Microbiologie clinique

Durée

15h Th, 10h Pr

Nombre de crédits

Enseignant

Langue(s) de l'unité d'enseignement

Langue française

Organisation et évaluation

Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier

Horaire

Horaire en ligne

Unités d'enseignement prérequises et corequises

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme

Contenus de l'unité d'enseignement

Ce cours arrivant après les cours de microbiologie générale et médicale a pour objectif de préparer le futur master à son entrée dans le monde professionnel de la microbiologie clinique.  
En Belgique les professionnels habituellement rencontrés dans ce type de laboratoire sont des médecins ou pharmaciens spécialistes en biologie clinique et des technologues de laboratoires médicaux.  Le master doit avoir une bonne maîtrise des techniques de laboratoire mais il doit aussi être capable notamment d'encadrer les activités d'un secteur, de faire des choix techniques justifiés, d'implémenter de nouveaux tests- techniques, de rédiger des procédures, de former les utilisateurs, le tout dans un contexte d'assurance de qualité.
Les matières enseignées devraient permettre aux étudiants d'acquérir les connaissances et sens critique attendus en microbiologie clinique. 
Table des matières

• Missions des laboratoires de microbiologie:  clinique / agro-alimentaire / de référence / de contrôle de qualité
• Considérations pré-analytiques
• Etape analytique - Moyens disponibles - Détections directes avec ou sans amplification - Diagnostics indirects
• Détection de la résistance bactérienne aux antimicrobiens - Référentiels, interprétation et expertise de l'antibiogramme
• Automation en microbiologie
• Spectrométrie de masse: MALDI-TOF
• Place de la biologie moléculaire et perspectives
• Assurance qualité, aspects spécifiques à la microbiologie
• Vérification - validation
• (biosécurité; environnement, épidémio, ...)
• L'infection périnatale à streptocoque du groupe B : de l'émergence aux stratégies de prévention

Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement

A la fin du cours l'étudiant sera capable

• De différencier les types de laboratoire de microbiologie en rapport avec la santé et leurs missions respectives
• De discerner ce qu'est un résultat utile et d'expliquer l'impact attendu pour le patient et pour la communauté.
• D'argumenter l'importance de l'obtention rapide d'un résultat
• D'expliquer et de justifier les considérations pré-analytiques spécifiques aux analyses microbiologiques (quels prélèvements, quand prélever, comment prélever, quelles conditions de conservation et de transport)
• D'encourager toute relation dynamique avec les médecins prescripteurs
• D'expliquer et de justifier les critères de prescriptions et renseignements à communiquer
• De résumer les principes, avantages, inconvénients et positionnement des techniques analytiques utilisées en microbiologie (microscopiques, immunologiques, de culture, de biologie moléculaire)
• De résumer les principes, avantages, inconvénients et positionnement des techniques analytiques utilisées pour la détermination de la sensibilité des agents infectieux aux antimicrobiens, pour la détection et caractéristaion des mécanismes de résistance.
• D'expliquer les objectifs et moyens mis en œuvre par l'EUCAST
• D'expliquer et de justifier l'expertise de l'antibiogramme
• D'expliquer et de justifier les caractéristiques analytiques requises pour des tests de dépistage, de diagnostic et de confirmation
• De résumer les principales étapes de l'évolution des techniques en microbiologie y compris l'introduction de l'automation et objectifs d'amélioration poursuivis
• D'envisager le développement et positionnement de techniques, de tests rapides à utiliser en point of care et de nouvelles plateformes permettant le diagnostic sur base d'approche syndromique
• D'analyser et d'intégrer des données épidémiologiques et de nouvelles connaissances dans un processus complexe et évolutif associé à un agent infectieux spécifique
• D'expliquer et de justifier les techniques de dépistage mise en œuvre dans les stratégies de prévention des infections périnatales à streptocoques du groupe B

Savoirs et compétences prérequis

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme.

Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement

L'enseignement repose principalement sur des cours ex-cathedra en présentiel avec encouragement à la discussion pendant le cours. 
Pour illustrer et intégrer la connaissance des matières enseignées, lors des travaux pratiques, les étudiants sont acceuillis dans le laboratoire de microbiologie clinique du CHU.  Leur temps est partagé pour permettre l'observation du travail et des flux dans tous les secteurs.   La présence au laboratoire est OBLIGATOIRE.  Toute absence devra être justifiée par un certificat médical en bonne et due forme.  Pour des raisons de sécurité, le port d'une blouse de laboratoire est exigé; pour la manipulation de matériel biologique des gants à jeter seront mis à disposition.

Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)

L'enseignement repose principalement sur des cours ex-cathedra en présentiel avec encouragement à la discussion pendant le cours. 
Les diaporama des cours théoriques sont en ligne et accessibles via "my ULg"
Pour les travaux pratiques, les étudiants sont acceuillis 3 demi-journées dans le laboratoire de microbiologie clinique du CHU.  

Adaptations organisationnelles liées au contexte sanitaire

Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours

Les diaporama des cours théoriques  publiés en ligne et accessibles aux étudiants inscrits au cours sont obligatoires.
Les ouvrages de référence suivant permettent une meilleure compréhension et un élargissement des notions enseignées:

• Bactériologie médicale - Techniques usuelles 2ème édition François DENIS, Marie-Cécile Ploy, Christian Martin, Edouard Bingen, Roland QUENTIN Editeur: Elsevier Masson. 11/2011 ISBN: 9782294096686
• De nombreux documents couvrant les domaines variés de la microbiologie sont disponibles et régulièrement mis à jour sur le site de la Société Américaine de microbiologie (ASM). A consulter et télécharger du site de l'ASM :
  http://clinmicro.asm.org/index.php/bench-work-resources
• La série des Cumitech offre des recommandations sur les techniques de microbiologie clinique et d'immunologie traitant d'un sujet par volume. Ces documents sont édités également par l'ASM.
  

Modalités d'évaluation et critères

Vous trouverez ci-dessous les modalités d'évaluation envisagées pour les examens en présentiel et à distance ainsi que celle souhaitée en cas de session hybride. En fonction de l'évolution sanitaire, la modalité choisie vous sera communiquée au plus tard un mois avant le début de la session d'examen.

L'évaluation comprend un examen oral avec préparation écrite. 

Stage(s)

Le laboratoire de microbiologie peut accueillir et encadrer un ou plusieurs étudiant(s) pour la réalisation d'un mémoire de fin de master.

Remarques organisationnelles

Contacts

Service de Microbiologie clinique CHU de Liège, B-23 Sart Tilman, 4000 LIEGE Belgique
Secrétariat
Pour tout contact ou rendez-vous, s'adresser à la secrétaire Madame MC Lhôte

• Tél.: 00.32.4.366.24.39
• Fax: 00.32.4.366.24.40
• email: micromed@uliege.be

• Pierrette.Melin@uliege.be