Durée
5h Th, 20h TD
Nombre de crédits
| Master en bioinformatique et modélisation, à finalité | 2 crédits |
Enseignant
Langue(s) de l'unité d'enseignement
Langue anglaise
Organisation et évaluation
Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier
Horaire
Unités d'enseignement prérequises et corequises
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement
Le cours consistera en une découverte de l'utilisation d'outils informatiques et statistiques adaptés pour l'analyse de sets de données biologiques.
Diverses notions seront revues par le biais d'exercices, depuis des notions générales (vecteurs et matrices, tests de normalité, test d'équivalence) jusqu'à la mise en œuvre de solutions complètes d'analyse exigées par des problèmes particuliers.
Concrètement, le cours sera axé sur l'usage du langage R et ses divers paquets logiciels.
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement
Réflexes et autonomie pratique nécessaires pour pouvoir aborder le traitement et l'analyse de sets de données biologiques complexes avec le logiciel R, depuis la compilation de données à partir de différentes sources jusqu'à la synthèse de résultats statistiques et leur visualisation. Capacité à planifier les différentes étapes d'un processus d'analyse de données.
Savoirs et compétences prérequis
Les étudiants sont invités à revoir les bases qu'ils auraient déjà acquises dans les domaines suivants : statistique et programmation.
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement
Mini-exposés théoriques, démonstrations et exercices pas à pas, travaux pratiques sur ordinateur avec défis à résoudre et exercices autonome.
Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance)
Ce cours est entièrement donné sous forme de vidéo theorique et pratique
Ce cours sera donné en anglais.
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours
Les exercices et dapositives du cours (en pdf) sont mises en ligne avant chaque cours, à l'adresse web indiquée dans l'onglet support du cours.
Modalités d'évaluation et critères
L'évaluation de ce cours se fait sur un examen écrit. Des petits devoirs pourront contribuer à la côte.
Stage(s)
Remarques organisationnelles
L'emploi d'un ordinateur portable est nécessaire à toutes les séances pour le suivi de démonstrations et la réalisation d'exercices de programmation personnels.
Le logiciel gratuit RStudio desktop y sera installé.
Contacts
Prof. Patrick Meyer Institut de Botanique B22 (P70) homepage.meyerp.com/contact
Adaptation des engagements pédagogiques suite à la pandémie de COVID-19 pour la session de mai-juin
Méthodes d'apprentissage mises en œuvre : enseignement à distance
Cours donné au Q1 - pas concerné par la session mai-juin
Matière de l'évaluation
Méthodes d'évaluation
Contact
Adaptation des engagements pédagogiques suite à la pandémie de COVID-19 pour la session août-sept
Matière de l'évaluation
La matière d'examen reste la même qu'en première session (cad les 6 cours donnés au premier semestre)
Méthodes d'évaluation (et plateforme utilisée)
Les questions seront disponibles sur la plateforme ecampus. Elles sont tirées aléatoirement dans plusieurs ensembles de questions (de difficultés similaires). Plusieurs questions feront appel à du code R et la plateforme RStudio sera utilisée pour construire le code de sa réponse. La réponse devra être soumise à la fois via ecampus ainsi que via la plateforme RStudio (via un script type submit.sh).
Le temps sera volontairement très limité. L'examen se fait en deux heures.
Contact(s)
Prof. Patrick Meyer
Département des Sciences de la Vie
Bât. B22, local 3/03
Campus du Sart-Tilman
Chemin de la Vallée, 4
4000 Liège - Belgique
Tél: 04/366 3030
email: patrick.meyer@ulg.ac.be
Assistant:
Damien Sirjacobs ( d.sirjacobs@ulg.ac.be )