Durée
25h Th, 10h Pr
Nombre de crédits
| Master en sciences biomédicales, à finalité | 3 crédits |
Enseignant
Langue(s) de l'unité d'enseignement
Langue anglaise
Organisation et évaluation
Enseignement au deuxième quadrimestre
Horaire
Unités d'enseignement prérequises et corequises
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement
Les progrès de la recherche et le développement des technologies multi-OMICs ont conduit à la découverte d'un nombre considérable de biomarqueurs. Ceux-ci représentent un intérêt majeur pour le développement d'une médecine personnalisée. Ils permettent de mesurer l'évolution d'une maladie, d'indiquer un changement physiologique à un moment donné ou encore conditionnent l'utilisation de nouveaux traitements ciblés. Ils constituent donc un enjeu stratégique pour les industries de la santé dans la mise au point de nouveaux médicaments. Toutefois, le chemin qui mène de la découverte d'un biomarqueur à sa pleine validation reste long, coûteux et sélectif; et seuls quelques marqueurs compagnons de maladies ont à ce jour été approuvés par des agences fédérales telles que la Food and Drug Administration (FDA) américaine. Il arrive donc que certains marqueurs n'apparaissent qu'au travers de communications et publications scientifiques sans avoir été officiellement approuvés. Ils n'en restent pas moins utilisés comme indicateurs biologiques, pathogéniques ou de réponse au traitement.
Ce cours permettra aux étudiants d'acquérir les outils nécessaires à l'élaboration de marqueurs robustes, de leur découverte jusqu'à leur validation ; et d'avoir un esprit critique à l'égard des marqueurs décrits dans la littérature.
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement
Ce cours aura pour objectifs de définir la notion de biomarqueur ainsi que des paramètres permettant d'évaluer la validité d'un marqueur en tant qu'indicateur clinique de la présence ou de l'absence d'une maladie. Nous aborderons les principales recommandations pour l'évaluation d'un biomarqueur ainsi que les indices de performance diagnostique et courbes ROC. A partir d'approches multi-OMICs, nous déterminerons la méthodologie nécessaire pour aller de la découverte d'un biomarqueur jusqu'à sa validation clinique. Nous déterminerons également comment quantifier la valeur ajoutée d'un biomarqueur ou encore comment intégrer les biomarqueurs dans la démarche diagnostique. Ces notions théoriques seront illustrées par la description de différents biomarqueurs utilisés dans le diagnostic clinique ou l'efficacité thérapeutique. Enfin, nous déterminerons également comment analyser la littérature sur les biomarqueurs et quels critères utiliser pour déterminer la robustesse d'un marqueur potentiel.
Savoirs et compétences prérequis
L'étudiant devra avoir des notions de base en statistique ainsi qu'en biochimie concernant le génome, l'épigénome, le transcriptome, le protéome et le microbiome.
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement
Le cours sera présenté sous forme de diapositives illustrant l'aspect théorique de la découverte à la validation d'un biomarqueur. L'illustration par des exemples de biomarqueurs actuellement utilisés en biologie clinique permettra de rendre ces notions théoriques plus concrètes.
Journal club : Un discussion interactive sur base de publications scientifiques sera mise en place. Une analyse collective d'un même article par la classe sera développée sur base de la forme et du fond de cet article. D'autre part, l'analyse en groupe de plusieurs articles portant sur un même sujet mais abordé de différentes manières permettra de confronter différents avis.
Travaux pratiques: Un séminaire sera présenté par chaque étudiant sur un biomarqueur de son choix et extrait de la littérature. L'étudiant devra démontrer si ce biomarqueur remplit ou non les critères décrits par le STARDs (STAndards for Reporting of Diagnostic Accuracy)
Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)
Le cours sera donné en anglais selon un mode d'enseignement présentiel (Codes Vert / Jaune / Orange).
Si confinement (Code Rouge): Enseignement à distance
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours
Modalités d'évaluation et critères
L'étudiant sera évalué par écrit sur les notions théoriques mais également sur les synthèses réalisées après discussions autour d'articles scientifiques.
L'étudiant sera également évalué sur la présentation orale de son séminaire sur l'analyse d'un biomarqueur donné à l'occasion des travaux pratiques.
Codes Vert / Jaune / Orange
L'examen portera sur l'ensemble du cours donné en présentiel
Code Rouge
L'examen portera sur l'ensemble du cours donné en présentiel et/ou en vidéo-conférence
Stage(s)
Remarques organisationnelles
L'utilisation d'un ordinateur portable en classe sera conseillée pour la recherche bibliographique et l'apprentissage des moteurs de recherche.
Contacts
Dominique de Seny
ddeseny@uliege.be