Microbiologie générale et clinique

Durée

40h Th, 12h Pr

Nombre de crédits

Enseignant

Marie-Pierre Hayette

Coordinateur(s)

N...

Langue(s) de l'unité d'enseignement

Langue française

Organisation et évaluation

Enseignement au deuxième quadrimestre

Horaire

Horaire en ligne

Unités d'enseignement prérequises et corequises

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme

Contenus de l'unité d'enseignement

Microbiologie générale (Prof MP.Hayette)    Ce cours introduit l'étudiant à l'univers invisible des microbes et à leurs rôles essentiels dans notre vie quotidienne: la plupart des microbes sont bénéfiques et protègent notre biosphère, une minorité est responsable de maladies.  Les microorganismes sont ubiquitaires et vivent dans des écosystèmes très variés et complexes.   La connaissance des caractéristiques spécifiques des microorganismes aide à la compréhension du développement de maladies infectieuses et des moyens disponibles pour les contrôler.   Des 4 grands groupes de microbes, les virus, les bactéries, les champignons et les parasites, les bactéries représentent la forme de vie la plus ancienne, à l'origine de l'évolution des formes de vie que nous connaissons.   Les caractéristiques des microorganismes ainsi que leurs interactions avec l'environnement et les autres organismes vivants, en particulier avec l'homme, sont développés.  La plasticité de leur génome leur permet des échanges horizontaux entre espèces, caractéristique à l'origine de l'évolution mais aussi de l'émergence de variants plus virulents ou plus résistants.   Les interactions entre les microbes et l'homme sont complexes. L'issue de ces relations dépend de la virulence des microorganismes, du site exposé et de la capacité de l'homme à se défendre contre les microorganismes.   Les différentes approches du contrôle et prévention des maladies infectieuses sont décrites: l'amélioration de l'hygiène, l'accessibilité à l'eau potable, l'utilisation d'agents antimicrobiens, l'immunoprophylaxie, la stérilisation, l'usage d'agents antiseptiques et désinfectants.
Table des matières Introduction/ Un peu d'histoire/ Le monde microbien/ Les bactéries, cellules procaryotes/ Les aspects bénéfiques des microbes/ Concepts de maladie infectieuse et cycle/ Contrôle des maladies infectieuses: prévention et approche thérapeutique/ les champignons et les parasites incluant protozoaires, helminthes et ectoparasites: principales caractéristiques, facteurs de virulence, interaction avec l'hôte.

Microbiologie clinique (Pr. MP. Hayette, J. Descy)    Le cours est destiné à apporter des connaissances de base en microbiologie médicale. Il porte sur les principales maladies infectieuses rencontrées en communauté. Celles-ci seront abordées en fonction de leur fréquence et de leur relevance pour un(e) pharmacien(ne).    Le cours sera axé sur l'épidémiologie, les signes cliniques, le diagnostic, la thérapeutique et la prévention. Les molécules anti-infectieuses seront détaillées en lien avec les résistances développées par les microorganismes et les effets secondaires majeurs. 
N.B. Les infections virales ne seront pas traitées (CF. Cours Prof. N.Jacobs).
Table des matières:  - Flores commensales - indections du tractus urinaire - infection du tractus gastrointestinal -les maladies sexuellement transmissibles - Infections respiratoires hautes et basses - les infections cutanées en insistant sur les infections provoquées par les staphylocoques dorés (S. aureus)/ les infections superficielles d'origine fongique (candidoses et dermatophytoses)/ les infections par les ectoparasites (poux, puces)/ deux exemples d'infections transmises par piqûre d'arthropodes seront présentées avec la maladie de Lyme (pathologie autochtone) et la malaria (maladie tropicale d'importation)/ infections mère enfant: GBS et toxoplasmose / les mécanismes de résistance aux antibiotiques (J. Descy)
Des cas cliniques illustreront le cours. 

Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement

Partim Microbiologie générale:
Au terme de l'enseignement et des travaux pratiques concernant la microbiologie générale, les étudiants seront capables:

• d'identifier les principaux enjeux des microorganismes sur notre planète (environnement, pathologie infectieuse par ex.)
• de décrire l'importance mondiale de la mortalité et de l'évolution des maladies infectieuses
• de présenter quelques étapes clés dans l'histoire de la microbiologie
• de décrire les différents types de microorganismes et leurs caractéristiques
• de résumer les caractéristiques de croissance des bactéries et de l'importance des biofilms
• de décrire le matériel génétique des bactéries, les grands principes de modification de celui-ci et de nouvelles acquisitions
• de décrire les principaux aspects bénéfiques des microbes
• de comprendre et d'expliquer les relations hôte-microorganismes pouvant conduire à la maladie
• de lister et de décrire brièvement les principaux facteurs de pathogénicité
• d'expliquer les différents modes de transmission des agents infectieux
• de comprendre et de résumer des moyens de défenses et de prévention disponibles contre l'agression par des microorganismes. Sécurité de la chaine alimentaire / eau potable / vaccination / stérilisation-désinfection / antibiotiques
• de restituer et de décrire brièvement les modes d'action des antibiotiques et mécanismes de résistance
• de décrire des méthodes et moyens de détection et d'identification des microorganismes utilisées dans les laboratoires.
• dans la poursuite de son cursus d'intégrer des notions abordées plus spécifiques concernant les maladies infectieuses, leur diagnostic, leur pathogenèse, leurs contrôle et prévention 

Savoirs et compétences prérequis

Les prérequis sont les cours de:

• Biologie générale préparatoire aux sciences médicales, incluant l'introduction à la génétique générale
• Immunologie générale

• Virologie générale et médicale (Pr. N. Jacobs)

Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement

Ce cours repose principalement sur des cours magistraux soutenu par la présentation de cas cliniques et d'interactions sous forme de quiz via une application sur smartphone.
Le cours est structuré en deux parties : la microbiologie générale et la microbiologie médicale.  Les chapitres sont ordonnés pour assurer une compréhension progressive et logique des contenus.
Concernant les cours de microbiologie clinique : "Révision - entrainement en continu".  Des quiz seront proposés au début de chaque cours sur la matière vue précédemment de façon à renforcer les acquis. Une séance de révision est également organisée à la fin du cours.
Les étudiants sont invités à poser leurs questions après les séances de cours ou par email en mentionnant leur section.
Pour illustrer et développer certaines matières enseignées, des travaux pratiques sont organisés.

En présentiel

La présence au laboratoire est OBLIGATOIRE.  Toute absence devra être justifiée par un certificat médical en bonne et due forme.  Pour des raisons de sécurité, le port d'une blouse de laboratoire est exigé; pour la manipulation de matériel biologique des gants à jeter seront mis à disposition.    Une interrogation sous forme de QCM est organisée à la fin des séances de travaux pratiques.  La cote de cette interrogation intervient dans la cote de première session.
Les TP sont présentés sous forme d'ateliers thématiques qui illustrent les cours magistraux à travers la réalisation de tests diagnostiques, d'observations en microscopie et en macroscopie (cultures bactériennes et fongiques, parasites adultes), de projection de vidéos. Une video sera également mise à disposition sous forme d'une visite virtuelle du laboratoire de microbiologie médicale.  Cet enseignement et travaux pratiques s'adressant à de futurs professionnels de la santé, les exercices et démonstrations se rapportent  à la microbiologie clinique et introduisent ainsi la notion des missions d'un laboratoire de microbiologie dans le diagnostic et le contrôle des agents infectieux. 
Lors des séances de travaux pratiques, les activités réalisées familiarisent aussi l'étudiant avec les considérations de base de la biosécurité, avec les règles incontournables de l'hygiène comme le lavage des mains et, avec les techniques de base utilisées en microbiologie.
D'autre part des videos seront déposées sur e-campus de façon ponctuelle pour illustrer certains cours (Ex. Coqueluche, Malaria, maladie de Lyme).
 
En distanciel
Cette année, exceptionnellement, suite à la pandémie de COVID-19 actuellement en cours, les travaux pratiques de Microbiologie clinique n'auront pas lieu en présentiel.
Ils sont remplacés par 4 modules d'e-learning: ces 4 modules doivent être suivis OBLIGATOIREMENT par chaque étudiant.
La matière vue dans ces modules est complétée par de la théorie présentée dans le manuel de TP, également disponible dans ce cours.
Ces modules comprennent:

des vidéos destinées à vous montrer le parcours de différents échantillons au laboratoire: de la culture bactériologique classique ou automatisée, à  la recherche de parasites sur selles et sur sang,  en passant par les panels PCR pour le diagnostic des méningites.
un diaporama interactif avec des cas cliniques de parasitologie, où vous pourrez tester vos connaissances.
Interro de TP:
Une interro de TP de Microbiologie clinique, comprenant 10 questions à choix multiples, aura lieu sur eCampus.  

Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)

Cours ex-cathedra présentiel et travaux pratiques
Participation de 2 enseignantes:
Prof. MP Hayette et Pharm biol J. Descy
Les travaux pratiques sont organisés par groupes d'étudiants et sont encadrés par Julie Descy, pharmacien spécialiste en biologie clinique et microbiologie clinique.
Les diaporama des cours théoriques et le manuel des travaux pratiques sont en ligne et accessibles via "my ULg" et e-campus.
Des références de videos seront déposées sur e-campus de façon ponctuelle pour illustrer certains cours (exemples: coqueluche, malaria, maladie de Lyme)
Les cours en lignes seront donnés via la plateforme collaborate 
 
Travaux pratiques en distanciel

• Microbiologie générale

• Module 1 : Consignes de sécurité pour le travail en L2
• Module 2 : Les bactéries
• Module 3 : L'identification des bactéries
• Module 4 : Les levures et les champignons filamenteux
• Modules 5 : Hygiène des mains et de la toux 

• Microbiologie clinique

• des vidéos destinées à vous montrer le parcours de différents échantillons au laboratoire: de la culture bactériologique classique ou automatisée, à  la recherche de parasites sur selles et sur sang,  en passant par les panels PCR pour le diagnostic des méningites.
• un diaporama interactif avec des cas cliniques de parasitologie, où vous pourrez tester vos connaissances.

Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours

Les diaporama des cours théoriques ainsi que les notes de travaux pratiques, publiés en ligne et accessibles aux étudiants des sections et année concernées par le cours sont obligatoires.
Les livres suivants sont des références qui peuvent aider les étudiants : apport d'une meilleure compréhension, développement d'un sujet d'intéret:

• MIMS' MEDICAL MICROBIOLOGY, Mims C. et al, 6th Ed.,2018, Elsevier
• INTRODUCION A LA MICROBIOLOGIE, Tortora G.J. et al, 2nd Ed., 2012, ERPI, Editions du Renouveau Pédagogique Inc.
• BROCK BIOLOGY OF MICROORGANISMS, MT Madigan et al, 14th Ed, 2014,Pearson
• THE MICROBIAL CHALLENGE, Krasner R., 2002, Ed. ASM PRESS
• MICROBIOLOGIE, Prescott, Willey JM et al, Traduction de la 8ème Ed,2013, Ed.De Boeck Université
• INFECTIOLOGIE, Tome 3. 3ème édition. Collection Le moniteur internat. 2007

• http: //www.microbes-edu.org

Modalités d'évaluation et critères

Toutes sessions confondues :

- En présentiel

évaluation écrite

- En distanciel

évaluation écrite ( QCM )

- Si évaluation en "hybride"

préférence en présentiel


Explications complémentaires:

• Examen écrit comportant des questions à choix multiples (QCM) avec degré de certitude (comptant pour 90% en juin et 100% en septembre) 
• Une évaluation des travaux pratiques se fait à la fin de la dernière séance de travaux pratiques de chaque groupe.  Il s'agit de questions à choix multiples (QCM) et peut comporter une ou des questions ouvertes courtes (QROC).  La cote est intégrée à raison de 10% dans l'évaluation de la première session.

Stage(s)

Possibilité de faire 3 mois de stage et réalisation d'un  travail de fin d'études en dernière année de master.

Remarques organisationnelles

Pour les travaux pratiques,

• La coordination est assurée par Madame Julie Descy du service de microbiologie clinique du CHU de Liège.
• La participation aux travaux pratiques est OBLIGATOIRE, de même que l'examen de travaux pratique (qui compte pour 10% de la cote finale).
• L'accès aux travaux pratiques est interdit aux étudiants ne portant pas de blouse de laboratoire.
• Les changements de groupes ne seront autorisés que de manière exceptionnelle dans la mesure des possibilités et après contact avec Mme Descy.
• Cette année les TP seront organisés sous forme de vidéos postées en ligne. l'examen aura lieu aussi en ligne. Coté pour 10% lors de la première session.

Contacts

Service de Microbiologie clinique CHU de Liège, B-23 Sart Tilman, 4000 LIEGE Belgique
Secrétariat Pour tout contact ou rendez-vous, s'adresser à la secrétaire Madame S Wauquier

• Tél.: 00.32.4.366.24.39
• Fax: 00.32.4.366.24.40
• email: micromed@uliege.be