Génomique animale

Durée

28h Th, 10h TD

Nombre de crédits

Enseignant

Michel Georges

Langue(s) de l'unité d'enseignement

Langue française

Organisation et évaluation

Enseignement au deuxième quadrimestre

Horaire

Horaire en ligne

Unités d'enseignement prérequises et corequises

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme

Contenus de l'unité d'enseignement

I. Description de l'unité d'enseignement:
Cours d'introduction à la génomique animale à l'attention des vétérinaires  
II. Tables des matières:
Chapitre 1: Génomes de références
1.1 Anatomie de base des génomes animaux
1.2 Générer un génompe de référence
1.3 Annoter un génome de référence
Chapitre 2: Génomes individuels
2.1 Polymorphismes génétiques
2.2 Origine du polymorphisme génétique
2.3 Déséquilibre de laiason et bloc haplotypique
2.4 Méthodes de génotypage
2.5 Reconstruction génomique de notre histoire évolutive
2.6 Domestication
Chapitre 3: Phénomes individuels
3.1 Variants neutres vs fonctionnels - mutations germinales vs somatiques
3.2 Caractères monogéniques
3.3 Caractères oligogéniques
3.4 Caractères polygéniques
3.5 Cancer
Chapitre 4: Dissection génétique des circuits fonctionnels
4.1 Approches par génétique "forward"
4.2 Approches par génétique "reverse"
4.3 Ontologie génomique et définition de voies biologiques
Chapitre 5: Génomique animale appliquée
5.1 Identification et contrôle de parenté
5.2 Gestion des tares héréditaires
5.3 Sélection génomique
5.4 Conservation de la biodiversité animale
5.5 Editing du génome des animaux
5.6 Autres applications 
 

Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement

Au terme de cette unité d'enseignement, l'étudiant:

• Sera familiarisé avec les caractéristiques principales du génome animal, comprendra les principes de base des méthodes de séquençage des génomes ainsi que des techniques d'annotation des génomes.
• Sera familiarisé avec les principes de base de la génomique des population et évolutive en cela compris les types de polymorphismes génétiques, les origines du polymorphisme génétique, la notion de déséquilibre de liaison, les principales méthodes de génotypage, les principes de reconstruction génomique de notre histoire évolutive et de la domestication. 
• Sera familiarisé avec les principes de base de la génomique factorielle et quantitative en cela compris la distinction entre phénotypes monogéniques, oligogéniques et polygéniques, les bases moléculaires de la dominance et de la récessivité, les différents types d'interactions épistatiques, la notion d'héritabilité et ses méthodes  d'estimation, et les notions de coefficients de consanguinité et de parenté. L'étudiant aura acquis une compréhension de bases de l'importance de variations génétiques germinales et somatiques dans le déterminisme du cancer.
• Sera familiarisé avec les méthodes de bases de dissection génétique de phénotypes simples et complexes en cela compris la distinction entre approches de génétique classique versus inverse, le clonage positionel, les GWAS, la notion de cis- et trans-eQTL, les outils d'éditing du génome en cela compris CRISPR/Cas9, les cellules souches et d'organoïdes, les méthodes utilisées pour identifier des variants et gènes causaux. Ils connaîtra les principaux exemples de  caractères mono- et oligogéniques chez les animaux domestiques.
• Sera familiarisé avec les principales applications de la génomique en médecine vétériniare en cela compris l'identification individuelle et le contrôle de parenté, la gestion des tares héréditaires, la sélection génomique, les applications d'editing du génome des animaux de rente, la conservation de la biodiversité animale, et d'autres applications nouvelles de la génomique. 

Savoirs et compétences prérequis

1. Notions de base de biologie moléculaire du gène (structure de l'ADN/ARN/protéines, réplication, transcription, traduction, mitose, meiose) et de génétique mendéléenne (lois de Mendel, domiance, récessivité, liaison génétique)
2. Notions de base de probabilité et de statistique (moyenne, variance, covariance, correlation).

Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement

Etant donné les circonstances (COVID19), le cours est organisé à distance.  Les étudiants ont à leur disposition:
1. Un syllabus de +/- 175 pages reprenant l'entièreté de la matière en Anglais avec texte et figures. 
2. Dix présentations powerpoint correspondant à dix cours (2 par chapitre). Ils sont basés sur les figures du syllabus et incluent des commentaires explicatifs en audio ert en Français pour chaque diapositive.
Syllabus et présentations powerpoint peuvent être téléchargés à partir d'eCampus ou du site de l'Unité de Génomique Animale (https://www.gigauag.uliege.be/cms/c_4766333/en/gigauag-teaching).  Assurez-vous d'avoiur télécharger lezs dernières versions (dates mentionnées).
Les étudiants sont supposés étudier un chapitre par semaine pour un total de 10 semaines.  Tel que convenu avec les étudiants, les étudiants peuivent poser des questiuons sur le forum de discussion eCampus. En outre, l'enseignant est disponible en visio sur eCampus une heure par semaine (tous les vendredi de 12:30 à 13:30 durant la période de 10 semaines de cours). Les séances Q&A correspondantes sont enregistrées et mises à la dispistion des étudiants.
Les travaux dirigés seroint remplacés par des séances de Q&A organisées sur eCampus.  Les étudiants recevront des exercices/questions de même nature que ceux qu'ils recevront lors de l'examen et ce afin de bien les préparer pour celui-ci.  L'enseignant sera disponible pour répondre aux questions des étudiants durant ces séances Q&A.      

Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)

A distance (vide supra)

Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours

(vide supra)

Modalités d'évaluation et critères

Toutes sessions confondues :

- En présentiel

évaluation écrite ( QCM )

- En distanciel

évaluation écrite ( QCM )

- Si évaluation en "hybride"

préférence en distanciel


Explications complémentaires:

Examen écrit comprenant +/- 30 QCM.

Stage(s)

non

Remarques organisationnelles

Contacts

Notes en ligne