Programme des cours 2016-2017
ATTENTION : version 2015-2016 de l'engagement pédagogique
VEGE0032-1  
Biotechnologies végétales
  • Biotechnologies végétales moléculaires
  • Exercice de biotechnologies végétales
  • Biotechnologie appliquée à la lutte contre les ravageurs
  • Biotechnologie appliquée à la phytopathologie
Durée :
Biotechnologies végétales moléculaires : 12h Th, 6h Pr
Exercice de biotechnologies végétales : 18h Pr
Biotechnologie appliquée à la lutte contre les ravageurs : 9h Th, 9h Pr
Biotechnologie appliquée à la phytopathologie : 4h Th, 14h Pr
Nombre de crédits :
Master en bioingénieur sciences agronomiques, à finalité6
Nom du professeur :
Biotechnologies végétales moléculaires : Pierre Delaplace, Patrick du Jardin
Exercice de biotechnologies végétales : Pierre Delaplace
Biotechnologie appliquée à la lutte contre les ravageurs : Frédéric Francis
Biotechnologie appliquée à la phytopathologie : Sébastien Massart
Coordinateur(s) :
Patrick du Jardin
Langue(s) de l'unité d'enseignement :
Langue française
Unités d'enseignement prérequises et corequises :
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement :
Biotechnologies végétales moléculaires
  • Modification génétique des plantes : méthodes, techniques, applications
  • Nouvelles approches de modification ciblée des génomes et leurs applications potentielles
  • Génomique : méthodes et techniques d'étude de la structure et des fonctions des génomes des plantes supérieures
  • Génétique directe - du phénotype au génotype - et génétique inverse - du génotype au phénotype-  : contributions des approches moléculaires
  • L'utilisation des plantes modèles en vue de la compréhension de la physiologie des plantes cultivées
Exercice de biotechnologies végétales
Ce cours vise à illustrer l'utilisation des biotechnologies végétales dans un contexte expérimental réaliste. Pour ce faire, différentes étapes seront réalisées par les étudiants afin de répondre à une question scientifique délivrée en début d'apprentissage :
- choix des outils biotechnologiques ; - établissement d'un plan expérimental sur base de l'état de l'art ; - réalisation de l'expérimentation ; - collecte et analyse des données ; - présentation didactique de ces dernières.
Il s'agit donc d'un cours essentiellement pratique, reposant sur un travail coordonné à l'échelle du groupe d'étudiants suivant cet enseignement. Il permettra aux étudiants d'appréhender concrètement une expérimentation tout en les menant à poser des choix raisonnés lors de chacune de ces étapes.
Biotechnologie appliquée à la lutte contre les ravageurs
Application des approches « omiques » dans les relations plantes - ravageurs Applications biotechnologiques dans contrôle des ravageurs par agents microbiologiques (bactéries, virus, champignons entimopathogènes): bases théoriques des modes d'actions ainsi que les méthodes de production de ces bio-insecticides
Application de la transgénèse et diversité des OGM dans le cadre de la lutte contre les ravageurs
Biotechnologie appliquée à la phytopathologie
Cet enseignement, basé sur une évaluation permanente et l'absence d'examen en session, repose sur des applications pratiques des biotechnologies au travers de la planification, la réalisation et l'analyse technique et financière d'analyse au laboratoire (TP labo) ainsi que le témoignage de doctorants utilisant les biotechnologies.
  • Aperçu général des biotechnologies et de leur impact en phytopathologie,
  • Mise en situation réelle en tant que responsable d'un laboratoire de diagnostic: sélection d'une biotechnologie et validation pour un laboratoire de diagnostic ou de contrôle qualité, application de cette technologie au laboratoire dans un cadre d'assurance qualité, reporting des résultats, étude comparative du coût et notion de rentabilité de l'application des biotechnologies
  • Introduction à un des « hypes » biotechnologiques actuels (séquençage haut-débit)
  • Réalisation d'une analyse bioinformatique comparative sur des données de NGS pour le diagnostic de virus
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement :
Biotechnologies végétales moléculaires
  • Comprendre ce que peut réaliser la technologie de modification génétique des plantes
  • Situer l'outil OGM dans ses applications actuelles, en développement et potentielles
  • Comprendre les enjeux et perspectives liés à de nouveaux outils de modification génétique ciblée des génomes de plantes supérieures.
  • Situer les outils de la génomique dans l'étude de questions biologiques
  • Situer l'intérêt du séquençage et de l'annotation des génomes de plantes
  • Distinguer une approche génétique directe ou réverse
  • Situer l'intérêt des organismes modèles
  • Comprendre les apports et les limites des outils d'étude "à haut débit" de l'expression d'un génome, au niveau transcriptomique et protéomique (intégrer les contraintes techniques et financières, illustrer l'utilisation de techniques de traitement statistique adaptées à de grands jeux de données d'expression)
Exercice de biotechnologies végétales
- Utiliser certains outils des biotechnologies végétales pour répondre à une question scientifique ;
- Intégrer les éléments d'une démarche scientifique dans un plan expérimental ;
- Concevoir une expérimentation en laboratoire et la réaliser ;
- Travailler en groupe de façon coordonnée ;
- Interpréter les données biologiques obtenues ;
- Transmettre cette information à l'ensemble du groupe d'étudiants une fois celle-ci formatée et comprise.
Biotechnologie appliquée à la lutte contre les ravageurs
Face à la nécessité de contrôler les ravageurs et de développer des alternatives de lutte plus durables, il s'agit pour l'étudiant d'appréhender la diversité des organismes et approches à disposition sur base de l'application des biotechnologies et des modèles de ravageurs ciblés.
