Durée
20h Th, 50h TD
Nombre de crédits
| Master en bioinformatique et modélisation, à finalité | 8 crédits |
Enseignant
Coordinateur(s)
Langue(s) de l'unité d'enseignement
Langue anglaise
Organisation et évaluation
Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier
Horaire
Unités d'enseignement prérequises et corequises
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement
[MISE-A-JOUR EN 2019] Ce cours enseigne la prise en main du système d'exploitation Linux, l'interface en ligne de commande et la programmation en langage Perl, dans le contexte des applications bioinformatiques.
1. Linux
- Linux (installation, configuration et personnalisation, découverte de la GUI)
- Ligne de commande (terminal, shell)
- Shell interactif : commandes de diagnostic, de navigation, de recherche de fichiers, de manipulation de fichiers, de lecture/écriture de fichiers, de manipulation de chaînes de caractères et de gestion des permissions
- Shell avancé : gestion de processus, variables, boucles, one-liners, scripts
- Tenue d'un cahier de laboratoire bioinformatique
- Variables (Scalars, Arrays, Hashes)
- Opérateurs, Expressions booléennes, Contrôle de flux
- Entrées/Sorties
- Expressions régulières
- One-liners
- Fonctions
- Références et structures de données enchâssées
- Modules et Tests unitaires
- Best of CPAN
- Perl idiomatique - TIMTOWTDI
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement
Ce cours est le principal cours de progammation du Master BIM. Avec d'autres cours de ce cursus, il vise à ce que les étudiants soient capables d'utiliser l'ordinateur comme un instrument scientifique. Plus spécifiquement, ils auront été formés aux objectifs suivants :
1. Design expérimental
- comment choisir les contrôles adéquats
- comment raisonner dans un cadre statistique
- comment lancer de grandes séries d'analyses
- comment exploiter la puissance des grilles de calcul
- comment automatiser l'analyse des fichiers de sortie
- comment générer des graphes informatifs mais jolis
- comment tirer des conclusions statistiquement fondées
- comment documenter les protocoles expérimentaux
- comment réorganiser une série d'analyses a posteriori
- comment gérer les multiples versions des jeux de données, des programmes utilisés et des résultats générés
Savoirs et compétences prérequis
Ce cours ne suppose aucune connaissance particulière en informatique, mais il s'appuie néanmoins sur les cours de Génomique [GENE0003-1] et de Bioinformatique [BIOL0008-1] du Master BBMC et Master BIM.
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement
- mini-exposés théoriques
- défis à résoudre
- travaux pratiques sur ordinateur
- autoformation (manuels et tutoriels en ligne)
Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)
Ce cours est essentiellement en présentiel, mais son approche par problèmes nécessitera du travail en dehors de la salle de classe.
Adaptations organisationnelles liées au contexte sanitaire
Les leçons résiduelles se donneront en ligne via la plateforme eCampus.
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours
Les syllabus au format papier seront distribués au cours. Des ouvrages de référence conseillés y seront mentionnés.
Modalités d'évaluation et critères
Vous trouverez ci-dessous les modalités d'évaluation envisagées pour les examens en présentiel et à distance ainsi que celle souhaitée en cas de session hybride. En fonction de l'évolution sanitaire, la modalité choisie vous sera communiquée au plus tard un mois avant le début de la session d'examen.
L'évaluation de ce cours se basera à la fois sur le travail réalisé pendant l'année académique (devoirs : 25%), sur un examen à livre ouvert où un problème intégratif devra être résolu à l'aide de commandes shell et d'un programme Perl (75%).
Modalité d'évaluation arrêtée le 9/12/2020 : examen écrit en présentiel.
Stage(s)
Remarques organisationnelles
ATTENTION : Chaque étudiant de M-BIM doit se munir d'un ordinateur portable sur lequel il doit être possible d'installer un système Linux (type Ubuntu 18.04). Les machines virtuelles dans VirtualBox ne sont pas une solution fiable. Par contre, un dual-boot avec Windows est possible. L'installation de Linux fera l'objet du premier cours (avec P. Tocquin).
Contacts
Prof. Denis Baurain
Institut de Botanique B22 (P70)
denis.baurain@uliege.be
Dr. Pierre Tocquin
Institut de Botanique B22 (P70)
ptocquin@uliege.be
Assistant: Dr. Damien Sirjacobs
Institut de Botanique B22 (P70)
04/366.38.54
D.Sirjacobs@uliege.be