Durée
15h Th, 15h TD
Nombre de crédits
| Master en bioinformatique et modélisation, à finalité | 3 crédits | |||
| Master en biologie des organismes et écologie, à finalité | 3 crédits |
Enseignant
Coordinateur(s)
Langue(s) de l'unité d'enseignement
Langue anglaise
Organisation et évaluation
Enseignement au deuxième quadrimestre
Horaire
Unités d'enseignement prérequises et corequises
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement
Les modèles mathématiques sont essentiels pour comprendre comment les systèmes biologiques intéragissent . Ce cours est centré sur la modélisation dynamique de systèmes écologiques et génétiques. Ce cours est accessible à un public de biologistes. On parlera de la philosophie de modélisation, des concepts et outils de base d'analyse des systèmes. Ensuite les étudiants apprendront à formuler des equations, à utiliser les formalismes appropriés pour la modélisation dynamique (ex. état d'équilibre, interactions proie-predateur, compétition entre espèces,...) et jusqu'à l'analyse des solutions dans le plan de phase.
Ce cours implique des exercices pratiques en R avec des exemples provenant de systèmes écologiques et de régulation de gènes.
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement
L'objectif du cours est de comprendre les principes de base de la modélisation dynamique, jusqu'a pouvoir modéliser et simuler soi-même des modèles simples.
Savoirs et compétences prérequis
Savoir programmer en R devrait déjà avoir été acquis pour ce cours (par exemple avec le cours de STAT0077 ou INFO0956 d'analyse de données biologiques)
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement
Une bonne partie du cours consistera à implémenter des exemples simples pour se familiariser avec l'implémentation de modèles.
Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance)
Cours en présentiel, exercices en classes, exercices à faire par soi-même
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours
A Practical guide to Ecological Modelling, Using R as a simulation Platform. Soetaert and Herman, 2009.
Ecological Dynamics, Gurney and Nisbet, 1998.
Modalités d'évaluation et critères
Examen écrit avec des exercices pratiques et des questions théoriques
Stage(s)
Remarques organisationnelles
Contacts
Prof. Patrick Meyer,
BioSys Lab
e-mail: Patrick.Meyer@uliege.be
tel : 04366 3030
******************
Dr. Marilaure Grégoire,
MAST, ULg
e-mail : mgregoire@uliege.be
tel : 04366 3354
Adaptation des engagements pédagogiques suite à la pandémie de COVID-19 pour la session de mai-juin
Méthodes d'apprentissage mises en œuvre : enseignement à distance
Matière de l'évaluation
Part Marilaure Grégoire: the content and type of exams will be that discussed during the last lecture. You will have to implement a simple ecological model in a pre-defined R file (as shown during the last lecture). In addition, some open questions on the theory will also be asked.
Part Patrick Meyer: A homework based on the online lecture will have to be done.
Méthodes d'évaluation
Part Marilaure Grégoire: Written distance examination organized via the platform e-Campus. You will have to do the exam online on the BIOServer in a pre-defined time.
Part Patrick Meyer: Homework that will be evaluated.
Contact
Marilaure Grégoire: mgregoire@uliege.be
Patrick Meyer: Patrick.Meyer@ulg.ac.be
Adaptation des engagements pédagogiques suite à la pandémie de COVID-19 pour la session août-sept
Matière de l'évaluation
L'examen sera un examen écrit à distance. La matière et le type d'examen seront semblables à celui de janvier.
Méthodes d'évaluation (et plateforme utilisée)
L'examen sera un examen écrit à distance. La matière et le type d'examen seront semblables à celui de janvier.