2018-2019 / BIOC9239-1

Visualisation et modélisation des protéines

Durée

25h Th, 25h Pr

Nombre de crédits

 Master en bioinformatique et modélisation, à finalité4 crédits 

Enseignant

Paulette Charlier, Frédéric Kerff

Coordinateur(s)

Paulette Charlier

Langue(s) de l'unité d'enseignement

Langue française

Organisation et évaluation

Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier

Horaire

Horaire en ligne

Unités d'enseignement prérequises et corequises

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme

Contenus de l'unité d'enseignement

Objectifs et programme :
1) les outils nécessaires pour la visualisation et l'analyse des macromolécules biologiques,
2) un aperçu des méthodes de modélisation des protéines : modélisation par homologie, modélisation ab initio, protéines et ligands, méthodes de docking, etc...
Le cours abordera  
- un rappel sur la structure des Protéines (si besoin est...),
- une introduction à la Protein Data Bank et description d'un fichier PDB, 
- une introduction au programme de visualisation Pymol et  des TPs sur son utilisation,
- l'utlisation de logiciels d'analyse des structures 3D (logiciels deepview, PDBePISA)
-  la  modélisation par homologie - Introduction au programme Yasara et TP sur son utilisation
- les  interactions Protéine- Ligands - Introduction au logiciel AUTODOCK 

Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement

Savoirs et compétences prérequis

Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement

L'utilisation des différents logiciels abordés nécessitent l'utilisation d'un ordinateur portable.

Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance)

Présentiel

Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours

Copie des diaporamas power-point projetés. Références pour livres et logiciels utilisés.

Modalités d'évaluation et critères

L'examen sera oral et comprendra 2 parties:
- interrogation sur la théorie 
- Présentation, sous la forme de séminaire (powerpoint), d'un cas pratique dont l'intitulé sera donné au préalable.

Stage(s)

Remarques organisationnelles

25 cours de 2h, à raison de 2 cours/semaine des semaines S1 à S13. 

Contacts

Paulette Charlier, PhD, Chargé de Cours Cristallographie des macromolécules biologiques, Centre d'Ingénierie des Protéines, Département des Sciences de la Vie, Université de Liège, Institut de Physique, B5a, B-4000 Liège, Belgium Tel: +32 (0)4 366 36 19 Fax: +32 (0)4 366 49 54
E-mail : paulette.charlier@uliege.be http://www.cip.ulg.ac.be
Dr Frédéric Kerff- Tél. 04/366.36.20 - E-mail : fkerff@uliege.be