Durée
10h Th, 30h TD
Nombre de crédits
| Master en bioinformatique et modélisation, à finalité | 4 crédits |
Enseignant
Coordinateur(s)
Langue(s) de l'unité d'enseignement
Langue anglaise
Organisation et évaluation
Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier
Horaire
Unités d'enseignement prérequises et corequises
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement
Les technologies de séquençage à haut débit ont révolutionné la Biologie. L'analyse des données qu'elles génèrent nécessite la mise en œuvre d'outils bioinformatiques et l'utilisation d'ordinateurs très performants.
Ce cours propose une approche pratique pour illustrer les concepts et outils d'analyse de données génomiques. Il est composé de différents modules :
- Module 1. Assemblage d'un génome
- Module 2. Introduction à l'utilisation d'ordinateurs de haute performance (HPC)
- Module 3. Introduction à la rédaction de rapports en Markdown
- Module 4. Analyse de données RNA-Seq
- Module 5. Analyse des variations de séquences génomiques
- Module 6. Analyse de données métagénétiques
- Module 7. Analyses phylogénétiques
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement
Au terme du cours, les étudiants auront acquis des connaissances pratiques de base pour l'analyse de données de séquençage à haut débit. Le cours implique une utilisation intense de la ligne de commande, l'interaction avec un cluster de calcul et la mise en œuvre de pipelines d'analyse populaires.
Savoirs et compétences prérequis
Les notions de génomique (GENE0003-1) et de bioinformatique (BIOL0008-1) acquises à l'issue du bloc 1 du Master BBMC ou BIM sont requises pour aborder le cours. De même, les aptitudes pratiques relevant du cours INFO0953-1 (Scripting interfaces for biological software and databases) sont également requises.
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement
Chaque module fait l'objet d'une brève introduction théorique, avant la mise en pratique des objectifs sur ordinateur dans une salle informatique.
Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance)
Les modules 1 à 3 sont organisés en présentiel. Pour les modules 4 à 7, les étudiants travaillent de manière indépendante et une réunion d'1 h par semaine est prévue avec les enseignants pour discuter de l'avancée des travaux et des problèmes rencontrés.
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours
Les notes de cours, les présentations PowerPoint et les jeux de données à analyser sont mis à disposition des étudiants via myULiège.
Modalités d'évaluation et critères
Les analyses menées dans les modules 4 à 7 font l'objet d'un rapport écrit résumant les objectifs, les analyses mises en œuvre et les résultats, en utilisant les technologies Markdown.
Stage(s)
Remarques organisationnelles
Le cours est donné en anglais. Le matériel est rédigé en anglais.
ATTENTION : Chaque étudiant de M-BIM doit se munir d'un ordinateur portable sur lequel il doit être possible d'installer un système Linux (type Ubuntu 18.04). Les machines virtuelles dans VirtualBox ne sont pas une solution fiable. Par contre, un dual-boot avec Windows est possible. Les doctorants peuvent pour leur part recourir à VirtualBox.
Contacts
Prof. Denis Baurain
Institut de Botanique B22 (P70)
denis.baurain@uliege.be
Dr. Marc Hanikenne
Institut de Botanique B22 (P70)
marc.hanikenne@uliege.be
Assistant: Dr. Damien Sirjacobs
Institut de Botanique B22 (P70)
04/366.38.54
D.Sirjacobs@uliege.be
Adaptation des engagements pédagogiques suite à la pandémie de COVID-19 pour la session de mai-juin
Méthodes d'apprentissage mises en œuvre : enseignement à distance
Matière de l'évaluation
Méthodes d'évaluation
Contact
Adaptation des engagements pédagogiques suite à la pandémie de COVID-19 pour la session août-sept
Matière de l'évaluation
Méthodes d'évaluation (et plateforme utilisée)
Les étudiants qui n'ont pas soumis leurs rapports (voir ci-dessus) dans les délais pour la première session devront les communiquer par email avant la fin du mois d'août.