Traitement et analyse informatiques de données biologiques

Durée

25h Th

Nombre de crédits

Enseignant

Patrick Meyer

Langue(s) de l'unité d'enseignement

Langue française

Organisation et évaluation

Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier

Horaire

Horaire en ligne

Unités d'enseignement prérequises et corequises

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme

Contenus de l'unité d'enseignement

Dans différents domaines de la biologie, l'évolution des technologies aboutit à la production de jeux de données bruts de plus en plus volumineux. Le cours consistera en une découverte de l'utilisation d'outils informatiques et statistiques adaptés pour l'analyse de jeux de données biologiques.
Diverses notions seront revues par le biais d'exercices, depuis des notions générales (vecteurs et matrices, corrélation, test d'équivalence de moyenne) jusqu'à la mise en œuvre de solutions complètes d'analyses exigées par des problèmes particuliers.
Concrètement, le cours sera axé sur l'usage du langage R dont le professeur est un des contributeurs de paquetages officiels depuis 2008.

Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement

Réflexes et autonomie pratique nécessaires pour pouvoir aborder le traitement et l'analyse de jeux de données biologiques complexes avec le logiciel R, depuis le chargement de données à partir de différentes sources jusqu'à la synthèse de résultats statistiques et leur visualisation. Capacité à planifier les différentes étapes d'un processus d'analyse de données.

Savoirs et compétences prérequis

Les étudiants sont invités à revoir les bases qu'ils auraient déjà acquises dans les domaines suivants : statistique et programmation.

Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement

Mini-exposés théoriques et travaux pratiques sur ordinateur.

Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance)

Ce cours est principalement en présentiel.

Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours

Getting Started with R: An Introduction for Biologists (Oxford Biology 2012) by Andrew P. Beckerman and Owen L. Petchey

Modalités d'évaluation et critères

Les étudiants sont évalués à travers un examen essentiellement pratique, avec des questions similaires aux exercices vus pendant l'année. Quelques questions théoriques ou de réflexions peuvent aussi être ajoutées à l'examen pratique.
Une liste des noms de fonctions utilisées pendant l'année sera rendue disponible le jour de l'examen, mais toute autre source d'information sera interdite (diapositives du cours, résolution d'exercices, notes manuscrites, livres, internet,...).
L'examen est écrit (sur machine) en salle informatique et il dure quatre heures.
Un projet d'année individuel qui consiste à résoudre quelques exercices pratiques comptera pour -1 0 +1 (/20) dans la cote finale.

Stage(s)

Remarques organisationnelles

Toutes les séances se font sur ordinateur dans la salle de labo B (étage -1) du B22.

Contacts

Prof. Patrick Meyer Département des Sciences de la Vie
Bât. B22, local  3/03 Campus du Sart-Tilman  Chemin de la Vallée, 4 4000 Liège - Belgique
Tél: 04/366 3030 email:  patrick.meyer@ulg.ac.be(Patrick.Meyer@ulg.ac.be   )
Assistant:
Damien Sirjacobs ( d.sirjacobs@ulg.ac.be )

Adaptation des engagements pédagogiques suite à la pandémie de COVID-19 pour la session de mai-juin

Méthodes d'apprentissage mises en œuvre : enseignement à distance

Cours entièrement donné au Q1

Matière de l'évaluation

Méthodes d'évaluation

Contact

Adaptation des engagements pédagogiques suite à la pandémie de COVID-19 pour la session août-sept

Matière de l'évaluation

La matière d'examen reste la même qu'en première session (cad les 6 cours donnés au premier semestre)

Méthodes d'évaluation (et plateforme utilisée)

Les questions seront disponibles sur la plateforme ecampus. Elles sont tirées aléatoirement dans plusieurs ensembles de questions (de difficultés similaires). Plusieurs questions feront appel à du code R et la plateforme RStudio sera utilisée pour construire le code de sa réponse. La réponse devra être soumise à la fois via ecampus ainsi que via la plateforme RStudio (via un script type submit.sh). 
Le temps sera volontairement très limité. L'examen se fait en deux heures. 

Contact(s)

Prof. Patrick Meyer Département des Sciences de la Vie
Bât. B22, local  3/03 Campus du Sart-Tilman  Chemin de la Vallée, 4 4000 Liège - Belgique
Tél: 04/366 3030 email:  patrick.meyer@ulg.ac.be  
Assistant:
Damien Sirjacobs ( d.sirjacobs@ulg.ac.be )