Durée
25h Th
Nombre de crédits
| Bachelier en sciences biologiques | 2 crédits |
Enseignant
Langue(s) de l'unité d'enseignement
Langue française
Organisation et évaluation
Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier
Horaire
Unités d'enseignement prérequises et corequises
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement
Dans différents domaines de la biologie, l'évolution des technologies aboutit à la production de jeux de données bruts de plus en plus volumineux. Le cours consistera en une découverte de l'utilisation d'outils informatiques et statistiques adaptés pour l'analyse de jeux de données biologiques.
Diverses notions seront revues par le biais d'exercices, depuis des notions générales (vecteurs et matrices, corrélation, test d'équivalence de moyenne) jusqu'à la mise en œuvre de solutions complètes d'analyses exigées par des problèmes particuliers.
Concrètement, le cours sera axé sur l'usage du langage R dont le professeur est un des contributeurs de paquetages officiels depuis 2008.
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement
Réflexes et autonomie pratique nécessaires pour pouvoir aborder le traitement et l'analyse de jeux de données biologiques complexes avec le logiciel R, depuis le chargement de données à partir de différentes sources jusqu'à la synthèse de résultats statistiques et leur visualisation. Capacité à planifier les différentes étapes d'un processus d'analyse de données.
Savoirs et compétences prérequis
Les étudiants sont invités à revoir les bases qu'ils auraient déjà acquises dans les domaines suivants : statistique et programmation.
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement
Mini-exposés théoriques et travaux pratiques sur ordinateur.
Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)
Ce cours est entièrement en ligne à l'adresse web http://www.bioinfo.uliege.be/classes/STAT0077/
Les mots de passe éventuels sont disponibles sur le forum ecampus du cours
Adaptations organisationnelles liées au contexte sanitaire
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours
Getting Started with R: An Introduction for Biologists (Oxford Biology 2012) by Andrew P. Beckerman and Owen L. Petchey
Modalités d'évaluation et critères
Vous trouverez ci-dessous les modalités d'évaluation envisagées pour les examens en présentiel et à distance ainsi que celle souhaitée en cas de session hybride. En fonction de l'évolution sanitaire, la modalité choisie vous sera communiquée au plus tard un mois avant le début de la session d'examen.
Les étudiants sont évalués à travers un examen essentiellement pratique, avec des questions similaires aux exercices vus pendant l'année. Quelques questions théoriques ou de réflexions peuvent aussi être ajoutées à l'examen pratique.
Une liste des noms de fonctions utilisées pendant l'année sera rendue disponible le jour de l'examen, mais toute autre source d'information sera interdite (diapositives du cours, résolution d'exercices, notes manuscrites, livres, internet,...).
L'examen est écrit (sur machine) en salle informatique et il dure quatre heures.
Une interro dispensatoire de l'examen (minimum 12/20 requis) aura lieu entre la mi-octobre et la mi-novembre (les détails de cette interro: lieu, heure, procédure,... sont communiqués via la page web du cours)
Modalité d'évaluation arrêtée le 11/12/2020 : l'examen écrit se déroulera en ligne.
Stage(s)
Remarques organisationnelles
Toutes les séances se font à distance sur ordinateur personnel
Des séances en présentiel pourront éventuellement prendre place dans la salle de labo B (étage -1) du B22.
Contacts
Prof. Patrick Meyer
Département des Sciences de la Vie
Bât. B22, local 3/03
Campus du Sart-Tilman
Chemin de la Vallée, 4
4000 Liège - Belgique
Tél: 04/366 3030
email: patrick.meyer@ulg.ac.be(Patrick.Meyer@ulg.ac.be
)
Assistant:
Damien Sirjacobs ( d.sirjacobs@ulg.ac.be )