Eléments de bioinformatique

Durée

10h Th, 10h Pr

Nombre de crédits

Enseignant

Olivier Peulen

Langue(s) de l'unité d'enseignement

Langue française

Organisation et évaluation

Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier

Horaire

Horaire en ligne

Unités d'enseignement prérequises et corequises

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme

Contenus de l'unité d'enseignement

Ce cours décrit les avancées de la bioinformatique au XXIème siècle. Les bases de données génomiques et protéomiques seront décrites. La recherche de séquences dans les bases de données sera expliquée. Certains algorithmes de détection d'exons seront exposés. Les notions de distances, de similitudes et d'homologie seront introduites. Les méthodes de dot-plots, d'alignement (par paires ou multiple) de séquences, de détection de séquences consensus et de "design" d'oligonucléotides destinés à la PCR seront introduites. Un chapitre sera consacré à la phylogénétique.
Contenu :
- Introduction et scénario
- Outils informatiques
- Constituants cellulaires et bioinformatique
- Dot-plots
- Homologie, distance et similarité
- Alignements par paires
- Matrices de substitutions
- Alignements multiples
- FASTA
- BLAST
- Phylogénie moléculaire
- Génomique et détection de séquences codantes
- Prédiction de structures
- Bases de données
- Genbank
- Travaux Pratiques

Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement

L'étudiant devrait être capable d'utiliser les logiciels de base de la bioinformatique disponible sur le WWW et de comprendre les mécanismes sur lesquels ils sont basés. Cet apprentissage lui permettra de cerner les limites de chaque procédure.

Savoirs et compétences prérequis

Connaissance basique du Web.
Cours de statistique et de probabilité

Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement

Séance d'introduction pratique à l'utilisation des ressources Bioinformatiques du Web: Genbank, Swissprot, PDB, BLAST, primer3, ...

Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance)

Le cours sera donné lors de la 1ère Maîtrise à raison de 2 heures par semaine pendant 5 semaines.

Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours

Les notes de cours seront déposées sur MyULg. Les fichiers powerpoint seront déposés sur My ULg.

Modalités d'évaluation et critères

Examen oral

Stage(s)

Remarques organisationnelles

Livre de références :
1) Fundamental concepts of bioinformatics, Dan E. Krane & Michael L. Raymer, Benjamin Cummings Editor (2003)
2) Introduction to Bioinformatics, Arthur M. Lesk, Oxford University Press (2002)

Contacts

Olivier Peulen Laboratoire de Recherche sur les Métastases CHU - Tour de Pathologie B23 Tél: 04/366.37.92 E-mail: Olivier.Peulen@uliege.be

Adaptation des engagements pédagogiques suite à la pandémie de COVID-19 pour la session de mai-juin

Méthodes d'apprentissage mises en œuvre : enseignement à distance

Matière de l'évaluation

Méthodes d'évaluation

Contact

Adaptation des engagements pédagogiques suite à la pandémie de COVID-19 pour la session août-sept

Matière de l'évaluation

Matière délivrée pendant les cours.

Méthodes d'évaluation (et plateforme utilisée)

Examen oral par visioconférence

Contact(s)

olivier.peulen@uliege.be