)
  • Pierre Delaplace (pierre.delaplace@ulg.ac.be)

Exercice de biotechnologies végétales

Prof. Hervé Vanderschuren (herve.vanderschuren@ulg.ac.be(pierre.delaplace@ulg.ac.be))

Biotechnologie appliquée à la lutte contre les ravageurs

Pr Frederic FRANCIS
Tel 081 622287
Courriel Frederic.Francis@uliege.be
 

Biotechnologie appliquée à la phytopathologie

Prof. Sebastien MASSART ULg, Gembloux Agro-Bio Tech Bât. 47, avenue Maréchal Juin 5030 Gembloux
+32 81 622431 sebastien.massart@ulg.ac.be

Notes en ligne

Biotechnologies végétales moléculaires

LECTURE 2_POTATO BIOTECHNOLOGY PROJECT
Slides potato biotechnology project

LECTURE 3_PRACTICAL WORK
Slides Practical Work

LECTURE 4_GENEVESTIGATOR
Slides Genevestigator

Supports de cours
L'ensemble des ressources pédagogiques mises à disposition des étudiants se trouve dans la rubrique correspondante sur la plate-forme de cours en ligne eCampus.

Exercice de biotechnologies végétales

Supports de cours
L'ensemble des ressources pédagogiques mises à disposition des étudiants se trouve dans la rubrique correspondante sur la plate-forme de cours en ligne eCampus.