2020-2021 / CHIM0433-1

Protéomique

Durée

20h Th, 10h Pr

Nombre de crédits

 Master en sciences biomédicales, à finalité3 crédits  
 Master de spécialisation en nanotechnologie3 crédits  

Enseignant

Marianne Fillet, Gabriel Mazzucchelli

Langue(s) de l'unité d'enseignement

Langue française

Organisation et évaluation

Enseignement au deuxième quadrimestre

Horaire

Horaire en ligne

Unités d'enseignement prérequises et corequises

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme

Contenus de l'unité d'enseignement

Un cours de protéomique moderne couvrant les trois parties suivantes:
- analyse protéomique comparative
- protéomique clinique
- Spectrométrie de masse

Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement

  • Protéomique, partim analyse protéomique comparative (Pierre Leprince):
- Génomique et protéomique, promesses et réalités - Rappel de notions de chimie des protéines utiles en protéomique - Techniques d¿analyses électrophorétiques classiques - 2D-DIGE : principes et mise en oeuvre - Préparation et processing des échantillons - Séparation électrophorétique et analyse des gels - Les outils d¿analyse d¿images de gels : Decyder DIA, BVA, EDA - Spot picking et digestion tryptique - Validation des résultats - Biais techniques et limitations - Exemples d'analyses protéomiques comparatives de réponses physiologiques et pathologiques
Une démonstration pratique d'une durée de 2h aura lieu dans le laboratoire de protéomique du CNCM (B36).
 
 






  • Protéomique, partim protéomique clinique (Marianne Fillet):
- Préambule : Intérêts de la protéomique clinique - Nouvelles technologies adaptées à la protéomique clinique - Techniques de préparation des échantillons issus de prélèvements humains - Recherche et validation de nouveaux marqueurs de pathologies et présentation des outils bioinformatiques de traitement des données - Utilisation de techniques protéomiques pour le suivi de la thérapie, de l'apparition d'effets toxiques et la prédiction de la réponse au traitement
Une démonstration pratique d¿une durée de 2h aura lieu dans les locaux du laboratoire d'Analyse des Médicaments (B36, +3).
 
 






  • Protéomique, partim Spectrométrie de masse (Gabriel Mazzucchelli):
- Rappel général: les bases physiques de la spectrométrie de masse:  Les sources ESI, MALDI - Les analyseurs : TOF, quadrupôle, IT, Orbitrap, FT-ICR - Les spectromètres et leur choix en fonction des informations souhaitées - Les techniques de séparation, en particulier la chromatographie en phase liquide et son interfaçage avec l'ESI et le MALDI - La spectrométrie de masse multidimensionelle - Les techniques d'identification des protéines (bottom up, top down) - Les techniques de séquençage de novo - Les techniques structurales sur protéines entières: ECD, EDD, IRMPD, échange H/D, mobilité ionique - Les techniques de quantification par spectrométrie de masse: quantification relative, quantification absolue (marquage chimique, marquage métabolique, dilution isotopique), quantification sans marquage - Les complexes non-covalents Une démonstration pratique d'une durée de 2h aura lieu dans les locaux du Laboratoire de Spectrométrie de masse (bât. B6c)

Savoirs et compétences prérequis

Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement

Trois démonstrations de 2h dans les laboratoires du CHU et du GIGA

Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)

Cours en trois parties de 6.5 h chacune

Adaptations organisationnelles liées au contexte sanitaire

Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours

disponibles en format pdf sur MyULg

Modalités d'évaluation et critères

Vous trouverez ci-dessous les modalités d'évaluation envisagées pour les examens en présentiel et à distance ainsi que celle souhaitée en cas de session hybride. En fonction de l'évolution sanitaire, la modalité choisie vous sera communiquée au plus tard un mois avant le début de la session d'examen.

examen écrit

Stage(s)

Remarques organisationnelles

En 2019-2020, les cours et les travaux pratiques ne seront pas assurés et seront remplacés par la présentation de manière critique, par l'étudiant, d'un article choisi par un des enseignants dans le domaine de l'analyse protéomique par spectroscopie de masse.

Contacts

Pierre Leprince
Centre de Neurobiologie Cellulaire et Moléculaire (CNCM)
Université de Liège
CHU B36
B-4000 Liège
Belgique
Tél: 32 4 366 59 32
FAX: 32 4 366 59 12
pleprince@ulg.ac.be

Notes en ligne

Gel Free Proteomics - Review
Gel Free Proteomics - Review (quantitative proteomics)

Mass Spectrometry Basics 2018
Spectre de masse, sources et analyseurs.