2018-2019 / INFO0956-1

Introduction to biological data analysis

Durée

5h Th, 20h TD

Nombre de crédits

 Master en bioinformatique et modélisation, à finalité2 crédits 

Enseignant

Patrick Meyer

Langue(s) de l'unité d'enseignement

Langue anglaise

Organisation et évaluation

Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier

Horaire

Horaire en ligne

Unités d'enseignement prérequises et corequises

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme

Contenus de l'unité d'enseignement

Le cours consistera en une découverte de l'utilisation d'outils informatiques et statistiques adaptés pour l'analyse de sets de données biologiques.
Diverses notions seront revues par le biais d'exercices, depuis des notions générales (vecteurs et matrices, tests de normalité, test d'équivalence) jusqu'à la mise en œuvre de solutions complètes d'analyse exigées par des problèmes particuliers.
Concrètement, le cours sera axé sur l'usage du langage R et ses divers paquets logiciels.

Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement

Réflexes et autonomie pratique nécessaires pour pouvoir aborder le traitement et l'analyse de sets de données biologiques complexes avec le logiciel R, depuis la compilation de données à partir de différentes sources jusqu'à la synthèse de résultats statistiques et leur visualisation. Capacité à planifier les différentes étapes d'un processus d'analyse de données.

Savoirs et compétences prérequis

Les étudiants sont invités à revoir les bases qu'ils auraient déjà acquises dans les domaines suivants : statistique et programmation.

Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement

Mini-exposés théoriques, démonstrations et exercices pas à pas, travaux pratiques sur ordinateur avec défis à résoudre et exercices autonome.

Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance)

Ce cours est entièrement donné sous forme de vidéo theorique et pratique
Ce cours sera donné en anglais.

Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours

Les exercices et dapositives du cours (en pdf) sont mises en ligne avant chaque cours, à l'adresse web indiquée dans l'onglet support du cours.

Modalités d'évaluation et critères

L'évaluation de ce cours se fait sur un examen écrit. Des petits devoirs pourront contribuer à la côte.

Stage(s)

Remarques organisationnelles

L'emploi d'un ordinateur portable est nécessaire à toutes les séances pour le suivi de démonstrations et la réalisation d'exercices de programmation personnels.
Le logiciel gratuit RStudio desktop y sera installé.

Contacts

Prof. Patrick Meyer Institut de Botanique B22 (P70) homepage.meyerp.com/contact