Durée
25h Th
Nombre de crédits
| Bachelier en sciences biologiques | 2 crédits |
Enseignant
Langue(s) de l'unité d'enseignement
Langue française
Organisation et évaluation
Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier
Horaire
Unités d'enseignement prérequises et corequises
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement
Dans différents domaines de la biologie, l'évolution des technologies aboutit à la production de jeux de données bruts de plus en plus volumineux. Le cours consistera en une découverte de l'utilisation d'outils informatiques et statistiques adaptés pour l'analyse de jeux de données biologiques.
Diverses notions seront revues par le biais d'exercices, depuis des notions générales (vecteurs et matrices, corrélation, test d'équivalence de moyenne) jusqu'à la mise en œuvre de solutions complètes d'analyses exigées par des problèmes particuliers.
Concrètement, le cours sera axé sur l'usage du langage R dont le professeur est un des contributeurs de paquetages officiels depuis 2008.
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement
Réflexes et autonomie pratique nécessaires pour pouvoir aborder le traitement et l'analyse de jeux de données biologiques complexes avec le logiciel R, depuis le chargement de données à partir de différentes sources jusqu'à la synthèse de résultats statistiques et leur visualisation. Capacité à planifier les différentes étapes d'un processus d'analyse de données.
Savoirs et compétences prérequis
Les étudiants sont invités à revoir les bases qu'ils auraient déjà acquises dans les domaines suivants : statistique et programmation.
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement
Mini-exposés théoriques et travaux pratiques sur ordinateur.
Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)
Combinaison d'activités d'apprentissage en présentiel et en distanciel
Explications complémentaires:
Le cours est donné essentiellement en distanciel, à travers des vidéos théoriques, des pages web d'exercices pratiques et des vidéos de résolution d'exercices.
Notre serveur RStudio permet aux étudiants de réaliser leurs exercices en distanciel à l'aide d'un simple navigateur web. Les forums Ecampus permettent des questions-réponses en ligne sur le cours théorique ainsi que sur les exercices pratiques.
Une interro est prévue lors de la dernière séance du cours. Cette épreuve d'année permet à l'étudiant de comprendre les outils d'évaluation et elle offre aussi un bonus pour l'examen à l'étudiant qui atteint le seuil requis (Les règles relatives à l'interro sont bien spécifiées sur la page web du cours:Ecampus, durée limitée, pas de retour en arrière,...).
De plus des séances de questions-réponses (en présentiel) sont planifiées à l'horaire du cours afin d'aider au mieux la compréhension de la matière ainsi que ses évaluations.
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours
Le cours est disponible en ligne à l'adresse suivante et les mots de passe sont sur les forums ecampus du cours.
www.bioinfo.uliege.be/classes/STAT0077/
Livre de réference:
Getting Started with R: An Introduction for Biologists (Oxford Biology 2012)
by Andrew P. Beckerman and Owen L. Petchey
Modalités d'évaluation et critères
Examen(s) en session
Toutes sessions confondues
- En présentiel
évaluation écrite ( questions ouvertes )
Interrogation(s) hors session
Explications complémentaires:
Les étudiants sont évalués à travers un examen écrit essentiellement pratique, avec des questions similaires aux exercices vus pendant l'année. Quelques questions théoriques ou de réflexions peuvent aussi être ajoutées à l'examen pratique.
Une liste des noms de fonctions utilisées pendant l'année sera rendue disponible le jour de l'examen, mais toute autre source d'information sera interdite (diapositives du cours, résolution d'exercices, notes manuscrites, livres, forums,...).
L'examen est écrit (sur machine) et il dure trois heures.
Une interro dispensatoire de l'examen (minimum 12/20 requis) aura lieu entre la mi-octobre et la mi-novembre (les détails de cette interro: lieu, heure, procédure,... sont communiqués via la page web du cours)
Stage(s)
Remarques organisationnelles
Toutes les séances théoriques et pratiques se font à distance sur ordinateur personnel
Des séances questions-réponses en présentiel prennent place dans la salle de labo B (étage -1) du B22.
Contacts
Prof. Patrick Meyer
Département des Sciences de la Vie
Bât. B22, local 3/03
Campus du Sart-Tilman
Chemin de la Vallée, 4
4000 Liège - Belgique
Tél: 04/366 3030
email: patrick.meyer@uliege.be
Assistant:
Damien Sirjacobs ( d.sirjacobs@uliege.be )