Microbiologie médicale

Durée

16h Th, 6h Pr

Nombre de crédits

Enseignant

Marie-Pierre Hayette

Langue(s) de l'unité d'enseignement

Langue française

Organisation et évaluation

Enseignement au deuxième quadrimestre

Horaire

Horaire en ligne

Unités d'enseignement prérequises et corequises

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme

Contenus de l'unité d'enseignement

Ce cours fait suite au cours de microbiologie générale dans lequel les acquis nécessaires à la compréhension du cours de microbiologie médicale ont été développés.  L'enseignement comporte deux parties, l'une introductive se rapportant au bon usage du laboratoire de diagnostic microbiologique et aux flores commensales, ensuite, le cours présente l'épidémiologie, les principaux agents infectieux, les principales présentations cliniques des maladies infectieuses, la pathogenèse, leur diagnostic microbiologique, acquisition / transmissibilité, éventuelles complications, traitement et prévention par site anatomique (approche syndromique).
Les pathologies virales sont abordées dans le cours de virologie médicale.
Les sujets suivants sont traités: les infections de l'arbre urinaire, les infections du système digestif, les infections sexuellement transmissibles, les infections de la sphère respiratoire et ORL y compris les infections chroniques comme la tuberculose, les infections transmises de la mère à l'enfant et les infections de la peau et des tissus mous.  A propos des infections du système nerveux central, les méningo-encéphalites sont brièvement abordées dans des cas cliniques. 
A chacune de ces présentations est associée la description des principaux pathogènes. 
Le cours comprend également un chapitre concernant les candidoses et un autre est dédié au paludisme. La plupart des infections virales sont traitées séparément de la microbiologie médicale.
Table des matières

• Stratégies de bonne utilisation du laboratoire de microbiologie clinique et des ressources disponibles
• Du bon usage des antibiotiques 
• Les flores commensales 
• Infections du tractus urinaire
• Infections des voies respiratoires supérieures 
• Infections des voies respiratoires inférieures y compris les infections chroniques 
• Infections sexuellement transmissibles 
• Infections du tractus gastro-intestinal 
• Infections congénitales et périnatales 
• Infections de la peau et des tissus mous 
• Petites vignettes cliniques 
• Le paludisme 
• Candida et candidoses 
  
  

Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement

A la fin du cours et des TP, l'étudiant sera capable

• D'expliquer ce que les analyses microbiologiques peuvent apporter dans la prise en charge des maladies infectieuses.
• D'expliquer et de justifier les considérations pré-analytiques spécifiques aux analyses microbiologiques (quels prélèvements, quand prélever, comment prélever, quelles conditions de conservation et de transport)
• D'expliquer les limites d'utilisation de méthodes et de moyens de diagnostic microbiologique.
• D'intégrer de nombreux acquis du cours de microbiologie générale dans la pathogenèse des principales infections chez l'homme.
• De citer les principaux agents étiologiques responsables d'infections par système anatomique et par présentation clinique.
• De décrire pour les principaux pathogènes qu'il rencontrera en clinique, les caractéristiques bactériologiques y compris les facteurs de virulence, les moyens thérapeutiques et de prévention contre ces agents.
• De comprendre l'efficacité ou non des moyens de défense mis en œuvre par l'homme.
• De proposer par type d'infection et de pathogène, les examens microbiologiques utiles.
• D'argumenter l'attidude thérapeutique antimicrobienne à proposer et de planifier le suivi du patient si nécessaire en fonction de l'âge, de la présence de facteurs de risque par exemple.
• De comprendre les recommandations de vaccination adaptées en fonction du risque individuel et collectif
• D'argumenter les risques inhérents à certaines infections et les mesures préventives correspondantes
• D'exposer les modes d'acquisition, de transmission de certaines maladies infectieuses
• De justifier et d'argumenter l'importance des campagnes de prévention et moyens mis à disposition des jeunes pour la prévention des infections sexuellement transmissibles.
• D'expliquer les examens de diagnostiques microbiologiques d'une tuberculose thoracique ou de localisations extra-thoraciques
• D'argumenter l'attitude thérapeutique pour une tuberculose et suivi.

Savoirs et compétences prérequis

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme.

Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement

Cet enseignement et travaux pratiques s'adressant à de futurs médecins, les exercices et démonstrations se rapportent à la microbiologie clinique : méthodes de dépistage, de diagnostic et de confirmation.  Les démonstrations et exercices visent aussi à démontrer l'importance des phases pré-analytiques et post-analytiques des examens de laboratoire.
Régulièrement des petits Quiz sont proposés aux étudiants afin de vérifier leurs connaissances avant ou après une matière enseignée
Afin d'illustrer et de compléter les notions acquises, des vidéos réalisées dans le laboratoire de microbiologie clinique du CHU de Liège, invitent les étudiants à suivre le parcours d'un échantillon. Ces visites virtuelles, comprennent alternativement interviews, explications schématiques des différentes techniques utilisées, quelques diapositives du cours et séquences filmées dans le laboratoire.

Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)

Cours ex-cathedra présentiel ou en ligne

Stratégies de bonne utilisation du laboratoire de microbiologie clinique et des ressources disponibles, du bon usage des antibiotiques, les flores commensales, les infections de l'arbre urinaire, du système respiratoire et ORL, sexuellement transmissibles, du système digestif, de la mère à l'enfant, de la peau et des tissus mous.

Les méthodes de détection des microorganismes et de diagnostic des maladies infectieuses sont envisagées dans le cours théorique ainsi que les principes de bonne utilisation du laboratoire, et plus largement détaillées, illustrées et réalisées pendant les travaux pratiques.  Les vidéos sont projetées et commentées pendant les travaux pratiques; les étudiants peuvent les revoir en ligne (site ULg)
 
TRAVAUX PRATIQUES
Cette année, exceptionnellement, suite à la pandémie de COVID-19 actuellement en cours, les travaux pratiques de Microbiologie clinique n'auront pas lieu en présentiel.
Ils sont remplacés par 4 modules d'e-learning: ces 4 modules doivent être suivis OBLIGATOIREMENT par chaque étudiant.
La matière vue dans ces modules est complétée par de la théorie présentée dans le manuel de TP, également disponible dans ce cours.
Ces modules comprennent:

• des vidéos destinées à vous montrer le parcours de différents échantillons au laboratoire: de la culture bactériologique classique ou automatisée, à  la recherche de parasites sur selles et sur sang,  en passant par les panels PCR pour le diagnostic des méningites.
• un diaporama interactif avec des cas cliniques de parasitologie, où vous pourrez tester vos connaissances.

Adaptations organisationnelles liées au contexte sanitaire

Cours et TP en ligne

Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours

Les diaporama des cours théoriques, les notes de travaux pratiques ainsi que les vidéos sont publiés en ligne (site ULg) et sont accessibles aux étudiants concernés par le cours.
Vidéos: Une version condensée des diverses videos présentées aux travaux pratiques et intitulée "Le diagnostic microbiologique en 2013. Le parcours d'un échantillon" est accessible en ligne: https://vimeo.com/67284183.  Elle s'adresse à tout utilisateur d'un laboratoire de diagnostic microbiologique.
Les ouvrages de référence permettent une meilleure compréhension et un élargissement des notions enseignées: - Mims' Medical microbiology, Mims C. et al, 5th Ed.,2012, Elsevier - Repères en microbiologie, P. Goubau and A. Van Gompel. Garant ed., 2000 - Bactériologie médicale, F.Denis, MC. Ploy, C. Martin, E. Bingen, R. Quentin et al. 2ème Ed., 2011, Masson Paris - Medical Microbiology, P. Murray, K. Rosenthal, M. Pfaller. 6th Ed., 2009, Mosby Elsevier - Infectious Disease: Pathogenesis, Prevention and Case studies, N Shetty, JW Tang & J Andrews, 2009, Wiley - Blackwell

Site web recommandé:
-  http://www.microbes-edu.org/

Modalités d'évaluation et critères

Vous trouverez ci-dessous les modalités d'évaluation envisagées pour les examens en présentiel et à distance ainsi que celle souhaitée en cas de session hybride. En fonction de l'évolution sanitaire, la modalité choisie vous sera communiquée au plus tard un mois avant le début de la session d'examen.

Toutes sessions confondues :

- En présentiel

évaluation écrite ( QCM )

- En distanciel

évaluation écrite ( QCM )

- Si évaluation en "hybride"

préférence en présentiel


Explications complémentaires:

Examen écrit en session de juin et de septembre comportant des questions à choix multiples (QCM) en présentiel ou en ligne.
Si présentiel : Une évaluation des travaux pratiques se fait à la dernière séance de travaux pratiques de chaque groupe.  Il s'agit de questions à choix multiples (QCM), l'évaluation peut aussi comporter une ou des questions ouvertes courtes (QROC).  La cote de l'interrogation des travaux pratiques intervient pour 10% de la cote de 1ère session.
Si distanciel: examens en ligne (e-Campus).
Lors des examens intégratifs, l'étudiant peut être interrogé sur les cours de microbiologie.

Stage(s)

Possibilités de postes d'élève-moniteur pour des étudiants motivés de master. Leur charge est l'encadrement des étudiants aux travaux pratiques de microbiologie générale et de microbiologie médicale (horaire à définir). Conditions : avoir faits de bons examens en microbiologie générale et médicale (théorie et pratique); avoir de bons résultats globaux (grades); motivation.

Remarques organisationnelles

Pour les travaux pratiques,
- La coordination est assurée par Madame Julie Descy du service de microbiologie clinique du CHU de Liège.
- La participation aux travaux pratiques est OBLIGATOIRE.
- L'accès aux travaux pratiques est interdit aux étudiants ne portant pas de blouse de laboratoire.
- Les changements de groupes ne seront autorisés que de manière exceptionnelle dans la mesure des possibilités.

Contacts

Service de Microbiologie clinique CHU de Liège, B-23 Sart Tilman, 4000 LIEGE Belgique
Secrétariat Pour tout contact ou rendez-vous, s'adresser à la secrétaire Madame S WAUQUIER Stephanie.wauquier@chuliege.be

• Tél.: 00.32.4.366.24.39
• Fax: 00.32.4.366.24.40
• email: micromed@uliege.be

Notes en ligne