2018-2019 / BIOL0021-1

Biologie des systèmes

Durée

10h Th, 10h TD

Nombre de crédits

 Master en bioinformatique et modélisation, à finalité2 crédits 
 Master en biochimie et biologie moléculaire et cellulaire, à finalité2 crédits 

Enseignant

Patrick Meyer

Langue(s) de l'unité d'enseignement

Langue française

Organisation et évaluation

Enseignement au deuxième quadrimestre

Horaire

Horaire en ligne

Unités d'enseignement prérequises et corequises

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme

Contenus de l'unité d'enseignement

Ce cours d'Introduction à la Biologie des Systèmes présente différentes approches de modélisations et de représentations de plusieurs niveaux des systèmes biologiques. 
En particulier, les réseaux transcriptomiques, de protéines et  métaboliques seront introduits.
Quelques méthodes d'inférence et de validation de ces réseaux à partir des données issues des Nouvelles Générations de méthodes de Séquençage (NGS) seront détaillées.
Les exercices relatifs au cours sont donnés en salle informatique, principalement en R. A ce stade des études, les bases du language R sont considérées comme acquises.

Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement

L'objectif de ce cours est de 1)connaître et 2) pouvoir utiliser des méthodes simples d'analyse de systèmes biologiques.

Savoirs et compétences prérequis

Prérequis

  • Traitement et Analyse Informatiques de Données Biologiques  (STAT0077) 
Corequis
  • Bioinformatique (BIOL0008)
  • Génomique (GENE0003)

Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement

Le cours est divisé en deux parties, une partie ex-cathedra et une partie pratique sur ordinateur dans laquelle les méthodes discutées dans la première partie seront mises en pratique.

Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance)

Bien que non-obligatoire, il est fortement recommandé de venir aux sessions pratiques sur ordinateur qui préparent à l'examen et à la maitrise de la matière.
Afin de pouvoir être efficace et directement opérationel aux sessions pratiques, il est aussi fortement recommandé de venir au cours théoriques car une grande quantité d'information est transmise oralement pendant le cours.
Le mode d'enseignement est donc principalement présentiel.

Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours

Il s'agit d'un cours donné oralement. Quelques notes jugèes non-indispensables à la réussite pourront être transmises avant chaque séance.

Modalités d'évaluation et critères

Les étudiants sont évalués à travers un examen essentiellement pratique, avec des questions similaires aux exercices vus pendant l'année. Quelques questions théoriques ou de réflexions peuvent aussi être ajoutées à l'examen pratique.
Une liste des fonctions vues pendant l'année sera mise à disposition le jour de l'examen mais tout autre source d'information est interdite (dia, exercices, notes manuscrites, livres, internet,...).
L'examen est prévu en salle informatique avec une durée de quatre heures.
L'examen est écrit (sur machine) en première session et pourra être un oral en seconde session.

Stage(s)

Remarques organisationnelles

Le cours est composé de 5 séances theoriques de 2h suivies chacune de 5 séances pratiques de 2h. Toutes les séances ont lieu dans la salle de Labo B (étage -1) du B22, sur les ordinateurs de la salle.

Contacts

Prof. Patrick Meyer Département des Sciences de la Vie
Bât. B22, local  3/03 Campus du Sart-Tilman  Chemin de la Vallée, 4 4000 Liège - Belgique
Tél: 04/366 3030 email:  patrick.meyer@uliege.be  
Assistant:
Damien Sirjacobs ( d.sirjacobs@uliege.be )