2018-2019 / BIOL0029-1

Practical genomics

Durée

10h Th, 30h TD

Nombre de crédits

 Master en bioinformatique et modélisation, à finalité4 crédits 

Enseignant

Denis Baurain, Marc Hanikenne

Coordinateur(s)

Denis Baurain

Langue(s) de l'unité d'enseignement

Langue anglaise

Organisation et évaluation

Enseignement au deuxième quadrimestre

Horaire

Horaire en ligne

Unités d'enseignement prérequises et corequises

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme

Contenus de l'unité d'enseignement

Les technologies de séquençage à haut débit ont révolutionné la Biologie. L'analyse des données qu'elles génèrent nécessite la mise en œuvre d'outils bioinformatiques et l'utilisation d'ordinateurs très performants.
Ce cours propose une approche pratique pour illustrer les concepts et outils d'analyse de données génomiques. Il est composé de différents modules :

  • Module 1. Assemblage d'un génome
  • Module 2. Introduction à l'utilisation d'ordinateurs de haute performance (HPC)
  • Module 3. Introduction à la rédaction de rapports en Markdown
  • Module 4. Analyse de données RNA-Seq
  • Module 5. Analyse des variations de séquences génomiques
  • Module 6. Analyse de données métagénétiques
  • Module 7. Analyses phylogénétiques

Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement

Au terme du cours, les étudiants auront acquis des connaissances pratiques de base pour l'analyse de données de séquençage à haut débit. Le cours implique une utilisation intense de la ligne de commande, l'interaction avec un cluster de calcul et la mise en œuvre de pipelines d'analyse populaires.

Savoirs et compétences prérequis

Les notions de génomique (GENE0003-1) et de bioinformatique (BIOL0008-1) acquises à l'issue du bloc 1 du Master BBMC ou BIM sont requises pour aborder le cours. De même, les aptitudes pratiques relevant du cours INFO0953-1 (Scripting interfaces for biological software and databases) sont également requises.

Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement

Chaque module fait l'objet d'une brève introduction théorique, avant la mise en pratique des objectifs sur ordinateur dans une salle informatique.

Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance)

Les modules 1 à 3 sont organisés en présentiel. Pour les modules 4 à 7, les étudiants travaillent de manière indépendante et une réunion d'1 h par semaine est prévue avec les enseignants pour discuter de l'avancée des travaux et des problèmes rencontrés.

Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours

Les notes de cours, les présentations PowerPoint et les jeux de données à analyser sont mis à disposition des étudiants via myULiège.

Modalités d'évaluation et critères

Les analyses menées dans les modules 4 à 7 font l'objet d'un rapport écrit résumant les objectifs, les analyses mises en œuvre et les résultats, en utilisant les technologies Markdown.

Stage(s)

Remarques organisationnelles

Le cours est donné en anglais. Le matériel est rédigé en anglais.

Contacts

Prof. Denis Baurain Institut de Botanique B22 (P70) denis.baurain@uliege.be 
Dr. Marc Hanikenne Institut de Botanique B22 (P70) marc.hanikenne@uliege.be 
Assistant: Dr. Damien Sirjacobs Institut de Botanique B22 (P70) 04/366.38.54 D.Sirjacobs@uliege.be