Durée
30h Th, 30h TD
Nombre de crédits
| Master en biochimie et biologie moléculaire et cellulaire, à finalité | 6 crédits |
Enseignant
Coordinateur(s)
Langue(s) de l'unité d'enseignement
Langue française
Organisation et évaluation
Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier
Unités d'enseignement prérequises et corequises
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement
1. Linux
- environnement UNIX (Bio-Linux)
- fichiers en mode texte et formats de fichiers
- propriétés de la ligne de commande (jokers, variables, boucles, historique...)
- interpréteur de commandes bash
- Perl basique et Modern Perl
- Perl orienté objet avec Moose
- Markdown / pandoc / LaTeX (XeTeX) / Zotero
- gestion de version avec git
- programmation web (HTML/CSS/JS/PHP)
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement
Ce cours est le premier de trois cours -- "Introduction à la programmation sous Linux" [INFO0097-2], "Introduction aux bases de données pour la biologie" [INFO0099-2], "Introduction aux algorithmes pour la bioinformatique" [INFO0094-3] -- dispensés par le même enseignant dans le cadre de la finalité spécialisée en bioinformatique du M2-BBMC. Le cours "Introduction à l'analyse de données biologiques" [INFO0115-2] du Prof. Patrick Meyer participe aux mêmes buts.
A l'issue de cette série de cours, les étudiants seront capables d'utiliser l'ordinateur comme un instrument scientifique. Plus spécifiquement, ils auront été formés aux objectifs suivants :
1. Design expérimental
- comment choisir les contrôles adéquats
- comment raisonner dans un cadre statistique
- comment lancer de grandes séries d'analyses
- comment exploiter la puissance des grilles de calcul
- comment automatiser l'analyse des fichiers de sortie
- comment générer des graphes informatifs mais jolis
- comment tirer des conclusions statistiquement fondées
- comment documenter les protocoles expérimentaux
- comment réorganiser une série d'analyses a posteriori
- comment gérer les multiples versions des jeux de données, des programmes utilisés et des résultats générés
Savoirs et compétences prérequis
Ce cours fait partie d'une finalité spécialisée en bioinformatique. S'il ne suppose aucune connaissance particulière en informatique, il s'appuie néanmoins sur les cours de Génomique [GENE0003-1] et de Bioinformatique [BIOL0008-1] du M1-BBMC.
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement
- mini-exposés théoriques
- défis à résoudre
- travaux pratiques sur ordinateur
- autoformation (manuels et tutoriels en ligne)
Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance)
Ce cours est partiellement en présentiel, mais son approche par problèmes nécessitera du travail en dehors de la salle de classe.
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours
Modalités d'évaluation et critères
L'évaluation de ce cours se basera à la fois sur le travail réalisé pendant l'année académique et sur le développement d'un projet personnel, en principe distinct du mémoire de Master.
Stage(s)
Remarques organisationnelles
La prise de notes sur un ordinateur portable ou une tablette est autorisée. Les étudiants sont néanmoins encouragés à ne pas "surfer" ni "chatter" au cours.
Contacts
Prof. Denis Baurain
Institut de Botanique B22 (P70)
denis.baurain@ulg.ac.be
Dr. Pierre Tocquin
Institut de Botanique B22 (P70)
ptocquin@ulg.ac.be
Assistant: Dr. Damien Sirjacobs
Institut de Botanique B22 (P70)
04/366.38.54
D.Sirjacobs@ulg.ac.be