Biologie des systèmes

Durée

10h Th, 10h TD

Nombre de crédits

Enseignant

Patrick Meyer

Langue(s) de l'unité d'enseignement

Langue française

Organisation et évaluation

Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier

Horaire

Horaire en ligne

Unités d'enseignement prérequises et corequises

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme

Contenus de l'unité d'enseignement

Ce cours d'Introduction à la Biologie des Systèmes présente différentes approches de modélisations et de représentations de plusieurs niveaux des systèmes biologiques. 
En particulier, les réseaux transcriptomiques, de protéines et  métaboliques seront introduits.
Quelques méthodes d'inférence et de validation de ces réseaux à partir des données issues des Nouvelles Générations de méthodes de Séquençage (NGS) seront détaillées.
Les exercices relatifs au cours sont donnés en salle informatique, principalement en R. A ce stade des études, les bases du language R sont considérées comme acquises.

Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement

L'objectif de ce cours est de 1)connaître et 2) pouvoir utiliser des méthodes simples d'analyse de systèmes biologiques.

Savoirs et compétences prérequis

Prérequis

• Traitement et Analyse Informatiques de Données Biologiques  (STAT0077) 

• Bioinformatique (BIOL0008)
• Génomique (GENE0003)

Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement

Le cours est divisé en deux parties, une partie théorique et une partie pratique sur ordinateur dans laquelle les méthodes discutées dans la première partie seront mises en pratique.

Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride)

Bien que non-obligatoire, il est fortement recommandé de venir aux sessions pratiques sur ordinateur qui préparent à l'examen et à la maitrise de la matière.
Afin de pouvoir être efficace et directement opérationel aux sessions pratiques, il est fortement recommandé d'avoir suivi le cours théorique relatif à la pratique au préalable car une grande quantité d'information est transmise oralement pendant le cours.
Le mode d'enseignement est donc principalement présentiel (voire en ligne pour la partie théorique).

Adaptations organisationnelles liées au contexte sanitaire

En code orange/rouge, le cours est entièrement donné à distance avec des videos en ligne disponibles sur la page web du cours (http://www.bioinfo.uliege.be/classes/BIOL0021/). 
Il y aura deux interros ecampus. La première à mi-parcours porte sur les deux premières séances théoriques + pratiques et compte pour 5/20. La deuxième interro ecampus porte sur les trois dernières séances théoriques + pratiques et compte pour 15/20. 
Un total de 14/20 aux interros ecampus dispense de l'examen de janvier. 
L'examen de janvier sera un examen oral (présentiel ou via lifesize) qui porte sur la matière théorique mais aussi pratique via des exercices qui seront remis en fin d'oral et qui devront être soumis en un temps limité (via notre serveur d'exercices RStudio et son script submit.sh).
Les dates et fonctionnement des interros et examens sont détaillées sur la page web du cours.

Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours

The informations pratiques (videos -pdfs -...) sont disponibles à l'adresse web suivante: www.bioinfo.uliege.be/classes/BIOL0021/

Modalités d'évaluation et critères

Vous trouverez ci-dessous les modalités d'évaluation envisagées pour les examens en présentiel et à distance ainsi que celle souhaitée en cas de session hybride. En fonction de l'évolution sanitaire, la modalité choisie vous sera communiquée au plus tard un mois avant le début de la session d'examen.

Les étudiants sont évalués à travers un examen essentiellement pratique, avec des questions similaires aux exercices vus pendant l'année. Quelques questions théoriques ou de réflexions peuvent aussi être ajoutées à l'examen pratique.
Une liste des fonctions vues pendant l'année sera mise à disposition le jour de l'examen mais tout autre source d'information est interdite (dia, exercices, notes manuscrites, livres, internet,...).
L'examen est prévu en salle informatique avec une durée de quatre heures.
L'examen est écrit (sur machine) en première session et pourra être un oral en seconde session.
Modalité d'évaluation arrêtée le 11/12/2020 : l'examen oral se déroulera en ligne.

Stage(s)

Remarques organisationnelles

Le cours est composé de 5 séances theoriques de 2h suivies chacune de 5 séances pratiques de 2h. Toutes les séances ont lieu dans la salle de Labo B (étage -1) du B22, sur les ordinateurs de la salle.

Contacts

Prof. Patrick Meyer Département des Sciences de la Vie
Bât. B22, local  3/03 Campus du Sart-Tilman  Chemin de la Vallée, 4 4000 Liège - Belgique
Tél: 04/366 3030 email:  patrick.meyer@uliege.be  
Assistant:
Damien Sirjacobs ( d.sirjacobs@uliege.be )