Durée
25h Th, 25h Pr
Nombre de crédits
| Master en biochimie et biologie moléculaire et cellulaire, à finalité | 5 crédits |
Enseignant
Coordinateur(s)
Langue(s) de l'unité d'enseignement
Langue française
Organisation et évaluation
Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier
Unités d'enseignement prérequises et corequises
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement
Objectifs et programme : Les objectifs de cette semaine thématique sont d'apporter
1) les outils nécessaires pour la visualisation et l'analyse des macromolécules biologiques,
2) un aperçu des méthodes de modélisation des protéines : modélisation par homologie, modélisation ab initio, protéines et ligands, méthodes de docking, etc...
Cette semaine comprend six intervenants sous forme de plusieurs modules:Paulette Charlier : Rappel sur la structure des Protéines (si besoin est...), Introduction à la Protein Data Bank et description d'un fichier PDB, Introduction au programme de visualisation Pymol et TPs sur son utilisation,
Laurence Lins : De la séquence à la structure des protéines - analyses des séquences, prédiction des structures secondaires et tertiaires - Modélisation ab initio
Eric Sauvage : Modélisation par homologie - Introduction au programme Yasara et TP sur son utilisation
Cédric Bauvois : Présentation et description du logiciel deepview et TPs sur son utilisation
Johan Wouters : Interactions Protéine- Ligands - Principes du docking - Introduction aux logiciels ReliBase, IsoStar et GOLD
Frédéric Kerff : Interactions Protéine- Ligands - Introduction au logiciel AUTODOCK - Introduction aux méthodes de Fragment Base Screening et Virtual Screening.
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement
Savoirs et compétences prérequis
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement
Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance)
Présentiel
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours
Copie des diaporamas power-point projetés. Références pour livres et logiciels utilisés.
Modalités d'évaluation et critères
Les étudiants devront choisir un article et le présenter sous forme de séminaire.
Etude d'un cas pratique
Les modalités de l'exercice seront définies entre les titulaires et les étudiants.
Stage(s)
Remarques organisationnelles
5 jours de 10:00h-13h00 et 14:00h-17h00
Contacts
Paulette Charlier, PhD, Chargé de Cours
Cristallographie des macromolécules biologiques, Centre d'Ingénierie des Protéines, Département des Sciences de la Vie, Université de Liège, Institut de Physique, B5a, B-4000 Liège, Belgium
Tel: +32 (0)4 366 36 19
Fax: +32 (0)4 366 49 54
E-mail : paulette.charlier@ulg.ac.be
http://www.cip.ulg.ac.be
Dr Frédéric Kerff- Tél. 04/366.36.20 - E-mail : fkerff@ulg.ac.be
Dr Eric Sauvage - Tél. 04/366.36.20 - E-mail : eric.sauvage@ulg.ac.be
Dr Laurence Lins - Tél. 081/622534 - E-mail : L.Lins@ulg.ac.be
Prof Johan Wouters - Tél. 081/724 550 - E-mail : johan.wouters@unamur.be
Dr Cédric Bauvois - Tél. 02/5273634 - E-mail : Cedric.Bauvois@ulb.ac.be