Biotechnologie appliquée à la phytopathologie
  • Sélectionner adéquatement une biotechnologie en fonction de la solution à apporter à un problème phytopathologique (et biologique en général)
  • Développer une démarche multi-disciplinaire et transversale autour des biotechnologique en intégrant les composantes scientifiques, techniques, d'assurance qualité, réglementaire et financière.
  • Travailler dans une démarche d'assurance qualité
  • Apprivoiser les technologies de séquençage haut-débit et leur analyse bioinformatique
Savoirs et compétences prérequis :
Biotechnologies végétales moléculaires
Cours de base en Génétique et en Biologie moléculaire
Exercice de biotechnologies végétales
VEGE0032-A-a
Biotechnologie appliquée à la phytopathologie
Cours de base en biologie moléculaire, en génétique et en phytopathologie
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement :
Biotechnologies végétales moléculaires
  • Cours ex cathedra
  • Lecture d'articles scientifiques et présentation devant la classe
Exercice de biotechnologies végétales
Cours ex cathedra : 2,5 h Travaux pratiques : 11,5 h Restitution sous forme de séminaire (dont préparation) : 4 h
Biotechnologie appliquée à la lutte contre les ravageurs
A côté de cours théoriques présentant les bases et les modes d'action des approches biotechnologiques proposées, des travaux pratiques sont organisés afin de mettre en oeuvre des approches "omiques" au laboratoire sur base d'une question scientifique liée aux ravageurs.
Biotechnologie appliquée à la phytopathologie
  • 1h cours ex-catedra
  • 2h témoignages de doctorants
  • 3h préparation d'analyse de diagnostic au laboratoire
  • 8h Analyses au laboratoire
  • 2h analyse financière
  • 5h analyse bioinformatique de données de séquençage haut-débit
Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance) :
Biotechnologies végétales moléculaires
Présentiel
Exercice de biotechnologies végétales
Présentiel
Biotechnologie appliquée à la lutte contre les ravageurs
Cours théoriques en auditoire Travaux pratiques de groupe au laboratoire
Biotechnologie appliquée à la phytopathologie
Présentiel
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours :
Biotechnologies végétales moléculaires
  • Portfolio de lectures communiqué via la plateforme en ligne du cours
  • Diaporamas de toutes les leçons communiqués via la plateforme en ligne
Exercice de biotechnologies végétales
slides, textes et articles mis à disposition en ligne sur Blackboard.
Modalités d'évaluation et critères :
Biotechnologies végétales moléculaires
L'évaluation de ce cours est basée uniquement sur la réalisation d'un travail personnel (présentation d'articles).
Exercice de biotechnologies végétales
L'évaluation du cours sera uniquement basée sur la travail individuel du quadrimestre.
Biotechnologie appliquée à la lutte contre les ravageurs
Examen oral (50%) Rapport de travaux pratiques (50%)
Biotechnologie appliquée à la phytopathologie
Une évaluation continue est réalisée tout au long de la mise en situation. Il n'y a pas d'examen en session.


L'évaluation est réalisée comme suit (25% chaque point):
1. Planification d'analyses au laboratoire
Sélection étayée et justifiée du pathogène à cibler et de la (des) techniques de diagnostic à utiliser dans la mise en situation.
Listing approprié des consommables et équipement nécessaire aux analyses
2. Tenue du cahier de laboratoire
Les analyses sélectionnées seront appliquées au laboratoire en suivant des protocoles fournis et en assurant une traçabilité des opérations.
Les résultats seront interprétés en regard de la mise en situation et une conclusion rédigée
3. Analyse financière
Etude des coûts de réalisation de tests de diagnotic sur base de plusieurs hypothèses de départ et identification des postes majeurs de coût
4. Liste des virus identifiés dans les données de séquençage haut-débit
Utilisation de pipeline d'analyse de données de NGS et évaluation de leur robustesse



 
Stage(s) :
Biotechnologies végétales moléculaires
Toutes activités sur le campus de Gembloux
Remarques organisationnelles :
Biotechnologies végétales moléculaires
Transversalité recherchée avec les autres cours du module
Biotechnologie appliquée à la lutte contre les ravageurs
Organisation du cours dans le cadre d'un module collégial - y compris pour l'évaluation
Contacts :
Biotechnologies végétales moléculaires
  • Patrick du Jardin (patrick.dujardin@ulg.ac.be)
  • Pierre Delaplace (pierre.delaplace@ulg.ac.be)
Exercice de biotechnologies végétales
Dr Pierre Delaplace (pierre.delaplace@ulg.ac.be)
Biotechnologie appliquée à la lutte contre les ravageurs
Frederic FRANCIS Professeur Unite d'Entomologie fonctionnelle et évolutive
Biotechnologie appliquée à la phytopathologie
Prof. Sebastien MASSART ULg, Gembloux Agro-Bio Tech Bât. 47, avenue Maréchal Juin 5030 Gembloux
+32 81 622431 sebastien.massart@ulg.ac.be
Notes en ligne :
Biotechnologies végétales moléculaires
Supports de cours
L'ensemble des ressources pédagogiques mises à disposition des étudiants se trouve dans la rubrique correspondante sur la plate-forme de cours en ligne eCampus.
Exercice de biotechnologies végétales
Supports de cours
L'ensemble des ressources pédagogiques mises à disposition des étudiants se trouve dans la rubrique correspondante sur la plate-forme de cours en ligne eCampus.