Microbiologie

Partim 1 : Phycologie et mycologie

[MISE-A-JOUR EN 2018] Un cours introductif (1h30) présente l'organisation à grande échelle du Vivant et fait prendre conscience de la diversité insoupçonnée des "protistes" (microbes eucaryotiques), en ce compris les "algues" et les "champignons". Les messages importants de cette première leçon sont l'utilité d'une classification naturelle et l'inadéquation des dénominations traditionnelles.
Les 10 cours suivants brossent un panorama des différents groupes d'algues (dont les cyanobactéries) et de champignons (au-delà des Fungi sensu stricto) en les replaçant dans leur contexte évolutif tel que déduit de la phylogénie moléculaire. Pour chaque groupe, une série d'espèces représentatives sont discutées plus en détail.
Le programme approximatif de ces 10 cours est détaillé ci-dessous.
2. Présentation des caractères biochimiques et ultrastructuraux dont la variation au sein des grands groupes d'algues fait que, sous une morphologie souvent simple, ces organismes montrent une bien plus grande diversité d'organisation cellulaire que les animaux ou les végétaux terrestres.
3. Introduction au mode de vie des champignons.
4. Présentation des algues bleues, que leur nature procaryotique met dans une position phylogénétique particulière (cyanobactéries), mais dont le rôle écologique est similaire à celui des autres algues. Principaux thèmes : rôle dans les écosystèmes actuels, fixation de l'azote, toxines et évolution morphologique.
5-8. Présentation des algues eucaryotiques, surtout les algues rouges, vertes et brunes, ainsi que les principales algues planctoniques (par ex. dinoflagellés, diatomées). Principaux thèmes : évolution des eucaryotes (origine, perte ou gain de chloroplaste, origine des plantes terrestres), rôle écologique et économique (mucilages) des algues benthiques, production primaire, rôle trophique et blooms toxiques chez les groupes planctoniques, symbioses des dinoflagellés.
9. Présentation des ascomycètes. Parmi ceux-ci, un accent particulier est mis sur les levures comme outil technologique et scientifique (petits génomes complètement séquencés, transformations, fermentations). Autres thèmes : les parasites et les symbiontes (lichens), les mycotoxines et les antibiotiques.
10. Présentation des basidiomycètes en insistant sur leur rôle en tant que symbiontes mycorhiziens ou que destructeurs du bois (rôle écologique, nuisance pour le bois d'oeuvre, potentialité biotechnologique de la capacité à métaboliser la lignine).
11. [Si le temps le permet...] Présentation des autres groupes de champignons en insistant sur les Mucorales (moisissures) et les Glomales (endomycorhizes), les mildious (rôles économique et historique) et Dictyostelium (outil de la biologie moléculaire).
Les travaux pratiques sont basés sur la récolte dans les environs de l'Institut de Botanique de champignons qui sont ensuite observés au laboratoire. Des essais de mise en culture sont effectués. Il en va de même pour les algues qui sont récoltées dans l'étang de l'institut et également observées en culture.

Partim 2 : Bactériologie

Chapitre I : La cellule bactérienne : architecture et composition Chapitre II : Biosynthèse et assemblage des enveloppes bactériennes Chapitre III : La croissance bactérienne Chapitre IV : Nutrition Chapitre V : Métabolisme Chapitre VI : Le contrôle de la croissance bactérienne Chapitre VII : Les antibiotiques

Partim 1 : Phycologie et mycologie

Les objectifs du partim sont au nombre de quatre :

• Se familiariser avec les principaux groupes d'organismes traditionnellement qualifiés d'algues et de champignons.
• Comprendre leur position dans la diversité du Vivant et maîtriser les bases de leur classification.
• Faire connaissance avec une série d'organismes représentatifs de ces groupes et présentant un intérêt évolutif, écologique, médical, expérimental ou industriel.
• S'essayer à l'observation et à l'identification de quelques espèces vivant aux alentours du Sart Tilman.

Partim 2 : Bactériologie

Obtenir une vue générale de la cellule bactérienne, de ses structures et de sa physiologie. Comprendre et maîtriser le contrôle de la croissance bactérienne par des agents physiques et chimiques

Partim 1 : Phycologie et mycologie

Un minimum de connaissances de biologie générale et de biochimie.

Partim 2 : Bactériologie

Un minimum de connaissances de biologie et de biochimie

Partim 1 : Phycologie et mycologie

Les travaux pratiques comprennent 4 demi-journées (algues 2, champignons 2) dans les laboratoires du niveau -1 de l'Institut de Botanique B22 au Sart Tilman. Le matériel frais est récolté aux alentours du bâtiment, situé près de la forêt, en début de séance. Certaines manipulations des travaux pratiques seront communes avec le cours de bactériologie.

Partim 2 : Bactériologie

Les travaux pratiques sont obligatoires et comprennent trois demi-journées de travail individuel avec un rapport final qui sera évalué

Partim 1 : Phycologie et mycologie

Il est utile d'assister au cours car celui-ci est interactif, ce qui aide à s'approprier la matière. De plus, il s'appuie sur la présentation d'un grand nombre d'illustrations originales.
Pour les travaux pratiques, se munir de papier A4, crayon et gomme et d'une loupe 10 à 15x.

Partim 2 : Bactériologie

Présentiel

Partim 1 : Phycologie et mycologie

Les présentations PowerPoint seront mises à disposition des étudiants au plus tard à l'issue de chaque cours théorique. Un résumé "à trous" sera en outre distribué au début de chaque séance.

Partim 2 : Bactériologie

Des notes de cours seront données au début de l'année. Les diaporamas présentés seront mis à la disposition des étudiants.
Livres de référence :
Prescott L.M. Harley J.P. and Klein D.A. Microbiologie . De Boeck-Wesmael S.A. Bruxelles
Madigan M.F., Martinko J.M., Parker J. Brock Biology of Microorganisms. Prentice Hall International Inc., Londres

Partim 1 : Phycologie et mycologie

La note finale se compose pour 25% des notes des travaux pratiques de l'année et pour 75% de la note de l'examen écrit (QCM). Quand ce partim est pris conjointement avec le partim 2 Bactériologie, il faut obtenir une note d'au moins 8/20 dans chaque partim pour valider le cours (une moyenne arithmétique de 10/20 ne suffit pas).

Partim 2 : Bactériologie

Examen écrit en janvier et oral en septembre

Partim 1 : Phycologie et mycologie

La prise de notes sur un ordinateur portable ou une tablette est autorisée. Les étudiants sont néanmoins encouragés à ne pas "surfer" ni "chatter" au cours.

Partim 2 : Bactériologie

Il est important de noter que comme pour l'autre partim, une note de 8/20 est indispensable pour que l'ensemble du cours puisse être réussi.

Partim 1 : Phycologie et mycologie

Prof. Denis Baurain Institut de Botanique B22 (P70) denis.baurain@uliege.be
Assistant: Dr. Damien Sirjacobs Institut de Botanique B22 (P70) 04/366.38.54 D.Sirjacobs@uliege.be

Partim 2 : Bactériologie

Bernard Joris, Chargé de coursInstitut de Chimie B6a Bureau 1.50b E-mail : bjoris@ulg.ac.be