2018-2019 / BIOL0030-1

Modeling dynamical biological systems

Durée

15h Th, 15h TD

Nombre de crédits

 Master en bioinformatique et modélisation, à finalité3 crédits 

Enseignant

Patrick Meyer

Langue(s) de l'unité d'enseignement

Langue anglaise

Organisation et évaluation

Enseignement au deuxième quadrimestre

Horaire

Horaire en ligne

Unités d'enseignement prérequises et corequises

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme

Contenus de l'unité d'enseignement

Les modèles mathématiques sont essentiels pour comprendre comment les systèmes biologiques intéragissent . Ce cours est centré sur la modélisation dynamique de systèmes écologiques et génétiques. Ce cours est accessible à un public de biologistes. On parlera de la philosophie de modélisation, des concepts et outils de base d'analyse des systèmes. Ensuite les étudiants apprendront à formuler des equations, à utiliser les formalismes appropriés pour la modélisation dynamique (ex. état d'équilibre, interactions proie-predateur, compétition entre espèces,...) et jusqu'à  l'analyse des solutions dans le plan de phase.
Ce cours implique des exercices pratiques en R  avec des exemples provenant de systèmes écologiques et de régulation de gènes.

Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement

L'objectif du cours est de comprendre les principes de base de la modélisation dynamique, jusqu'a pouvoir modéliser et simuler soi-même des modèles simples.

Savoirs et compétences prérequis

Savoir programmer en R devrait déjà avoir été acquis pour ce cours (par exemple avec le cours de STAT0077 ou INFO0956 d'analyse de données biologiques)

Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement

Une bonne partie du cours consistera à implémenter des exemples simples pour se familiariser avec l'implémentation de modèles.

Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance)

Cours en présentiel, exercices en classes, exercices à faire par soi-même

Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours

A Practical guide to Ecological Modelling, Using R as a simulation Platform. Soetaert and Herman, 2009.
Ecological Dynamics, Gurney and Nisbet, 1998.

Modalités d'évaluation et critères

Examen écrit avec des exercices pratiques et des questions théoriques

Stage(s)

Remarques organisationnelles

Contacts

Prof. Patrick Meyer,
BioSys Lab e-mail: Patrick.Meyer@uliege.be tel : 04366 3030
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Dr. Marilaure Grégoire,
MAST, ULg e-mail : mgregoire@uliege.be  tel : 04366 3354