Introduction aux bases de données pour la biologie

Durée

20h Th, 30h TD

Nombre de crédits

Enseignant

Denis Baurain

Langue(s) de l'unité d'enseignement

Langue française

Organisation et évaluation

Enseignement au deuxième quadrimestre

Unités d'enseignement prérequises et corequises

Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme

Contenus de l'unité d'enseignement

• raisonnement ensembliste
• le Modèle Entité-Association
• le Modèle Relationnel
• normalisation
• SQL (MySQL)
• fouille de données et traitement analytique en ligne (OLAP)
• bases de données biologiques

Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement

Ce cours est le deuxième de trois cours -- "Introduction à la programmation sous Linux" [INFO0097-2], "Introduction aux bases de données pour la biologie" [INFO0099-3], "Introduction aux algorithmes pour la bioinformatique" [INFO0094-3] -- dispensés par le même enseignant dans le cadre de la finalité spécialisée en bioinformatique du M2-BBMC. Le cours "Introduction à l'analyse de données biologiques" [INFO0115-2] du Prof. Patrick Meyer participe aux mêmes buts. A l'issue de cette série de cours, les étudiants seront capables d'utiliser l'ordinateur comme un instrument scientifique. Plus spécifiquement, ils auront été formés aux objectifs suivants : 1. Design expérimental

• comment choisir les contrôles adéquats
• comment raisonner dans un cadre statistique

• comment lancer de grandes séries d'analyses
• comment exploiter la puissance des grilles de calcul

• comment automatiser l'analyse des fichiers de sortie
• comment générer des graphes informatifs mais jolis
• comment tirer des conclusions statistiquement fondées

• comment documenter les protocoles expérimentaux
• comment réorganiser une série d'analyses a posteriori
• comment gérer les multiples versions des jeux de données, des programmes utilisés et des résultats générés

Savoirs et compétences prérequis

Ce cours fait partie d'une finalité spécialisée en bioinformatique. S'il ne suppose aucune connaissance particulière en informatique, il s'appuie néanmoins sur les cours de Génomique [GENE0003-1] et de Bioinformatique [BIOL0008-1] du M1-BBMC.

Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement

• mini-exposés théoriques
• défis à résoudre
• travaux pratiques sur ordinateur
• autoformation (manuels et tutoriels en ligne)

Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance)

Ce cours est partiellement en présentiel, mais son approche par problèmes nécessitera du travail en dehors de la salle de classe.

Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours

Modalités d'évaluation et critères

L'évaluation de ce cours se basera à la fois sur le travail réalisé pendant l'année académique et sur le développement d'un projet personnel, en principe distinct du mémoire de Master.

Stage(s)

Remarques organisationnelles

La prise de notes sur un ordinateur portable ou une tablette est autorisée. Les étudiants sont néanmoins encouragés à ne pas "surfer" ni "chatter" au cours.

Contacts

Prof. Denis Baurain Institut de Botanique B22 (P70) denis.baurain@ulg.ac.be
Assistant: Dr. Damien Sirjacobs Institut de Botanique B22 (P70) 04/366.38.54 D.Sirjacobs@ulg.ac.be